genome.fa.s281.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold281
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  622278

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3926--3979	21	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
4892--4966	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
4889--4966	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
10840--11060	51	4.3	51	84	5	257	32	11	25	29	1.92
11043--11120	27	2.9	27	84	5	95	20	20	35	23	1.96
10993--11183	103	1.8	105	82	3	251	29	15	29	25	1.96
11178--11298	51	2.4	51	86	5	156	31	11	27	29	1.92
11216--11343	51	2.5	51	86	5	161	34	10	26	28	1.90
11280--11453	78	2.2	79	82	6	210	32	15	25	25	1.95
11406--11475	27	2.5	28	81	9	81	25	20	31	22	1.98
13951--13976	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14021--14072	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
14029--14091	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
14021--14093	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
15698--15874	87	2.0	87	97	0	336	28	23	16	32	1.96
22220--22418	79	2.5	79	83	1	229	30	16	28	25	1.97
22373--22444	28	2.6	28	86	0	90	25	18	34	22	1.96
22432--22614	51	3.5	51	80	3	188	32	10	25	32	1.89
22524--22652	51	2.5	51	83	2	143	33	14	24	27	1.94
22717--22817	52	1.9	53	89	2	159	33	9	25	30	1.89
22324--22816	262	1.9	262	92	0	826	30	12	27	29	1.93
25233--25295	19	3.7	18	76	24	73	38	17	11	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25226--25297	32	2.2	32	95	0	126	37	16	11	34	1.84
25267--25325	19	3.0	19	74	13	57	28	16	13	40	1.87
26715--27236	79	6.6	79	79	3	469	37	13	22	26	1.91
29628--29666	21	1.9	20	89	5	60	38	15	12	33	1.85
33613--33666	20	2.7	20	76	2	54	29	14	12	42	1.83
36505--36546	2	21.5	2	95	4	77	0	50	0	50	1.00
36546--36570	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
38278--38321	19	2.2	21	88	8	65	43	0	0	56	0.99
38320--38363	21	2.1	21	87	8	63	61	0	0	38	0.96
38335--38379	19	2.4	19	82	17	58	64	0	0	35	0.94
38276--38379	52	2.1	50	82	8	122	53	0	0	46	1.00
38424--38459	19	1.9	19	94	5	65	52	0	0	47	1.00
38424--38459	6	5.8	6	93	6	63	52	0	0	47	1.00
39115--39164	19	2.7	18	81	9	55	28	0	0	72	0.86
39134--39178	17	2.4	18	82	14	56	28	2	2	66	1.15
39859--39896	15	2.5	15	83	12	51	65	2	0	31	1.06
40401--40429	15	2.0	15	93	6	51	37	13	0	48	1.43
42868--42906	20	1.9	21	89	5	62	48	10	5	35	1.59
43134--43170	18	2.0	19	89	5	58	70	0	0	29	0.88
43129--43171	18	2.5	17	78	10	52	67	0	0	32	0.91
43165--43194	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
43461--43499	18	2.2	18	86	9	53	79	2	0	17	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43461--43500	16	2.5	16	87	0	53	77	2	0	20	0.88
43530--43595	16	4.2	16	72	20	59	46	7	0	45	1.31
43512--43581	29	2.4	29	95	0	122	44	10	0	45	1.37
43944--44335	116	3.4	115	86	8	518	53	2	1	42	1.23
44273--44340	23	2.8	24	81	12	68	60	1	1	36	1.15
44321--44357	17	2.2	17	95	0	65	67	2	2	27	1.17
44660--44689	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
44645--45000	124	2.9	123	85	8	489	42	2	2	52	1.27
45025--45057	9	3.7	9	88	11	50	42	0	0	57	0.98
45543--46234	90	7.6	91	88	3	955	41	7	16	34	1.77
45518--46238	182	4.0	182	89	3	1015	41	7	16	34	1.76
45543--46238	278	2.5	272	88	4	1042	41	7	16	34	1.77
46484--46533	21	2.5	21	90	6	77	38	10	8	44	1.68
48935--49340	201	2.0	200	93	0	686	30	13	20	35	1.91
