genome.fa.s290.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold290
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  591627

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
547--1186	311	2.0	312	88	4	957	28	20	13	37	1.90
865--7846	476	14.7	474	91	1	10610	29	20	14	36	1.92
865--23771	951	24.2	951	85	4	20650	28	20	14	36	1.92
7835--9893	475	4.3	474	90	1	3239	29	20	13	36	1.91
9894--13503	475	7.6	475	91	1	5635	28	20	14	36	1.92
13504--23771	476	21.6	476	92	0	16342	28	20	14	36	1.92
23495--24055	284	2.0	283	91	1	901	28	21	13	36	1.92
23013--24530	759	2.0	759	89	1	2355	28	20	14	36	1.92
23772--32521	476	18.4	476	91	0	13755	28	20	14	36	1.92
32943--32980	12	3.2	12	96	0	67	18	15	21	44	1.86
35817--40788	158	31.4	158	66	13	587	30	18	15	35	1.92
35841--39983	316	13.1	315	65	14	1174	30	18	15	35	1.92
36139--38708	475	5.4	475	87	2	3339	30	18	15	35	1.92
37552--39983	158	15.4	156	68	13	738	29	18	15	35	1.92
36165--39070	950	3.1	937	80	6	3113	30	18	15	35	1.92
35512--39970	632	7.1	626	74	9	3021	30	18	15	35	1.92
39369--41373	477	4.3	476	84	5	2526	30	18	15	36	1.92
40462--41358	450	2.0	452	85	3	1225	30	18	14	37	1.90
41204--42158	157	6.1	157	73	10	612	29	18	16	35	1.93
40904--42162	628	2.0	631	89	2	1931	30	18	15	35	1.92
42070--42249	91	2.0	91	84	4	238	31	18	16	32	1.94
41926--42376	248	1.8	248	92	0	760	30	18	16	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43077--43114	19	2.0	20	84	5	51	39	10	10	39	1.74
43163--43188	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
45260--45302	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
49437--49470	17	2.0	17	100	0	68	23	5	17	52	1.66
51944--51969	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51924--51987	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
52461--53117	159	4.2	158	65	16	378	31	19	14	34	1.92
53416--54546	477	2.4	474	81	4	1290	31	18	15	34	1.92
54679--55010	158	2.1	159	85	4	445	30	18	15	34	1.92
54812--56115	474	2.8	473	85	3	1789	30	19	14	35	1.92
56395--56427	9	3.6	9	95	4	57	30	24	0	45	1.53
58135--59026	455	2.0	453	84	4	1161	30	18	14	36	1.91
59335--59669	159	2.1	159	83	1	411	30	17	15	36	1.91
58588--60276	621	2.7	620	79	7	1779	30	19	14	36	1.91
59498--60768	477	2.7	473	84	4	1553	31	18	14	36	1.91
60550--60931	157	2.4	157	82	6	450	30	16	15	37	1.90
62380--64641	158	14.3	156	66	12	390	30	19	14	35	1.91
62138--64204	476	4.4	474	89	2	2824	30	19	14	35	1.92
65902--65943	20	2.1	20	86	0	57	28	11	19	40	1.87
66373--70527	476	8.8	476	84	2	5176	30	19	14	35	1.92
70373--70692	156	2.0	156	80	5	351	30	17	17	34	1.93
70589--72131	474	3.3	473	84	2	1942	30	17	15	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71952--72248	157	1.9	158	86	0	425	28	15	17	39	1.90
71982--72288	158	1.9	157	84	4	413	30	16	15	37	1.90
70589--72794	474	4.6	466	78	8	1442	30	17	14	37	1.90
71451--72770	633	2.1	632	85	3	1733	31	16	14	37	1.89
72082--75297	476	6.9	476	82	6	3666	30	18	14	36	1.91
70975--73225	159	14.2	155	67	13	580	30	17	14	36	1.90
75317--75644	158	2.1	158	83	3	410	27	19	15	37	1.91
75297--75666	158	2.3	158	79	4	388	28	18	15	37	1.91
75453--76615	473	2.5	472	81	5	1301	30	18	13	37	1.90
76419--76739	156	2.1	155	79	5	342	29	17	14	38	1.90
75936--77161	630	1.9	631	86	1	1733	31	18	14	36	1.90
77323--81135	475	8.2	473	80	6	4001	30	18	13	36	1.91
81886--81936	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
83974--84025	20	2.4	21	81	12	61	5	26	48	19	1.71
84290--84330	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
84464--84500	13	2.8	13	91	0	56	40	16	13	29	1.86
