genome.fa.s272.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold272
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  421410

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128814--128993	52	3.5	51	71	6	139	34	13	25	26	1.93
129195--129283	33	2.8	32	84	6	117	24	14	30	30	1.95
129291--129402	30	3.8	30	77	3	120	37	11	25	25	1.90
129305--129396	29	3.1	29	73	3	94	41	11	21	25	1.87
129303--129421	59	2.0	59	88	3	177	36	13	23	26	1.92
130600--130690	25	3.6	25	69	23	66	14	3	8	73	1.20
130603--130685	24	3.3	24	70	18	62	14	3	8	73	1.20
130645--130701	24	2.3	25	82	11	73	12	1	8	77	1.07
131661--131685	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
131641--131707	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
131747--131896	52	2.9	50	87	5	210	34	17	17	31	1.93
139045--139095	20	2.5	21	84	15	72	84	9	5	0	0.78
139045--139096	22	2.3	21	84	12	68	84	9	5	0	0.77
139045--139108	10	6.6	9	75	16	56	82	7	7	1	0.89
140045--140211	30	5.5	30	77	15	155	25	29	16	28	1.96
140049--140202	62	2.5	62	83	10	192	24	29	16	29	1.97
140188--140306	33	3.7	32	87	6	163	26	35	18	19	1.95
140299--140912	49	12.7	49	84	4	786	26	26	17	29	1.98
140299--140912	98	6.4	98	91	4	903	26	26	17	29	1.98
140299--140865	190	3.0	190	90	4	887	26	26	17	29	1.98
140822--140943	52	2.3	55	84	4	169	26	24	13	36	1.92
140822--140959	52	2.6	52	82	3	168	25	24	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140822--141208	169	2.2	173	83	5	455	22	25	14	36	1.93
141791--141880	26	3.6	25	69	23	64	14	3	7	74	1.17
141827--141875	24	2.0	24	84	7	64	10	4	6	79	1.03
141835--141891	24	2.3	25	82	11	73	12	1	8	77	1.07
147188--147243	20	2.8	19	81	5	58	37	14	16	32	1.88
147302--147327	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
149554--149598	21	2.1	21	84	8	56	53	4	17	24	1.62
151402--151432	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
153512--153537	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
155967--156022	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
156081--156106	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
166009--166076	32	2.1	32	97	0	127	52	11	13	22	1.72
169156--169369	74	2.9	74	76	6	211	26	22	13	37	1.91
169832--169856	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
171540--171565	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
171990--172026	15	2.5	14	91	8	56	59	5	10	24	1.52
172938--172991	20	2.7	20	85	5	65	35	16	11	37	1.84
173021--173075	19	2.8	19	86	2	74	36	18	16	29	1.92
173060--173086	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
173043--173105	33	1.9	32	87	9	92	41	15	15	26	1.88
173622--173663	22	1.9	22	85	9	59	23	30	4	40	1.75
175539--175563	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180385--180419	16	2.2	16	100	0	70	25	28	14	31	1.95
181770--181824	19	2.8	20	80	5	67	36	18	14	30	1.91
181810--181836	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
183944--184039	19	5.7	19	73	26	108	32	12	18	36	1.89
183942--184038	32	3.0	32	96	0	185	34	12	18	35	1.88
184027--184090	33	1.9	33	84	6	85	29	14	15	40	1.86
187730--187762	10	3.2	10	91	8	57	36	9	36	18	1.82
187730--187762	11	3.1	11	95	4	59	36	9	36	18	1.82
193046--193218	71	2.4	71	80	2	193	24	21	13	39	1.90
193091--193237	71	2.1	71	85	2	197	23	19	14	41	1.89
193166--193556	148	2.7	147	80	8	440	27	23	13	36	1.91
193010--193559	74	7.5	74	76	9	396	26	23	13	36	1.91
196682--197003	87	3.7	87	76	2	288	31	24	12	32	1.92
196696--197076	174	2.2	175	83	2	480	30	24	12	33	1.92
198640--198776	50	2.7	50	82	3	150	43	13	14	27	1.84
