genome.fa.s289.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold289
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  700734

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139263--139307	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
141515--141540	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
142582--143410	28	28.9	28	82	5	870	29	30	17	22	1.97
142582--143410	142	5.8	142	81	6	904	29	30	17	22	1.97
143476--143598	49	2.6	46	81	7	140	21	28	19	30	1.98
151398--151430	16	2.1	16	94	0	57	54	27	12	6	1.60
151407--151464	16	3.6	16	74	4	55	56	25	10	6	1.57
151615--151658	22	2.0	22	100	0	88	50	9	4	36	1.55
152525--152564	18	2.2	18	86	0	53	50	0	2	47	1.14
152558--152612	16	3.5	15	79	20	51	60	1	1	36	1.18
152750--152801	16	3.3	16	83	5	61	50	23	15	11	1.76
154009--154040	10	3.2	10	90	0	55	25	28	6	40	1.79
159764--160110	101	3.6	100	75	12	328	36	10	21	30	1.88
159770--160187	189	2.2	187	83	3	518	36	10	22	30	1.88
164331--164377	22	2.1	23	84	11	62	42	6	21	29	1.77
165324--165397	20	3.7	20	82	7	87	41	10	14	32	1.81
165787--165991	48	4.3	48	89	1	315	34	16	29	19	1.94
166066--167072	32	33.8	28	80	9	739	21	17	30	29	1.97
166997--167090	28	3.4	27	85	1	107	29	18	30	21	1.97
171855--171997	61	2.3	61	90	0	241	28	14	27	29	1.95
172908--172950	21	2.0	21	86	0	59	34	9	11	44	1.73
176825--176913	46	1.9	46	86	0	124	24	7	19	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177112--177258	60	2.5	60	82	6	165	25	9	17	48	1.77
182480--182504	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
182559--182659	19	5.6	19	84	13	142	35	19	11	32	1.89
182616--182640	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
182546--182659	32	3.4	32	81	13	147	35	19	13	32	1.90
183408--183720	49	6.6	49	75	10	260	32	18	25	23	1.97
183496--183814	42	7.2	43	79	10	320	31	16	25	25	1.97
183496--183809	92	3.5	92	85	4	410	31	17	24	26	1.97
183879--184077	29	6.9	29	81	7	253	23	17	31	28	1.96
183879--184070	57	3.3	57	87	5	262	21	17	30	29	1.97
185511--185549	10	3.8	10	96	3	69	0	0	10	89	0.48
185505--185540	14	2.6	14	95	4	65	0	0	11	88	0.50
185493--185549	18	3.1	19	81	18	68	0	0	14	85	0.59
185505--185549	24	1.9	23	95	4	81	0	0	11	88	0.50
195965--195992	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
196045--196097	21	2.7	20	82	8	72	33	16	15	33	1.90
196662--196702	15	2.6	16	81	14	50	24	9	24	41	1.85
198713--198739	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
199359--199399	19	2.1	20	90	4	66	63	0	2	34	1.08
200781--200808	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
209137--209194	16	3.6	16	79	9	64	46	22	12	18	1.82
209170--209211	16	2.7	16	77	3	50	45	28	16	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209171--209244	32	2.3	31	77	6	76	47	24	16	12	1.80
213778--214191	191	2.2	189	83	5	523	35	9	21	33	1.86
218318--218477	31	5.2	31	87	5	234	31	15	30	22	1.95
219472--219531	9	6.9	9	77	7	61	0	6	6	86	0.70
219477--219510	10	3.4	10	92	8	52	0	2	5	91	0.51
219472--219531	17	3.5	17	84	4	75	0	6	6	86	0.70
219770--219799	8	3.9	8	91	8	53	0	0	10	90	0.47
219771--219799	15	1.9	15	100	0	58	0	0	10	89	0.48
220381--220448	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
220403--220427	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
220384--220446	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
224644--224720	20	3.8	20	83	6	102	38	12	16	31	1.87
224687--224781	50	1.9	50	91	4	156	44	11	17	26	1.83
225754--225887	48	2.8	49	87	5	200	31	20	27	20	1.97
225957--226051	32	2.9	33	81	4	113	25	15	27	31	1.96
