genome.fa.s289.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold289
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  700734

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1703--1727	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
7722--7776	21	2.6	21	80	5	67	49	7	16	27	1.72
9221--9944	155	4.7	156	81	3	739	37	19	18	24	1.94
14413--14665	84	3.0	85	70	5	235	43	14	24	16	1.86
14246--14671	168	2.5	168	85	2	525	42	13	26	18	1.87
14811--14896	42	2.0	42	84	4	111	33	12	27	25	1.93
15081--15421	84	4.0	84	75	4	258	34	15	29	20	1.93
15104--15465	42	8.6	42	72	4	192	34	15	29	20	1.93
15273--15465	84	2.3	84	80	1	217	31	14	30	23	1.94
15609--15693	43	2.0	43	88	4	127	31	17	30	20	1.95
15613--15704	43	2.1	43	84	4	114	34	17	29	18	1.94
15744--15892	42	3.5	42	79	5	149	44	19	22	13	1.86
15915--16052	43	3.2	42	80	6	143	31	18	28	21	1.97
15394--16773	676	2.0	679	82	3	1650	36	15	27	20	1.93
16626--16755	43	3.0	42	78	12	131	30	13	30	25	1.93
16826--16907	43	1.9	42	82	2	101	35	21	29	13	1.92
16273--17135	384	2.3	383	81	3	997	36	15	27	20	1.93
16820--16938	42	2.8	42	79	1	130	40	18	28	12	1.87
16974--17137	43	3.8	43	77	5	163	34	17	26	21	1.95
16968--17158	86	2.3	86	80	5	221	36	16	26	20	1.94
17643--17855	92	2.4	91	83	10	269	29	13	28	28	1.94
17707--17872	90	1.9	88	86	6	235	31	14	25	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18682--18748	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
18702--18726	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18791--18815	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18824--18952	52	2.5	52	91	2	206	36	15	17	31	1.91
25896--25925	9	3.4	9	95	4	53	93	6	0	0	0.35
26172--26213	14	2.9	15	79	10	52	85	4	9	0	0.72
26173--26220	14	3.3	14	79	5	51	83	4	10	2	0.87
26262--26286	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
27223--27430	31	6.7	30	88	3	236	25	29	16	27	1.97
27220--27517	32	9.4	32	88	6	258	23	31	14	29	1.95
27219--27777	125	4.2	126	83	8	437	21	32	13	32	1.93
27285--27781	34	14.8	33	85	9	478	21	32	13	32	1.92
27407--27781	71	5.4	70	91	3	582	20	34	12	33	1.90
27790--27854	33	2.0	33	93	3	114	27	38	18	15	1.91
27410--27801	104	3.8	100	81	10	450	20	35	11	32	1.89
27377--27834	104	4.4	100	79	10	424	21	34	12	31	1.91
27852--28223	49	7.7	49	82	8	444	25	25	17	32	1.97
27953--28223	92	2.9	92	94	1	470	25	24	17	32	1.97
28307--28472	52	3.2	52	78	7	183	24	22	14	38	1.92
28137--28530	174	2.3	174	95	0	716	24	23	14	37	1.92
29330--29396	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
29350--29374	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29439--29463	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29472--29592	52	2.3	52	95	0	215	34	17	18	29	1.94
33900--33937	20	1.9	20	94	0	67	2	13	2	81	0.90
33867--33948	26	3.1	27	79	10	89	7	14	2	75	1.12
39608--40288	156	4.4	154	76	8	573	39	20	16	23	1.92
39731--40161	149	2.9	148	81	7	476	39	19	16	23	1.91
52422--52452	15	2.1	15	100	0	62	12	25	0	61	1.32
58127--58197	23	3.2	23	82	11	85	71	8	12	7	1.29
59522--60442	28	33.4	27	84	4	828	26	30	13	29	1.94
59526--60442	110	8.3	111	79	6	787	26	30	12	29	1.93
59721--59951	29	8.2	29	87	2	188	25	30	14	29	1.95
59558--59951	55	7.1	56	80	6	234	25	30	13	29	1.94
60752--60807	13	3.8	13	75	24	58	32	19	14	33	1.92
60763--60824	19	3.6	19	75	24	82	30	22	16	30	1.96
60752--60824	32	2.3	32	100	0	146	31	21	15	31	1.94
