genome.fa.s281.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold281
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  622278

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137539--138276	62	11.1	62	76	15	505	21	33	12	32	1.91
137726--138313	70	8.5	69	80	10	679	20	33	12	34	1.90
137822--138314	35	14.1	35	81	10	532	20	33	12	34	1.89
138314--138410	32	3.0	33	93	4	162	27	36	18	17	1.94
138415--138950	49	10.8	49	87	4	715	25	25	16	32	1.97
138767--138984	49	4.8	43	85	6	181	25	24	16	33	1.96
138872--138984	43	2.7	41	84	6	138	25	25	18	30	1.98
139066--139489	49	8.8	49	84	6	548	24	25	17	31	1.97
139063--139555	98	5.1	98	90	5	704	24	25	17	32	1.96
139267--139445	43	4.0	44	83	9	236	25	25	19	30	1.98
139219--139489	92	2.9	92	94	1	461	25	25	18	31	1.98
139403--139789	170	2.3	164	92	4	639	24	24	14	36	1.93
139671--139790	60	2.0	61	85	1	161	24	24	13	38	1.91
140589--140658	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
140609--140633	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
140699--140723	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
140732--140860	52	2.5	52	92	0	213	37	17	15	30	1.90
146301--146374	37	2.0	37	91	0	121	25	17	18	37	1.93
147809--147851	20	2.1	21	86	4	61	32	2	2	62	1.20
147871--147922	21	2.4	21	81	9	61	42	3	0	53	1.19
148040--148086	16	3.1	15	82	11	51	61	0	4	34	1.15
150253--150280	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150818--150883	21	3.3	21	82	14	70	63	4	0	31	1.14
150860--150889	8	3.9	8	95	4	53	63	0	0	36	0.95
153332--153383	2	26.5	2	92	3	88	48	1	0	50	1.12
161304--161341	17	2.2	18	85	4	51	65	0	28	5	1.14
167408--167486	29	2.7	28	74	14	70	24	15	11	49	1.77
167573--167667	29	3.3	28	75	16	86	26	8	15	49	1.73
170970--170994	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
170982--171034	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
175222--176244	328	3.1	331	81	7	1104	49	7	11	31	1.66
175221--176256	167	6.3	163	81	5	1068	49	7	11	31	1.67
177729--177910	41	4.4	41	75	9	145	33	13	31	21	1.92
177567--177869	84	3.6	84	73	9	231	33	12	31	21	1.91
177545--177848	168	1.8	167	84	3	423	34	12	31	22	1.91
177729--177994	125	2.1	125	79	5	279	33	12	30	22	1.92
185666--186049	159	2.4	159	80	6	424	36	14	21	26	1.92
186012--186079	28	2.4	29	82	7	86	30	22	20	26	1.98
185655--186049	79	5.0	78	78	8	368	37	14	21	26	1.92
191854--191929	20	3.8	20	78	0	89	34	11	11	42	1.78
205805--205864	19	3.4	17	86	4	75	81	16	1	0	0.77
205805--205874	9	7.6	9	82	7	79	81	15	2	0	0.81
205805--205873	19	3.8	18	76	14	70	81	15	2	0	0.81
207098--207789	28	24.5	28	83	4	838	28	30	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207098--207789	85	8.2	84	86	4	883	28	30	17	23	1.97
207098--207789	57	12.3	57	84	5	888	28	30	17	23	1.97
208749--208799	20	2.5	20	87	0	66	35	13	11	39	1.82
215978--216280	162	1.9	162	85	1	419	39	11	11	36	1.79
217359--217393	11	3.1	11	88	8	52	11	11	0	77	1.00
218179--218218	17	2.2	17	86	8	53	62	7	5	25	1.42
218003--219138	167	6.9	166	85	4	1387	52	8	9	30	1.63
218016--219160	494	2.3	492	84	4	1511	51	8	9	30	1.63
221717--221758	21	2.0	21	86	4	59	40	7	0	52	1.29
222062--222091	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
223400--223428	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
233066--233113	14	3.4	14	82	8	62	56	0	0	43	0.99
233088--233131	22	2.1	20	83	8	52	52	2	0	45	1.13
233444--233486	15	2.9	15	86	10	54	79	0	0	20	0.74
