genome.fa.s291.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold291
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  742724

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109642--109697	12	4.5	13	75	8	53	21	0	44	33	1.52
109811--109933	30	4.1	30	82	4	158	30	23	14	30	1.94
109816--109930	60	1.9	60	89	3	178	31	21	15	31	1.95
112744--112805	32	1.9	33	86	3	90	40	14	16	29	1.88
114510--114566	23	2.5	22	83	11	69	56	15	5	22	1.60
118474--118545	35	2.1	35	91	0	117	41	19	11	27	1.85
122910--122956	23	2.1	22	84	11	60	46	0	0	53	1.00
122944--122968	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
123428--123496	28	2.6	25	82	12	93	44	5	2	46	1.42
123441--123492	14	3.7	14	80	10	61	42	3	3	50	1.39
125292--125349	17	3.6	16	72	9	55	67	8	0	24	1.18
125292--125353	16	3.9	16	76	16	56	67	9	0	22	1.19
127092--127129	13	2.8	13	92	8	58	57	0	0	42	0.98
128332--128364	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
130076--130169	47	2.0	47	93	0	161	29	10	17	42	1.82
133869--133925	26	2.2	26	87	3	80	54	7	3	35	1.45
134518--134552	12	2.9	12	91	8	54	20	0	5	74	1.02
135084--135128	23	1.9	24	82	13	58	28	4	4	62	1.34
137393--137433	18	2.4	17	83	4	55	68	0	0	31	0.90
138228--138276	22	2.2	23	82	7	66	55	0	0	44	0.99
139291--139348	10	5.5	11	76	15	59	72	0	0	27	0.85
139340--139393	20	2.7	19	82	5	54	50	3	0	46	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140459--140520	11	5.8	11	73	7	56	54	0	0	45	0.99
140678--140702	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
141394--141443	2	25.0	2	92	8	84	48	2	0	50	1.12
141578--141625	22	2.1	23	84	7	62	52	6	4	37	1.46
142466--142519	18	3.2	18	67	20	53	51	0	1	46	1.11
142473--142522	17	3.1	17	72	27	54	52	0	2	46	1.12
142470--142534	32	2.1	32	88	5	98	55	0	1	43	1.09
142779--142825	21	2.2	22	81	11	53	40	2	0	57	1.11
150623--150672	20	2.4	21	86	3	66	60	0	2	38	1.09
151178--151225	25	1.9	25	83	8	62	54	2	0	43	1.12
151378--151417	20	2.0	20	85	0	53	35	0	2	62	1.09
151386--151457	27	2.6	27	74	10	74	40	0	1	58	1.07
151466--151522	28	2.0	30	83	13	75	28	1	1	68	1.09
152679--152748	32	2.2	33	86	2	97	30	18	21	30	1.97
152679--152757	33	2.4	32	85	2	95	27	18	21	31	1.97
154851--154931	33	2.5	30	81	15	92	56	2	1	39	1.20
156994--157020	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
158270--158307	19	2.0	19	89	0	58	63	5	2	28	1.30
159165--159206	21	2.0	21	86	9	59	47	0	0	52	1.00
161035--161064	15	2.0	15	93	0	51	50	0	3	46	1.18
162100--162150	25	2.0	27	84	7	70	58	0	0	41	0.98
163084--163116	15	2.1	17	88	11	52	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163363--163419	28	2.0	28	96	0	105	33	10	10	45	1.73
163904--163963	21	2.7	24	70	21	58	61	0	1	36	1.06
164099--164128	15	2.0	15	93	0	51	76	3	0	20	0.92
164171--164218	18	2.5	19	80	10	62	39	6	2	52	1.39
170321--170356	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
170356--170381	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
171070--171131	5	13.2	5	71	19	53	59	0	1	38	1.07
171070--171133	19	3.1	20	78	21	62	59	0	1	39	1.07
171892--171955	28	2.2	29	83	10	87	57	0	0	42	0.98
171890--171957	33	2.1	32	88	2	100	58	0	0	41	0.98
171909--171977	28	2.5	28	77	13	72	60	0	0	39	0.97
171891--171976	15	5.0	18	73	19	69	60	0	0	39	0.97
171902--171977	29	2.6	29	82	14	86	60	0	0	39	0.97
172134--172186	26	2.0	26	82	7	63	49	0	0	50	1.00
172156--172263	28	3.7	28	76	13	92	47	0	0	51	1.07
172143--172260	33	3.7	33	79	15	117	49	0	0	50	1.06