200023--200048	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
200087--200162	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
202182--202207	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
203079--204897	906	2.0	907	99	0	3613	31	20	14	33	1.92
205194--205224	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
207028--207072	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
209290--209315	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209354--209429	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
211527--211584	30	2.0	30	82	3	73	50	12	18	18	1.78
212144--212262	59	2.0	58	82	4	141	48	11	18	21	1.79
212159--212277	59	2.0	59	80	3	132	49	12	16	21	1.78
213438--213463	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
213509--213561	20	2.7	20	88	2	72	35	15	15	33	1.88
213549--213629	33	2.5	33	95	0	144	37	13	13	35	1.84
213563--213628	20	3.7	20	71	26	74	37	13	13	34	1.84
224287--224332	8	5.6	8	92	5	65	43	23	6	26	1.78
224436--224671	31	7.7	30	74	10	142	25	27	17	29	1.98
224435--224645	31	6.8	30	78	9	201	25	27	17	29	1.97
224435--224652	62	3.5	62	85	5	280	24	27	16	30	1.97
224513--224613	33	3.2	32	75	12	84	22	30	18	27	1.98
224679--225059	34	11.6	33	79	11	367	19	34	13	32	1.91
225063--225231	33	5.2	32	87	5	250	27	34	17	20	1.95
225068--225233	65	2.6	65	90	3	255	29	33	17	19	1.95
225226--225972	49	15.8	49	78	11	747	25	25	17	31	1.97
225274--225928	92	7.1	92	90	4	971	25	25	17	31	1.97
225645--226035	49	7.9	50	76	12	371	25	24	16	33	1.96
225889--226003	52	2.2	52	79	4	140	26	25	13	35	1.92
226052--226205	52	3.0	52	91	0	254	21	24	17	36	1.95
227028--227052	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227008--227074	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
227116--227140	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
232817--232870	22	2.7	19	75	25	65	51	16	11	20	1.74
234815--234852	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
234896--234933	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
234811--234973	81	2.0	81	98	0	317	30	12	17	39	1.87
235042--235095	19	2.8	19	83	13	74	42	14	14	27	1.85
235044--235115	20	3.7	19	83	5	81	38	15	16	29	1.89
238217--238281	33	2.0	32	87	3	94	26	18	13	41	1.88
240686--240718	15	2.2	15	94	0	57	27	21	15	36	1.93
241417--241450	12	2.8	13	82	17	54	32	14	0	52	1.42
241445--241477	10	3.1	11	86	8	50	33	18	0	48	1.48
243959--244014	19	2.9	19	86	2	76	28	17	16	37	1.91
244041--244095	20	2.8	20	80	5	67	38	10	21	29	1.88
246304--246329	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
246284--246347	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
247011--247047	16	2.3	16	95	0	65	13	35	5	45	1.66
247047--247090	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
248896--248921	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
251741--251766	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
256259--256284	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
256239--256302	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256944--257019	20	3.8	20	78	0	89	34	13	13	39	1.83
256944--257022	40	2.0	39	87	2	113	34	12	13	39	1.83
261251--261292	20	2.1	20	86	0	57	11	9	7	71	1.31
270980--271011	13	2.5	13	100	0	64	93	6	0	0	0.34
270982--271038	22	2.6	22	82	0	69	84	7	7	1	0.85
272252--273776	56	26.4	57	80	8	1537	27	30	18	22	1.97
272252--272898	28	22.9	28	87	3	807	27	32	18	21	1.97
272252--273776	28	52.9	31	81	8	711	27	30	18	22	1.97
272860--272939	39	2.0	40	90	4	126	27	28	23	20	1.99
272897--273781	28	30.7	28	81	10	850	28	29	18	24	1.98

Tables:   1   2   3