61653--61858	27	7.5	27	75	10	96	25	31	13	30	1.93
61677--61858	55	3.3	55	78	4	197	25	32	12	30	1.92
61677--61868	28	7.0	27	71	13	115	24	31	13	30	1.94
61885--62239	28	12.2	28	82	11	360	31	29	18	21	1.96
61887--62307	28	14.2	32	83	8	315	31	28	18	21	1.97
62099--62315	95	2.3	95	84	6	273	31	29	19	20	1.97
63075--63132	15	3.6	15	79	9	53	77	3	6	12	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63074--63127	27	2.0	28	82	10	67	79	1	5	12	0.98
66229--66300	11	6.7	11	79	6	76	41	2	0	55	1.14
66231--66272	21	2.0	21	90	0	66	38	0	0	61	0.96
66261--66291	16	2.0	15	93	6	53	45	6	0	48	1.28
69106--69143	19	2.0	19	90	10	60	36	2	7	52	1.45
71458--71488	16	2.0	15	93	6	53	0	9	0	90	0.46
71457--71487	10	3.0	10	95	4	53	0	12	0	87	0.55
78985--79321	172	2.0	172	93	1	577	34	12	18	34	1.88
79332--79416	27	3.2	27	96	3	163	45	7	31	15	1.73
80637--81146	79	6.4	79	89	2	779	26	25	14	33	1.95
80637--81146	159	3.2	159	92	2	828	26	25	14	33	1.95
80635--81146	238	2.1	238	91	1	828	26	25	14	33	1.94
81078--81198	52	2.3	52	87	4	165	26	23	14	34	1.94
83511--83604	20	4.8	19	88	6	84	31	15	18	34	1.92
83634--83684	25	2.0	25	88	7	77	33	13	17	35	1.89
90103--90189	28	3.1	27	62	4	66	26	24	20	28	1.99
90259--91160	61	15.0	60	86	6	1179	26	28	19	26	1.99
90264--91160	121	7.4	121	88	6	1234	26	27	19	26	1.99
91082--91357	103	2.8	98	86	8	355	23	27	18	29	1.98
91310--91483	61	2.9	61	83	7	246	25	26	19	28	1.99
91466--91567	42	2.4	42	80	15	113	20	26	15	37	1.93
92055--92391	172	2.0	172	94	1	595	33	12	18	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92402--92486	27	3.2	27	96	3	163	45	7	31	15	1.73
93707--94215	79	6.4	79	90	2	795	26	25	14	33	1.95
93707--94215	159	3.2	159	93	1	851	26	25	14	33	1.95
93705--94215	238	2.1	238	92	1	844	26	25	14	33	1.95
94147--94267	52	2.3	52	87	4	165	26	23	14	34	1.94
96599--96672	20	3.8	20	87	5	107	33	16	17	32	1.92
96703--96753	25	2.0	25	88	7	77	33	13	17	35	1.89
98344--98378	18	1.9	18	88	0	52	48	0	22	28	1.51
100785--100811	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
100939--100978	20	2.0	20	85	5	53	32	22	0	45	1.53
101815--101875	30	2.0	30	96	0	113	29	9	24	36	1.88
102418--102491	20	3.8	19	84	8	87	31	16	16	36	1.91
102519--102572	20	2.7	20	85	5	74	33	12	16	37	1.87
107238--107283	7	6.3	7	85	9	65	17	0	2	80	0.81
108123--108171	10	4.8	10	77	5	53	4	16	0	79	0.88
108726--109162	166	2.6	163	80	9	438	53	7	8	30	1.59
112498--112547	25	2.0	25	100	0	100	40	20	16	24	1.91
113572--113608	16	2.3	16	100	0	74	40	10	0	48	1.38
116199--116313	20	5.8	20	81	0	140	34	11	12	41	1.78
116199--116312	40	2.8	40	91	0	192	35	11	12	41	1.79
117263--117309	22	2.1	23	84	4	60	25	21	10	42	1.85
122766--122832	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123302--123339	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
123348--123391	16	2.8	16	75	10	54	45	13	25	15	1.83
131387--131430	12	3.4	12	81	12	52	84	11	4	0	0.77
131378--131418	18	2.4	17	84	15	57	87	9	2	0	0.62
131381--131443	25	2.5	25	86	2	81	82	11	3	3	0.90
132736--132761	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
135142--135188	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
135310--135348	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
135334--135412	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
137429--137459	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5