genome.fa.s294.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold294
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  984289

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679523--679644	43	2.9	41	72	10	120	18	23	10	46	1.80
679498--679770	85	3.2	85	81	3	284	20	22	11	45	1.82
679539--679806	85	3.2	84	80	4	270	20	19	12	47	1.81
689394--689445	19	2.7	20	90	3	79	38	13	17	30	1.88
691044--691085	20	2.0	21	86	4	59	26	21	0	52	1.47
690858--691158	166	1.8	163	80	8	367	30	12	7	48	1.69
696243--696533	100	2.9	98	78	7	300	35	15	17	31	1.92
696118--696640	106	5.0	105	75	9	360	33	15	18	32	1.92
700063--700104	16	2.6	16	96	0	75	33	0	0	66	0.92
700162--700240	25	3.3	23	74	19	65	34	0	5	60	1.18
703033--704343	440	3.0	440	98	0	2496	41	13	13	30	1.83
707284--707730	166	2.8	157	79	10	433	30	11	8	49	1.68
708237--708283	24	2.0	24	83	8	60	74	2	21	2	1.03
712363--712825	79	5.9	78	78	8	363	37	10	21	30	1.87
712413--712786	78	4.8	78	78	9	370	35	10	22	31	1.88
712413--712804	152	2.5	153	79	9	393	35	10	22	31	1.88
712403--712825	78	5.4	78	77	10	323	37	10	21	30	1.88
712643--712849	79	2.6	78	77	5	202	38	11	22	28	1.89
715214--715243	12	2.4	13	94	5	53	70	0	0	30	0.88
717070--717103	17	2.1	16	89	10	52	0	17	0	82	0.67
717078--717121	17	2.5	17	85	3	52	2	22	0	75	0.92
717075--717118	21	2.2	19	84	8	52	2	22	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717768--717808	20	2.0	20	90	9	66	7	7	4	80	1.02
718325--718490	32	5.2	32	70	9	115	27	17	25	28	1.98
718479--718670	29	6.8	29	84	2	104	25	15	29	29	1.96
718395--719024	28	21.8	28	78	8	478	25	16	28	30	1.96
719019--719355	27	12.4	27	85	4	363	31	14	29	23	1.95
719019--719355	55	6.2	54	83	6	367	31	14	29	23	1.95
719030--719341	82	3.8	81	86	5	405	33	15	29	21	1.94
719019--719427	82	5.1	81	83	6	392	32	14	28	23	1.95
724701--724741	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
724822--724958	53	2.6	53	91	3	222	37	17	17	27	1.92
724983--725013	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
725001--725061	21	2.8	22	92	5	106	26	26	13	34	1.93
725104--725128	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
726760--726801	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
727190--727350	84	1.9	84	82	5	200	54	2	18	25	1.56
731217--731269	21	2.5	21	100	0	106	49	16	15	18	1.80
732206--732230	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
732271--732337	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
732293--732317	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
733320--733411	44	2.1	44	97	0	175	28	3	32	35	1.73
733397--733464	30	2.2	32	89	5	104	29	4	29	36	1.77
734191--734231	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734268--734324	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
734312--734448	53	2.6	53	94	1	229	37	18	16	26	1.92
734473--734503	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
734491--734551	21	2.8	22	92	5	106	26	26	13	34	1.93
738533--738575	19	2.1	21	87	8	63	18	9	0	72	1.11
739360--739474	34	3.5	34	70	11	105	40	16	24	18	1.90
739356--739514	64	2.5	64	81	6	180	37	16	26	20	1.93
753322--753389	32	2.1	32	100	0	136	47	19	5	27	1.72
756263--756314	25	2.1	25	82	10	63	57	11	3	26	1.51
756268--756723	113	4.0	115	79	7	464	43	9	7	39	1.66
756268--756723	115	4.0	113	79	6	472	43	9	7	39	1.66
758312--758353	16	2.6	16	88	0	66	57	9	0	33	1.31
758259--758348	47	1.9	47	82	8	112	56	7	1	34	1.35
759672--759713	21	2.0	21	81	9	50	42	0	19	38	1.51
761172--761322	75	2.0	75	100	0	302	34	10	15	39	1.82
763619--763660	22	1.9	22	100	0	84	45	2	14	38	1.58
