genome.fa.s290.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold290
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  591627

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166882--166906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
167218--168132	476	1.9	474	84	6	1224	30	18	14	37	1.90
169207--169256	13	4.2	13	71	23	56	32	16	16	36	1.90
173888--173930	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
174205--174251	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
178608--178647	13	3.1	13	92	0	71	30	17	15	37	1.90
179601--179634	18	1.9	17	94	5	59	35	29	8	26	1.87
180474--180521	24	2.1	24	88	7	73	33	0	29	37	1.58
181976--185630	476	7.7	476	82	3	4161	30	18	14	36	1.91
185762--188027	476	4.8	473	82	4	2563	31	18	13	36	1.90
185762--188027	951	2.4	933	83	4	2772	31	18	13	36	1.90
187900--188165	138	1.9	138	88	3	401	28	14	13	43	1.83
188387--188483	51	1.9	51	82	0	122	35	18	17	28	1.94
189253--189351	51	1.9	51	93	0	171	34	14	16	35	1.88
189332--191473	478	4.4	477	75	9	1841	31	18	13	35	1.90
191425--191524	51	2.0	51	89	0	155	34	18	18	30	1.94
191950--192051	51	2.0	51	90	0	159	36	12	19	31	1.90
190947--194626	526	7.0	527	87	1	5003	32	17	14	35	1.90
193003--193100	51	1.9	50	89	2	151	35	13	18	32	1.89
194057--194154	51	1.9	50	85	2	133	33	13	19	33	1.90
194105--198963	476	10.1	474	79	5	4596	30	18	13	36	1.90
198913--199014	51	2.0	51	92	0	168	32	17	18	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198782--199163	210	1.8	210	81	3	482	34	18	13	33	1.90
200064--200134	35	2.0	35	94	0	124	29	19	14	36	1.91
200102--208582	476	17.9	476	83	3	9616	31	18	13	35	1.90
206583--207835	159	7.9	157	67	15	443	32	19	13	34	1.91
209722--211775	476	4.3	474	83	3	2505	36	13	18	31	1.90
209723--211775	951	2.2	951	89	2	3091	36	13	18	31	1.90
211809--213198	475	2.9	470	82	4	1754	35	14	18	31	1.91
213070--213331	133	2.0	133	83	3	339	33	14	20	31	1.92
213225--214551	475	2.8	472	83	4	1666	35	14	18	31	1.91
215611--215675	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
215632--215656	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
215613--215680	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
215724--215873	52	2.9	52	90	2	230	36	18	18	27	1.94
216724--216762	20	2.0	20	89	0	60	20	17	15	46	1.84
221871--221937	19	3.8	19	74	22	83	35	16	11	35	1.86
221874--221936	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
222699--223324	49	12.8	49	86	3	834	30	17	26	25	1.97
223327--223391	34	1.9	34	90	3	105	18	18	32	30	1.95
223389--224140	34	23.0	33	78	10	383	33	14	31	20	1.93
223425--223955	130	4.0	130	79	9	472	34	13	32	20	1.91
223496--223686	96	2.0	95	87	1	274	32	13	34	19	1.90
223455--223956	69	7.5	66	74	13	316	34	13	31	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223455--224141	364	1.9	362	80	8	804	33	14	31	21	1.93
223592--224013	202	2.1	200	80	7	455	33	14	30	21	1.93
223707--224140	100	4.4	94	74	13	283	32	14	29	22	1.94
225440--225481	15	2.9	15	85	3	59	0	0	19	80	0.70
231335--231535	52	3.9	52	94	1	332	29	17	18	33	1.94
231524--231548	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
236155--236221	19	3.8	19	75	22	83	35	16	11	35	1.86
236177--236201	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
236158--236220	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
246823--246941	11	11.1	10	78	18	100	84	10	5	0	0.82
246826--246941	9	12.8	9	75	15	82	84	9	5	0	0.81
246823--246941	45	2.8	43	83	11	147	84	10	5	0	0.82
246823--246950	35	3.5	36	77	18	106	82	10	5	1	0.88
246825--246941	1	117.0	1	68	0	72	84	9	5	0	0.80