225953--226766	28	28.4	28	84	6	889	22	16	31	29	1.96
237628--237672	15	3.0	15	83	0	63	13	0	44	42	1.43
245165--245238	20	3.7	19	76	7	76	39	12	14	33	1.84
245221--245303	20	3.4	24	69	25	66	45	8	15	30	1.76
246312--246514	60	3.4	59	80	4	221	31	11	15	41	1.83
248383--248407	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
248471--248495	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248504--248628	52	2.4	52	93	0	214	36	18	17	27	1.93
253348--253487	52	2.7	52	87	2	192	31	17	10	40	1.83
255804--255861	27	2.2	26	85	11	75	22	24	13	39	1.90
255813--256060	102	2.5	96	78	6	237	30	23	11	34	1.90
257125--257191	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
257145--257169	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
257232--257256	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
257265--257392	52	2.5	52	98	1	249	33	17	17	31	1.93
265590--265646	30	1.9	30	100	0	114	24	26	19	29	1.98
265622--265981	33	10.8	34	80	10	338	20	32	12	33	1.90
265623--265945	164	2.0	164	85	7	442	20	34	12	32	1.90
265983--266221	33	7.2	33	89	5	349	28	35	17	17	1.94
265983--266221	67	3.6	67	88	4	351	28	35	17	17	1.94
266221--266981	49	15.7	49	84	6	975	25	25	17	30	1.97
266221--267040	97	8.4	98	87	7	1012	26	25	17	30	1.97
266598--267029	49	8.6	53	81	7	333	25	25	16	32	1.96
267868--267925	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
267964--267988	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
267997--268124	52	2.5	52	96	1	231	33	17	17	32	1.93
273236--273275	19	2.0	20	95	4	73	67	0	0	32	0.91
273238--273292	19	3.2	17	82	12	60	67	0	0	32	0.91
273279--273310	8	4.0	8	95	0	55	59	0	3	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273236--273299	19	3.0	22	82	13	55	67	0	0	32	0.91
274569--274594	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
278364--278393	14	2.1	14	100	0	60	36	20	13	30	1.90
279534--279585	20	2.5	21	87	3	70	36	9	19	34	1.84
279624--279762	51	2.7	51	84	3	163	32	12	13	41	1.82
287444--287470	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
289344--289405	21	2.9	22	81	11	74	38	3	30	27	1.72
289350--289405	22	2.6	23	86	11	82	41	1	32	25	1.66
289961--290012	19	2.7	20	90	3	79	30	13	17	38	1.88
290061--290113	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
290045--290113	33	2.1	33	89	5	104	31	13	18	36	1.89
291211--291362	81	1.9	81	81	9	186	30	27	13	28	1.94
291319--291388	28	2.5	28	95	0	122	28	30	20	21	1.98
291261--291469	107	1.9	108	83	5	271	29	27	13	29	1.94
291350--291521	79	2.2	79	83	6	206	31	26	9	31	1.89
291351--291551	79	2.5	79	79	9	196	30	26	10	32	1.90
292855--293325	234	2.0	234	99	0	924	44	6	8	39	1.62
293483--293520	19	2.0	19	94	0	67	31	18	10	39	1.85
294217--294258	15	2.7	15	81	3	57	45	21	19	14	1.85
294217--294265	16	3.1	16	82	2	64	42	22	18	16	1.88
294209--294282	31	2.4	31	80	11	80	40	24	20	14	1.90
294264--294345	32	2.5	33	78	9	89	52	24	12	10	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302030--302270	132	1.8	131	83	4	315	34	9	26	30	1.88
302127--302521	81	4.9	80	77	4	350	35	9	24	29	1.87
302198--302496	162	1.9	161	87	3	440	36	8	24	31	1.84
303493--303592	44	2.2	44	85	8	130	47	11	22	20	1.81
303481--303780	120	2.5	116	84	8	354	40	13	22	23	1.89
303630--303711	42	1.9	43	92	2	139	41	14	24	19	1.89
303746--303912	65	2.5	65	80	6	176	35	15	21	26	1.94
303707--303955	68	3.7	68	77	9	231	38	16	20	25	1.92
304974--305042	11	5.9	12	80	9	63	0	7	10	82	0.84
304974--305040	18	3.7	18	84	7	82	0	7	10	82	0.85

Tables:   1   2   3   4   5