90691--90715	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
90668--90735	33	2.1	32	86	2	91	32	13	17	36	1.89
91515--93138	158	10.3	160	66	12	460	31	18	13	37	1.89
91107--93802	476	5.7	478	84	3	3224	31	18	12	37	1.88
94770--94905	51	2.7	50	78	8	150	33	11	24	31	1.90
94861--95062	79	2.6	79	88	3	300	33	11	25	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94998--95096	51	1.9	51	95	0	180	34	9	27	29	1.87
96294--96355	29	2.1	29	100	0	124	46	3	20	29	1.66
98238--98641	62	6.5	62	86	5	483	32	18	24	24	1.97
98231--98641	124	3.3	124	85	5	533	33	18	24	23	1.97
98237--98641	186	2.2	188	88	1	625	32	18	24	24	1.97
98897--100525	159	10.3	157	67	12	440	32	18	13	35	1.90
98730--100775	473	4.3	469	82	4	2410	32	18	13	35	1.90
98730--102802	951	4.3	949	81	6	4667	31	18	13	35	1.90
100786--102800	477	4.2	475	84	3	2345	30	18	14	36	1.90
101984--103419	159	9.0	157	65	14	426	31	18	13	35	1.91
102481--103123	321	2.0	319	85	3	880	32	18	14	33	1.91
102007--103551	795	1.9	796	83	1	1990	31	19	13	35	1.91
104282--104334	21	2.7	20	82	11	65	32	15	16	35	1.90
104376--104428	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
104416--104440	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
110114--110139	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
110199--110250	20	2.5	21	78	9	63	30	17	11	40	1.85
110587--113442	475	6.0	472	81	4	2950	31	18	13	35	1.90
115172--120785	473	11.9	475	84	3	6337	31	18	13	36	1.90
115172--120785	947	5.9	949	83	3	6375	31	18	13	36	1.90
120502--121056	284	2.0	284	84	4	735	31	18	12	36	1.89
120786--122147	473	2.9	473	81	4	1577	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122151--122200	21	2.3	22	77	19	52	14	12	14	60	1.60
135261--135330	31	2.3	31	79	0	77	15	17	38	28	1.90
135493--135549	22	2.6	22	97	0	105	7	26	15	50	1.69
136222--136264	19	2.3	19	84	4	61	46	11	23	18	1.82
136878--138673	158	11.3	155	67	13	679	31	18	13	36	1.90
136826--138704	475	4.0	473	83	4	2362	31	18	14	36	1.90
138051--139453	749	1.9	749	84	2	1924	31	19	14	34	1.91
138744--140090	473	2.8	471	83	6	1625	30	18	14	36	1.91
140484--140508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
140464--140531	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
146024--146060	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
148251--148296	22	2.1	23	84	8	60	47	8	8	34	1.65
149386--152525	474	6.6	474	81	4	3362	31	18	14	36	1.91
149386--152523	949	3.3	942	83	5	3554	31	18	14	36	1.91
152973--155144	159	13.7	159	66	11	622	31	18	14	35	1.91
152552--155146	475	5.5	473	83	4	2929	31	18	14	35	1.91
156483--156877	171	2.3	171	93	1	673	36	14	24	24	1.93
156791--157751	49	19.7	49	85	4	1257	32	17	26	23	1.97
156966--157751	248	3.2	248	96	0	1432	32	17	26	23	1.96
157744--157883	34	4.5	31	85	8	171	14	17	38	29	1.89
157744--157882	31	4.5	32	87	9	175	14	17	38	28	1.89
157885--158139	33	7.7	33	80	12	274	32	12	35	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158054--158113	27	2.2	27	87	0	84	28	15	38	18	1.91
158122--158158	19	1.9	19	100	0	74	13	16	48	21	1.80
158087--158193	54	2.0	54	85	7	146	28	12	39	20	1.88
158141--158342	35	5.6	35	84	5	269	33	11	33	22	1.90
158139--158345	73	2.8	73	92	3	355	33	11	33	21	1.89
158278--158403	30	3.9	31	83	9	119	32	15	29	23	1.95
159436--159460	13	1.9	13	100	0	50	0	4	8	88	0.64
166662--166782	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
166662--166802	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
166791--166815	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4