248439--248492	29	1.9	27	92	7	90	24	31	20	24	1.98
248423--248498	27	2.7	27	83	4	89	25	30	19	25	1.98
248452--248558	29	3.6	30	71	15	89	33	28	17	19	1.95
248568--248901	49	6.8	49	77	9	252	27	26	17	28	1.98
248666--248901	101	2.3	100	81	6	264	26	27	18	27	1.98
249726--249792	32	2.1	32	94	2	118	34	11	17	35	1.87
249744--249768	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
249724--249787	18	3.8	18	76	21	75	32	12	17	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249840--249864	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
250789--250827	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
254498--254645	74	2.0	74	95	0	269	33	18	20	27	1.96
255187--255366	88	2.0	88	90	4	283	45	5	20	29	1.73
257498--258494	157	6.4	156	75	6	729	27	17	18	37	1.93
257698--258494	314	2.6	309	80	4	845	28	16	17	37	1.91
261089--261383	159	1.9	159	81	5	364	30	16	15	37	1.90
262689--262714	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
263775--264145	159	2.3	159	82	4	437	32	19	13	35	1.90
263107--264162	159	6.7	159	69	11	432	33	19	12	35	1.89
264670--264727	20	3.0	20	84	2	64	43	8	12	36	1.73
267591--267667	27	2.9	28	77	9	72	14	16	5	63	1.47
278518--278550	7	5.0	7	85	14	52	84	0	0	15	0.61
278518--278560	19	2.2	20	91	4	70	81	0	4	13	0.84
278520--278547	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
283367--283415	19	2.4	19	80	13	53	30	20	4	44	1.70
291364--292339	42	23.3	42	77	7	747	12	30	18	38	1.89
294010--294040	8	4.0	8	91	8	55	87	0	0	12	0.55
294011--294040	15	2.0	15	100	0	60	86	0	0	13	0.57
296917--297332	158	2.6	159	77	9	359	37	15	16	30	1.90
297800--297854	20	2.7	20	91	2	83	34	12	21	30	1.91
297908--298049	51	2.8	51	85	8	175	29	16	13	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298012--298066	20	2.8	20	97	0	101	34	18	9	38	1.82
298579--298698	34	3.4	34	88	3	168	30	25	11	32	1.91
299156--299205	17	2.7	18	81	12	66	32	4	18	46	1.67
299196--299247	20	2.6	20	90	6	79	38	11	17	32	1.85
301474--301864	79	4.9	79	83	1	408	29	25	10	34	1.90
301474--301836	159	2.3	159	81	8	434	29	24	10	35	1.89
307858--307882	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
307838--307903	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
307944--307968	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
307977--308105	52	2.5	52	93	0	222	34	17	18	30	1.94
312225--312345	51	2.3	52	84	4	138	29	24	13	32	1.93
312335--312403	28	2.5	28	90	0	102	24	31	15	27	1.96
312442--312512	28	2.6	28	82	6	83	23	30	19	25	1.98
312281--312591	109	2.9	107	80	7	344	27	26	13	32	1.94
312470--312657	79	2.3	79	87	2	259	30	24	11	34	1.90
312578--312746	51	3.3	51	80	3	187	31	29	10	28	1.90
329879--329931	13	4.2	12	83	11	70	86	7	1	3	0.75
329887--329941	10	5.3	10	77	14	58	85	9	1	3	0.79
329886--329941	21	2.7	20	89	8	85	85	8	1	3	0.78
329878--329949	9	7.8	9	79	14	67	83	11	2	2	0.86
331291--331368	28	2.8	28	78	5	88	29	32	19	19	1.96
331542--331649	31	3.5	31	76	9	112	27	36	15	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331701--331887	53	3.8	48	80	8	187	25	22	17	34	1.96
331702--331887	102	1.8	101	86	3	266	25	23	17	33	1.96
331696--331887	48	3.9	49	78	8	190	25	22	17	34	1.95
331910--332094	52	3.6	52	80	1	174	24	23	16	35	1.94
332753--332849	19	5.7	19	68	26	92	30	12	17	39	1.87
332754--332848	32	3.0	32	98	0	181	31	12	17	37	1.88
332837--332909	20	3.7	20	89	7	112	34	16	10	38	1.84
332814--332909	40	2.4	39	87	5	131	34	15	12	37	1.85
339100--339145	21	2.2	21	96	0	83	28	26	15	30	1.96
340486--340694	52	4.0	51	76	7	161	26	22	15	34	1.95

Tables:   1   2   3   4