50144--50181	11	3.5	11	85	0	58	65	0	0	34	0.93
50605--50635	15	2.1	15	93	0	53	61	0	3	35	1.12
51416--51488	27	2.7	26	79	20	78	41	1	1	56	1.16
51439--51488	24	2.0	26	88	11	77	40	0	0	60	0.97
51924--51966	20	2.2	20	86	0	59	37	2	2	58	1.24
52066--52115	18	2.9	17	88	5	82	38	0	0	62	0.96
52066--52138	17	4.2	17	75	3	65	39	0	1	58	1.06
52097--52121	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52119--52154	18	1.9	19	88	5	56	50	0	2	47	1.15
52117--52165	18	2.7	18	81	9	55	48	0	2	48	1.12
52601--52672	17	4.2	17	68	16	51	63	0	1	34	1.03
52628--52671	22	2.0	21	91	4	70	68	0	2	29	1.02
53963--54006	7	6.1	7	84	5	61	79	0	0	20	0.73
64128--64168	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
64191--64286	38	2.5	38	100	0	192	30	26	5	38	1.78
64308--64332	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
70356--70384	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
71593--71658	26	2.7	24	82	13	73	57	3	1	37	1.23
71771--71813	18	2.2	20	84	8	54	44	4	6	44	1.52
73181--73222	20	2.1	20	90	0	66	42	0	0	57	0.99
76808--76837	13	2.3	13	94	0	51	40	0	0	60	0.97
81243--81267	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
81940--81997	28	2.0	29	90	3	91	50	0	1	48	1.11
83149--83206	29	2.0	29	86	6	82	31	1	1	65	1.13
90903--91112	110	1.9	110	88	3	316	32	15	13	38	1.86
91706--91914	44	4.7	43	69	9	125	22	14	16	46	1.83
91708--91982	88	3.1	88	85	2	338	21	16	16	45	1.85
91742--92034	88	3.3	88	82	3	205	23	17	13	45	1.84
92433--92866	59	7.3	59	76	5	358	17	14	19	49	1.80
92489--92572	30	2.8	28	77	10	87	16	13	19	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92460--92541	30	2.7	30	75	5	85	18	14	18	48	1.81
92680--92756	30	2.5	31	79	6	86	16	14	19	49	1.80
92433--92867	119	3.6	119	80	7	375	17	14	19	48	1.80
93896--93988	40	2.3	40	83	3	116	19	25	11	43	1.85
94090--95180	65	16.8	66	75	5	590	21	21	14	42	1.89
94090--95180	196	5.6	193	73	6	639	21	21	14	42	1.89
94795--95140	131	2.6	130	79	6	326	22	24	13	39	1.90
98198--98531	154	2.2	154	79	3	350	29	14	18	37	1.90
99584--99631	21	2.2	22	85	14	73	45	0	0	54	0.99
100325--100368	20	2.3	19	84	4	52	36	25	2	36	1.69
101997--102031	15	2.2	16	90	5	54	45	2	2	48	1.32
102146--102245	16	6.2	16	70	5	58	43	22	14	21	1.87
102146--102245	32	3.1	32	77	1	110	43	22	14	21	1.87
109103--109165	19	3.6	19	72	24	75	36	19	11	33	1.87
109090--109167	32	2.4	32	95	0	138	35	17	11	34	1.86
109489--109626	52	2.9	47	80	9	154	39	1	6	52	1.36
110058--110083	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
112565--112617	20	2.5	20	80	17	54	15	13	1	69	1.27
113205--113257	10	5.1	10	77	22	56	83	0	13	3	0.79
113209--113259	18	2.7	19	87	3	68	84	0	11	3	0.75
119181--119226	22	2.1	22	87	0	65	43	8	15	32	1.77
124252--124293	17	2.5	18	85	11	54	26	7	4	61	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125666--125703	18	2.1	18	90	5	58	2	18	0	78	0.86
128802--128871	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
128822--128846	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128912--128936	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
128945--129073	52	2.5	52	92	0	213	37	17	15	30	1.90
135958--136065	1	108.0	1	71	0	81	86	11	2	0	0.68
135962--136065	48	2.1	49	85	5	149	85	11	2	0	0.70
137388--137530	31	4.5	32	85	5	168	23	32	16	27	1.96
137446--138313	34	25.9	34	77	13	743	21	32	12	33	1.91
137505--138277	96	7.7	96	80	12	653	21	33	12	32	1.91

Tables:   1   2   3   4