genome.fa.s272.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold272
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  421410

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9337--9413	28	2.8	28	85	0	91	24	19	32	23	1.97
9397--9734	52	6.4	52	67	18	162	31	12	26	29	1.93
9549--9624	27	2.8	28	90	6	111	22	21	32	23	1.98
9612--9739	51	2.4	51	78	13	134	33	10	24	32	1.89
12093--12128	13	2.8	13	100	0	72	38	16	13	30	1.88
12068--12148	33	2.5	33	82	8	94	44	16	13	25	1.84
12168--12235	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
12190--12214	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
12171--12233	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
12291--12347	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
12353--12388	13	2.8	13	100	0	72	11	5	0	83	0.80
12917--13594	55	12.3	55	89	4	989	21	20	29	28	1.98
13046--13301	28	9.2	28	61	20	92	21	19	30	28	1.97
13239--13379	28	5.1	27	62	15	65	21	19	31	28	1.97
14576--14623	25	1.9	25	86	0	69	0	4	8	87	0.66
14576--14621	12	3.8	12	88	5	65	0	4	6	89	0.60
21158--21229	8	8.8	8	74	18	51	84	4	11	0	0.75
21155--21229	15	5.2	14	79	10	80	85	4	10	0	0.73
21157--21203	24	1.9	25	95	4	87	89	4	6	0	0.59
21157--21214	24	2.4	25	85	11	84	86	5	8	0	0.71
21155--21213	1	59.0	1	81	0	55	88	5	6	0	0.64
22191--22634	55	8.0	55	87	5	619	28	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23191--23258	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
23193--23255	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
23212--23236	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23298--23323	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
23278--23344	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
25676--26017	52	6.5	53	69	16	192	29	25	12	32	1.93
25793--25861	27	2.5	27	88	6	95	24	30	21	23	1.99
25739--26131	107	3.7	105	72	11	314	27	27	14	31	1.95
25676--26016	104	3.2	104	70	12	291	29	25	12	32	1.93
26006--26077	28	2.6	28	88	4	101	20	34	19	25	1.96
25679--26084	212	1.9	212	88	4	613	27	26	13	31	1.94
26031--26234	80	2.6	79	82	3	232	24	29	16	29	1.96
26031--26265	80	2.9	76	77	8	218	25	28	14	31	1.95
29092--29138	19	2.4	20	92	7	87	31	17	8	42	1.79
29240--29286	20	2.4	20	78	3	60	40	8	17	34	1.79
30314--31005	154	4.5	155	77	8	640	38	21	17	22	1.93
32989--33379	42	9.3	42	76	6	197	35	18	29	16	1.93
33020--33178	84	1.9	84	86	2	230	33	20	31	13	1.92
32989--33419	126	3.4	126	76	5	363	35	17	29	16	1.93
33036--33348	84	3.7	84	77	1	277	32	18	31	17	1.94
33227--33472	84	2.9	84	74	13	227	40	17	26	16	1.90
33172--33440	42	6.4	42	71	13	144	37	15	28	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34920--34944	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
34900--34965	32	2.0	33	91	2	107	34	10	16	37	1.83
35006--35033	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
35019--35167	52	2.9	51	88	6	194	33	18	18	30	1.94
38101--38146	23	2.0	23	100	0	92	30	30	0	39	1.57
47499--47611	22	5.0	22	75	9	86	84	7	1	6	0.85
47499--47623	12	10.2	12	77	5	83	83	9	1	5	0.87
47499--47623	17	7.2	17	75	8	92	83	9	1	5	0.87
47498--47623	24	5.3	23	77	12	96	82	10	1	5	0.89
47498--47622	29	4.4	28	73	15	87	82	10	1	5	0.90
47499--47611	1	113.0	1	69	0	64	84	7	1	6	0.85
49115--49168	27	2.0	27	85	0	72	24	38	12	24	1.90
49088--49491	34	12.3	32	76	11	304	21	33	12	33	1.90
49082--49491	100	4.2	99	79	10	407	20	33	11	33	1.90