172218--172284	28	2.4	28	82	9	75	44	2	0	52	1.16
175766--175805	2	21.5	2	85	14	59	47	0	0	52	1.00
176185--176218	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
177775--177824	23	2.1	24	85	10	68	28	6	14	52	1.65
180437--180468	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
181434--181475	21	2.0	21	100	0	84	42	14	19	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186652--186704	27	2.0	27	100	0	106	37	7	28	26	1.83
187397--187431	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
189644--189668	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
191132--191180	9	4.6	11	78	14	50	30	0	0	69	0.89
192342--192381	14	2.7	15	92	3	64	50	10	2	37	1.50
192490--192559	34	2.1	34	100	0	140	45	8	8	37	1.65
192500--192555	17	3.3	17	65	9	51	44	7	8	39	1.63
202514--202546	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
203799--203860	18	3.3	18	72	24	65	29	6	12	51	1.65
204681--204712	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
205907--205970	18	3.3	18	70	29	60	29	6	14	50	1.67
206300--206911	309	2.0	301	90	3	965	43	10	11	34	1.75
208296--208356	25	2.4	25	83	5	70	54	13	6	26	1.63
211600--211689	45	2.0	45	100	0	180	24	26	17	31	1.97
216070--216095	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
216582--216620	20	2.0	20	90	10	62	58	5	0	35	1.20
217930--218082	82	1.9	82	91	0	252	37	3	5	53	1.40
218134--218179	19	2.3	20	88	7	67	60	0	0	39	0.97
218125--218193	31	2.2	31	80	12	79	63	1	0	34	1.03
222012--222083	33	2.2	33	79	2	81	34	12	15	37	1.85
234316--234412	42	2.3	43	76	5	99	10	19	4	65	1.38
236585--236623	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237907--237931	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
244483--244549	27	2.4	29	83	14	97	49	0	0	50	1.00
247633--247762	42	3.1	43	83	6	142	36	20	23	20	1.95
250264--250322	1	59.0	1	75	0	55	0	8	3	88	0.63
250264--250322	18	3.4	17	86	6	73	0	8	3	88	0.63
250264--250324	16	4.0	15	81	12	70	0	9	3	86	0.67
250264--250310	18	2.5	20	93	6	80	0	10	0	89	0.49
251366--251432	28	2.4	28	80	9	82	32	14	11	40	1.83
251838--251876	4	9.8	4	100	0	78	25	0	0	74	0.82
252813--252875	33	1.9	33	87	9	94	46	0	0	53	1.00
253016--253044	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
253484--253518	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
253883--253911	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
254934--254969	18	2.1	16	90	10	54	61	0	0	38	0.96
254947--255070	59	2.1	59	90	0	194	54	0	4	41	1.25
255472--255506	17	2.1	17	88	0	52	48	2	0	48	1.16
257021--257056	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
260463--260518	28	1.9	28	89	7	85	50	7	32	10	1.64
260463--260521	29	2.0	30	86	3	84	49	6	33	10	1.63
263512--263566	18	3.0	19	80	17	55	32	1	0	65	1.03
264223--264255	16	2.0	17	88	5	50	39	6	0	54	1.25
265546--265584	17	2.4	16	91	4	60	38	2	2	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265970--266007	20	1.9	19	89	5	58	55	7	0	36	1.29
266297--266383	27	3.1	27	81	15	106	41	2	0	56	1.12
266298--266383	29	3.0	27	78	18	95	40	2	0	56	1.12
266537--266596	17	3.5	17	73	22	54	40	1	0	58	1.08
266541--266607	11	6.9	11	67	27	53	43	1	0	55	1.09
266980--267121	11	14.2	10	71	16	91	59	0	0	40	0.97
266999--267114	25	4.6	25	68	21	80	59	0	0	40	0.97
266980--267123	32	4.9	28	75	18	116	60	0	0	39	0.97
267005--267104	37	2.9	35	86	8	134	59	0	0	41	0.98
266997--267125	9	14.5	8	71	21	64	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3   4   5