genome.fa.s2713.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2713
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  368274

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 282 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137313--137395	40	2.1	40	84	8	107	3	1	13	81	0.87
137324--137405	10	8.2	10	76	9	69	3	1	13	81	0.88
137313--137405	11	8.8	10	77	12	71	3	1	13	81	0.86
137351--137406	18	3.0	18	85	12	69	3	1	12	82	0.88
137313--137405	19	4.8	19	73	5	78	3	1	13	81	0.86
147497--147649	70	2.2	70	97	0	288	33	15	16	35	1.90
147635--147699	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
147656--147680	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147637--147704	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
147742--147766	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
147775--147896	52	2.3	52	90	0	190	37	17	17	27	1.92
155003--155218	20	9.7	20	71	20	117	42	15	14	28	1.86
155133--155249	31	3.5	30	73	22	108	43	12	15	28	1.83
155094--155257	71	2.3	71	96	0	301	42	14	14	29	1.85
155003--155217	111	1.9	111	88	1	324	42	15	14	27	1.86
160224--160524	155	1.9	156	85	2	417	28	16	17	36	1.92
160222--160563	155	2.2	155	80	5	397	28	16	16	37	1.92
161909--161934	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
161891--161954	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
164158--164202	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
165997--166027	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
168095--168133	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168255--168297	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
170690--170715	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
170672--170735	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
171117--171189	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
171135--171210	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
171117--171210	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
171249--171274	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
175339--175369	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
177383--177461	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
177448--177486	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
179931--180003	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
179949--180024	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
179931--180024	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
180063--180088	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
180194--181423	644	1.9	643	95	1	2243	32	18	18	30	1.95
191137--191161	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
191262--191287	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
191242--191308	33	2.1	32	91	2	107	35	19	11	32	1.88
197423--197463	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
199149--199193	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
199747--199771	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
199852--199919	33	2.1	32	88	2	100	36	20	11	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204300--204428	52	2.5	52	92	0	213	27	17	18	35	1.94
204505--204634	19	7.8	18	69	29	101	36	17	11	33	1.86
204524--204612	13	5.9	13	70	27	61	34	17	12	34	1.88
204501--204632	32	4.1	32	96	1	237	36	18	11	34	1.86
208363--208412	20	2.5	20	87	6	66	36	16	10	38	1.82
213063--213132	8	8.9	8	77	19	67	85	12	1	0	0.66
213063--213132	17	4.2	16	82	10	79	85	12	1	0	0.66
213078--213132	17	3.4	17	85	14	80	85	14	0	0	0.60
213066--213132	29	2.2	29	87	10	91	85	13	1	0	0.68
213063--213132	33	2.2	31	87	7	95	85	12	1	0	0.66
213063--213132	32	2.2	32	87	10	99	85	12	1	0	0.66
213071--213132	9	7.3	9	77	17	62	85	14	0	0	0.60
213063--213120	1	58.0	1	75	0	53	87	10	1	0	0.60
214313--214350	14	2.7	14	91	0	58	39	7	21	31	1.82
214404--214985	28	20.6	28	82	6	660	30	29	15	24	1.96
216026--216119	20	4.8	20	84	2	109	35	12	12	39	1.82
216065--216119	19	2.8	19	88	2	83	40	10	14	34	1.81
217020--217059	21	2.0	21	90	5	64	22	15	10	52	1.71
220350--221627	638	2.0	639	97	0	2391	34	14	14	36	1.87
221615--221668	19	2.8	20	85	2	74	29	14	14	40	1.86
223342--223371	9	3.3	9	90	0	51	43	0	33	23	1.54
230040--230086	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233181--233206	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
233161--233224	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
238464--238526	32	1.9	33	87	3	92	25	15	17	41	1.89
242136--242208	20	3.7	19	80	8	76	32	15	12	39	1.84
245179--245216	13	2.9	13	96	0	67	42	10	15	31	1.81
246005--246071	33	2.0	33	82	5	82	35	19	8	35	1.83
246100--246155	19	2.9	19	89	2	85	37	14	17	30	1.90
250917--250994	24	3.4	24	71	20	85	39	15	15	29	1.88
250916--251003	44	2.0	44	100	0	176	40	15	15	27	1.88
250916--250984	20	3.2	21	70	22	63	42	14	15	27	1.86
254323--254436	55	2.1	55	96	0	210	25	29	7	37	1.82
255018--255073	19	2.9	19	86	2	76	37	12	17	32	1.88
260853--260893	20	2.0	20	95	0	73	43	9	17	29	1.80
267216--268064	33	27.0	31	81	6	870	22	16	31	30	1.96
267218--268047	282	2.9	281	85	4	1048	22	16	31	30	1.96
268066--268167	32	3.2	32	78	5	116	45	7	24	22	1.79
276922--276959	20	1.9	20	88	0	58	31	21	10	36	1.87
276931--276974	21	2.2	20	87	4	61	34	18	9	38	1.82
281874--281904	13	2.4	13	94	0	53	45	3	41	9	1.53
281968--282028	27	2.4	26	83	8	72	45	18	8	27	1.77
281985--282062	27	2.9	26	84	3	93	46	21	7	24	1.77
283944--283985	21	2.0	22	85	4	59	19	26	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288175--288295	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
288175--288315	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
288304--288328	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
288393--288417	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
288372--288437	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
289307--289465	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
289478--290096	49	12.9	49	83	4	778	32	17	25	25	1.97
289478--290096	98	6.4	98	94	1	983	32	17	25	25	1.97
290096--290168	33	2.2	33	92	2	130	20	16	35	27	1.94
290170--291113	34	28.6	34	84	8	835	32	13	32	21	1.92
290170--291118	62	14.4	68	88	6	865	32	13	32	21	1.92
290819--291213	62	6.4	62	94	1	650	30	16	28	24	1.96
292159--292209	1	51.0	1	88	0	75	0	1	3	94	0.38
292459--292527	15	4.7	14	77	15	77	0	0	11	88	0.52
292448--292527	20	3.9	20	85	9	108	0	1	12	86	0.64
292447--292527	40	2.0	40	92	2	137	0	1	12	86	0.63
292459--292527	1	69.0	1	76	0	66	0	0	11	88	0.52
299428--299548	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
299428--299568	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
299557--299581	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
299646--299670	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
299625--299690	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300560--300718	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
300731--301349	49	12.9	49	83	4	771	32	17	25	25	1.97
300731--301349	98	6.4	98	93	1	976	32	17	25	25	1.97
301349--301421	33	2.2	33	92	2	130	20	16	35	27	1.94
301423--302366	34	28.6	34	84	8	835	32	13	32	21	1.92
301423--302371	62	14.4	68	88	6	865	32	13	32	21	1.92
302072--302466	62	6.4	62	94	1	650	30	16	28	24	1.96
303412--303463	1	52.0	1	92	0	86	0	0	3	96	0.24
303701--303782	14	5.6	14	79	12	85	0	1	12	86	0.63
303711--303782	20	3.6	20	87	7	110	0	0	12	87	0.54

Tables:   1   2   3