233430--233486	25	2.3	25	87	6	80	77	1	0	21	0.86
238672--238858	88	2.1	89	85	3	263	30	20	11	36	1.89
243973--244346	189	2.0	189	95	0	667	35	19	12	32	1.89
249918--249959	20	2.1	20	91	8	68	45	2	14	38	1.58
254278--254314	13	2.9	13	88	4	58	5	10	0	83	0.79
265589--265628	20	2.0	21	95	5	73	35	10	12	42	1.76
265586--265654	33	2.1	33	86	5	95	34	14	13	37	1.85
265684--265737	19	2.8	20	86	11	76	38	11	16	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266456--266511	11	5.3	10	82	8	67	28	0	1	69	0.98
266456--266517	31	2.0	32	87	9	92	32	0	1	66	1.02
266455--266511	21	2.7	21	81	8	71	28	0	1	70	0.98
271237--271435	59	3.4	58	74	10	156	48	12	13	25	1.77
271395--271572	58	3.1	59	76	7	163	46	13	11	28	1.79
271395--271574	59	3.1	59	77	7	185	45	13	11	29	1.79
271649--271728	29	2.7	30	76	14	78	52	11	6	30	1.61
272590--272642	25	2.2	23	80	9	70	3	18	0	77	0.92
272595--272641	9	5.6	8	83	16	60	4	14	0	80	0.85
272600--272636	16	2.3	16	90	9	58	5	10	0	83	0.79
272595--272641	24	1.9	24	91	4	76	4	14	0	80	0.85
273485--273604	58	2.1	58	98	0	231	39	8	11	40	1.72
273630--273671	22	1.9	22	85	0	57	52	7	4	35	1.50
273747--273801	25	2.2	25	77	6	58	21	7	9	61	1.50
275502--275535	16	2.1	16	94	0	59	20	11	20	47	1.81
276079--276118	8	5.1	8	84	6	55	65	10	2	22	1.35
276079--276123	23	2.0	23	86	0	63	62	8	2	26	1.37
278435--278466	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
278818--278864	8	5.8	9	78	16	50	23	0	0	76	0.78
278807--278855	7	6.8	8	86	13	63	22	0	0	77	0.77
278807--278864	16	4.0	14	83	16	66	22	0	0	77	0.77
278807--278856	8	7.0	7	78	17	50	22	0	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278941--279009	11	5.7	11	71	24	50	72	0	8	18	1.10
278942--279007	25	2.6	26	77	15	75	71	0	9	19	1.12
278935--279008	18	4.1	17	75	17	69	72	0	9	17	1.09
282364--282397	12	2.8	12	90	4	50	17	11	14	55	1.68
283371--283404	17	2.1	16	88	5	50	32	11	23	32	1.91
284832--284899	28	2.5	26	77	13	64	57	2	0	39	1.14
285030--285094	26	2.5	26	82	12	71	49	3	4	43	1.39
285352--285382	16	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
285334--285393	18	3.4	18	77	15	63	48	0	1	50	1.11
285387--285443	18	3.1	18	82	5	60	49	3	1	45	1.29
285494--285532	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
286885--286936	10	5.0	11	75	13	56	67	0	1	30	1.02
286894--286998	29	3.4	33	78	15	102	59	0	0	40	0.98
286943--287025	16	5.1	17	75	23	65	55	0	0	44	0.99
286896--287029	31	4.5	30	70	21	79	57	0	0	42	0.98
286885--287029	58	2.4	61	76	13	151	57	0	0	41	1.03
286919--287027	22	4.7	24	67	15	50	55	0	0	44	0.99
288014--288043	2	14.5	2	93	6	51	50	0	3	46	1.18
289884--289947	32	2.0	32	84	3	85	43	1	0	54	1.09
292780--292813	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
296984--297025	21	2.0	21	86	13	59	45	0	0	54	0.99
297267--297304	18	2.1	19	95	5	69	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297310--297341	15	2.3	15	89	10	50	50	3	0	46	1.17
301088--301135	22	2.1	23	88	3	71	54	10	6	29	1.59
301552--301611	15	3.8	17	71	22	51	58	3	1	36	1.25
301628--301706	9	8.7	9	73	21	51	40	0	0	59	0.97
301628--301713	37	2.3	36	84	9	111	39	0	0	60	0.97
301629--301714	28	3.1	28	78	8	104	38	0	0	61	0.96
301662--301725	20	3.3	20	79	16	73	35	1	0	62	1.05
302248--302297	20	2.8	17	75	18	57	48	0	2	50	1.12
302255--302294	20	2.0	21	95	5	73	47	0	2	50	1.14
304243--304382	20	6.9	20	72	16	85	35	15	15	34	1.89

Tables:   1   2   3   4