765420--765462	4	11.2	4	90	9	56	69	0	0	30	0.88
769423--769472	21	2.4	22	86	6	77	76	0	0	24	0.80
769439--769524	29	3.0	29	76	10	95	70	3	1	24	1.09
769426--769494	20	3.4	19	79	15	59	71	1	1	26	1.03
769504--769765	19	14.8	18	68	22	96	67	4	1	26	1.21
769478--769666	38	5.3	36	70	23	118	65	5	1	26	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769466--769767	9	34.9	9	65	25	88	66	4	1	26	1.23
769447--769879	68	6.4	66	72	14	264	66	5	2	26	1.26
769666--769791	48	2.6	47	78	13	134	68	3	2	25	1.19
769979--770028	18	2.9	17	82	8	66	20	0	6	74	1.03
770025--770094	8	8.5	8	71	14	54	28	0	4	67	1.10
769979--770045	34	1.9	34	85	8	91	22	0	4	73	1.01
770024--770095	15	4.3	16	75	18	67	27	0	4	68	1.08
769951--770125	27	6.5	28	69	19	97	25	1	5	68	1.17
769951--770255	8	33.8	9	63	26	53	26	2	5	65	1.25
770635--770690	25	2.2	25	96	0	103	32	3	41	23	1.71
772053--772121	21	3.0	22	78	14	86	56	11	5	26	1.57
773222--773249	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
773202--773267	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
778192--778246	19	2.8	19	77	5	56	41	9	14	34	1.77
778189--778245	21	2.8	21	73	5	64	40	8	14	36	1.76
782980--783153	79	2.2	77	73	12	165	29	13	13	42	1.83
783517--783543	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
783612--783668	20	2.8	20	86	5	78	29	12	12	45	1.78
784516--784540	8	3.1	8	100	0	50	24	28	12	36	1.91
786075--786622	79	6.9	79	80	4	552	28	22	12	36	1.90
786075--786622	237	2.3	235	83	2	659	28	22	12	36	1.90
786569--786687	57	2.1	58	84	4	152	23	23	16	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786665--786780	51	2.3	51	86	8	157	29	27	12	31	1.92
789788--789835	9	5.6	9	75	9	55	37	2	0	60	1.09
789781--789834	25	2.2	25	96	0	99	42	1	0	55	1.10
789788--789840	16	3.2	16	78	5	61	35	1	0	62	1.06
791880--791905	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
794439--794464	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
796543--796573	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
798377--798421	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
800644--800669	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
806412--806437	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
806437--806482	11	3.7	12	85	14	58	67	0	2	30	1.03
806432--806493	25	2.5	26	77	17	76	64	0	1	33	1.03
808848--808910	32	2.0	32	90	6	101	34	15	20	28	1.94
817548--817587	13	3.1	13	100	0	80	30	15	15	40	1.87
817571--817627	19	2.9	19	84	2	78	33	17	15	33	1.92
817677--817701	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
820617--820650	3	11.3	3	87	0	50	41	0	29	29	1.57
821151--821203	21	2.5	21	87	0	70	62	5	7	24	1.44
821157--821218	21	3.0	21	85	0	70	59	8	11	20	1.57
827409--827459	23	2.1	25	89	7	79	45	11	7	35	1.70
827647--827754	52	2.1	51	82	1	135	33	12	18	35	1.89
830678--830719	22	2.1	19	86	13	57	42	4	0	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834864--834928	33	2.0	33	87	6	96	40	15	15	29	1.88
836035--836083	20	2.5	20	86	0	62	36	16	14	32	1.89
836069--836097	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
836085--836137	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
836164--836220	20	2.8	20	85	15	82	40	21	10	28	1.86
844101--844145	22	2.0	22	100	0	90	40	0	40	20	1.52
844738--844794	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
844780--844804	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
844900--844924	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
844880--844947	33	2.1	33	91	8	113	35	19	13	32	1.90

Tables:   1   2   3   4