49482--49560	32	2.5	32	97	0	149	32	37	17	11	1.86
49623--50080	43	10.1	43	82	10	547	25	25	18	30	1.98
49572--50133	92	6.1	92	95	0	980	25	25	17	31	1.97
50034--50155	52	2.3	55	82	4	160	27	23	13	35	1.93
50034--50171	52	2.6	52	82	3	159	26	23	15	34	1.95
54503--54571	33	2.1	33	86	0	93	26	23	18	31	1.97
55501--55552	19	2.7	20	87	6	79	28	15	13	42	1.85
55481--55551	20	3.6	20	83	5	83	29	16	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56408--56450	13	3.1	14	83	16	54	6	16	0	76	0.99
60353--61052	156	4.5	154	72	8	501	39	19	16	24	1.91
60353--60710	155	2.3	156	79	4	391	41	18	15	24	1.89
62408--62467	11	5.2	11	82	11	66	1	13	1	83	0.80
68862--69347	28	16.9	28	84	4	542	21	17	30	29	1.96
68876--69347	115	4.1	112	82	5	541	21	17	31	29	1.96
70595--70665	21	3.5	19	76	17	63	1	4	12	81	0.90
70595--70651	8	6.8	8	79	16	62	0	3	14	82	0.80
70595--70667	10	7.1	10	74	10	67	1	4	13	80	0.92
72891--72920	15	1.9	16	93	6	53	26	33	30	10	1.89
76140--76194	20	2.8	20	85	0	74	43	14	9	32	1.77
80150--80209	27	2.2	28	80	16	74	35	11	25	28	1.91
80875--80918	21	2.2	20	84	8	54	47	0	13	38	1.43
83384--84312	156	6.0	154	76	9	780	37	19	18	24	1.94
83436--84288	313	2.7	310	83	4	1010	38	19	18	24	1.93
84970--85219	132	1.9	129	84	2	329	43	12	12	32	1.79
86165--86213	23	2.1	23	84	0	62	2	22	6	69	1.21
86853--87269	166	2.5	165	81	4	487	49	8	12	29	1.70
86941--87307	166	2.3	159	83	5	448	49	9	11	29	1.70
87014--87389	166	2.3	162	80	8	401	52	8	10	27	1.66
88330--89106	42	18.3	42	73	7	352	31	19	27	20	1.97
88331--88569	127	1.9	127	81	5	295	30	17	31	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88347--88766	169	2.5	168	80	5	436	31	18	28	20	1.97
88490--89108	127	4.9	125	75	4	382	32	19	26	21	1.97
88798--89079	128	2.2	128	78	2	280	32	19	25	22	1.97
88330--89110	85	9.2	84	75	5	439	31	19	28	20	1.97
89651--89839	78	2.4	79	81	7	242	28	13	29	29	1.94
90482--90696	53	4.2	53	81	8	255	19	20	11	48	1.79
90537--90630	46	2.0	46	93	0	161	19	22	12	45	1.83
90484--90683	99	2.0	99	89	0	301	19	21	12	47	1.81
102000--102146	61	2.4	61	93	0	249	36	25	13	23	1.92
102167--102784	153	4.0	157	75	8	435	38	19	18	23	1.94
102398--102785	156	2.5	156	77	5	406	36	18	19	25	1.94
103255--103523	147	1.8	151	80	8	336	43	13	10	32	1.78
104687--104729	19	2.3	19	100	0	86	25	9	51	13	1.71
105316--105843	164	3.2	164	83	4	616	51	8	9	30	1.65
106841--106950	51	2.1	52	84	1	141	40	15	13	30	1.86
106862--107026	48	3.3	49	80	9	172	42	13	12	31	1.82
107063--107122	20	3.0	20	85	2	66	33	18	8	40	1.80
108341--108395	27	2.0	27	82	0	65	21	16	38	23	1.93
110722--110773	19	2.7	20	87	3	70	42	11	13	32	1.80
110762--110786	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111408--111534	60	2.1	60	82	2	148	40	9	22	26	1.84
111543--112007	43	10.0	43	75	15	345	32	19	23	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111581--111963	52	7.9	50	76	12	331	33	18	22	24	1.97
111520--111994	190	2.5	190	82	9	601	33	18	23	24	1.97
111520--112010	95	5.2	95	80	9	536	32	18	23	24	1.97
112474--112567	31	3.0	30	82	11	118	20	17	31	30	1.95
112475--112573	32	3.1	32	81	8	130	20	17	33	29	1.95
112774--112829	28	2.0	28	89	0	85	23	14	32	30	1.94
112872--112915	14	3.1	14	90	0	61	38	18	9	34	1.82
112872--112925	14	3.7	15	87	2	58	37	18	11	33	1.86
114144--114192	16	3.2	14	81	18	62	2	2	10	85	0.76
128635--128753	52	2.3	52	80	0	130	36	16	20	26	1.94

Tables:   1   2   3