genome.fa.s294.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold294
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  984289

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848932--848969	20	1.9	19	94	5	67	34	15	13	36	1.87
849004--849056	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
849086--849142	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
849127--849153	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
849108--849172	33	2.0	32	93	3	112	41	16	15	26	1.88
857595--857632	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
857668--857734	33	2.0	33	88	11	102	34	17	11	35	1.87
857696--857733	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
857688--857713	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
857784--857838	19	2.9	19	97	0	101	41	16	14	27	1.87
857804--857868	32	2.0	32	90	3	103	43	16	13	26	1.86
861774--861827	20	2.7	19	88	11	74	35	18	12	33	1.89
861856--861911	19	2.9	19	86	2	76	37	17	14	30	1.90
862231--862682	35	12.9	35	81	3	428	43	12	21	22	1.86
863696--863738	23	2.0	22	90	9	70	34	13	2	48	1.56
863874--864199	111	2.9	109	82	5	332	36	12	17	33	1.88
868610--868910	153	2.0	154	79	7	335	37	20	17	24	1.94
870375--870445	8	7.9	10	69	20	50	66	0	0	33	0.92
870385--870445	17	3.7	17	79	20	67	65	0	0	34	0.93
870773--871074	153	2.0	149	85	3	408	50	7	11	29	1.67
870927--871253	166	2.0	165	83	5	421	48	8	11	30	1.69
872235--872348	52	2.2	53	85	6	153	46	13	10	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873043--873359	36	8.9	35	72	8	104	34	20	11	33	1.88
872991--873168	71	2.4	73	76	4	171	37	23	9	29	1.87
872829--873279	108	4.2	106	76	7	344	36	21	9	32	1.86
872886--873352	108	4.4	108	76	5	290	35	20	10	33	1.87
873293--873409	33	3.5	33	68	10	92	38	18	8	34	1.82
873267--873411	69	2.1	69	88	2	211	35	18	9	36	1.84
873900--874020	50	2.4	50	93	2	199	33	13	23	29	1.92
873880--874079	50	4.0	50	78	7	129	36	16	19	28	1.93
874249--874390	50	2.8	51	81	4	180	34	16	20	28	1.95
874250--874431	51	3.6	50	79	5	152	36	17	17	28	1.93
879197--879222	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
879178--879240	32	2.0	32	87	6	92	28	15	15	39	1.89
879906--879949	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
881756--881781	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
883861--883891	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
886323--886355	9	3.7	9	95	0	57	18	33	3	45	1.65
887944--887969	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
889131--889446	102	3.2	100	78	7	279	38	12	20	28	1.89
891863--891915	20	2.6	21	85	8	65	32	16	9	41	1.81
894335--894432	5	18.8	5	73	12	63	74	3	6	16	1.14
894333--894380	22	2.2	22	88	7	71	81	0	4	14	0.84
894335--894443	36	3.0	36	81	9	98	73	2	7	16	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895718--895764	16	2.8	17	81	12	62	61	10	2	25	1.39
895935--896044	57	1.9	57	90	1	177	40	13	19	26	1.88
898014--898070	30	1.9	30	85	0	78	40	17	7	35	1.77
898777--899016	130	1.9	129	85	7	335	48	10	6	34	1.63
899985--900041	20	2.8	20	75	0	51	29	12	15	42	1.84
907192--907544	27	12.8	28	88	2	484	24	32	14	29	1.94
907192--907544	55	6.4	55	86	4	478	24	32	14	29	1.94
907192--907628	55	7.9	55	84	5	461	24	32	14	28	1.95
907422--908101	28	24.1	28	79	7	512	27	28	18	25	1.98
907422--908101	56	12.1	57	79	7	570	27	28	18	25	1.98
907201--908101	84	10.7	84	79	6	553	26	29	17	26	1.97
908911--909026	20	5.7	20	81	8	135	31	14	12	40	1.84
908902--909026	43	3.0	42	79	12	168	31	15	12	40	1.84
918197--918257	13	5.2	13	70	22	53	36	18	14	31	1.91
918198--918277	33	2.4	33	100	0	160	37	15	15	32	1.88
918211--918279	20	3.8	20	69	25	71	36	14	14	34	1.87
920114--920186	20	3.7	19	83	8	76	36	16	16	30	1.91
920714--920787	22	3.6	21	73	14	73	24	33	2	39	1.70
922660--922701	13	3.2	13	79	0	57	35	14	19	30	1.91
922812--922855	19	2.3	19	84	7	54	61	25	0	13	1.32
922835--922893	32	1.9	31	83	10	77	57	22	1	18	1.49
928161--928190	13	2.3	13	100	0	60	30	13	16	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928141--928203	33	1.9	33	87	6	92	28	20	14	36	1.92
928235--928295	21	3.0	21	77	15	74	34	16	13	36	1.87
928276--928302	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
929439--929493	19	2.8	20	84	13	78	34	16	16	32	1.91
929479--929505	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
933394--934104	49	15.0	49	74	11	496	32	17	24	25	1.97
933745--933905	39	3.9	39	76	13	169	27	19	26	26	1.99
933696--933953	87	3.0	87	92	0	426	28	19	26	25	1.99
933784--934104	48	6.9	47	74	13	290	32	18	23	25	1.97
933965--934111	43	3.3	43	75	14	161	34	17	21	25	1.96
933928--934108	92	1.9	94	88	2	276	33	17	23	25	1.96
933784--934104	142	2.3	135	84	7	421	32	18	23	25	1.97
934101--934391	33	8.9	33	77	9	235	37	12	31	19	1.88
934101--934445	33	10.8	33	76	12	166	36	12	31	20	1.90
934152--934276	65	1.9	66	90	1	198	41	14	28	16	1.87
934265--934322	27	2.2	26	84	6	80	36	13	31	18	1.90
934271--934323	27	2.0	27	92	0	88	30	15	33	20	1.93
934231--934389	60	2.5	63	84	10	191	37	11	30	20	1.89
934096--934430	95	3.5	92	79	10	338	36	12	30	20	1.89
934386--935228	32	27.1	31	77	10	685	33	15	28	23	1.95
934395--935233	186	4.5	187	77	11	742	33	15	28	23	1.95
936500--936534	17	2.0	17	94	5	61	5	0	11	82	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
943642--943696	19	2.8	19	78	8	65	32	12	10	43	1.78
944876--944912	18	2.0	18	89	5	56	43	0	10	45	1.39
944880--944921	18	2.3	18	84	11	59	42	0	9	47	1.36
946386--946410	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
948373--949137	73	10.5	73	72	6	424	29	27	13	29	1.94
948371--949075	146	4.9	145	73	7	515	30	28	12	28	1.93
948371--949127	291	2.6	290	78	8	716	29	28	12	29	1.93
949954--950139	93	2.0	93	97	0	354	39	14	15	30	1.87
952225--952276	25	2.0	27	85	7	72	34	34	13	17	1.89
952264--952644	106	3.6	105	76	6	333	30	22	8	38	1.84
955442--955494	20	2.7	20	88	8	81	30	15	16	37	1.90
955330--955568	112	2.1	112	80	1	255	31	16	15	36	1.90
957723--957768	23	2.0	23	91	0	74	19	8	43	28	1.80
963041--963485	81	5.5	81	79	6	458	29	26	9	34	1.89
962957--963492	163	3.3	161	78	9	513	29	25	10	34	1.89
963247--963298	28	1.9	27	88	7	79	26	30	13	28	1.94
964551--964596	20	2.3	20	88	7	67	28	17	15	39	1.90
966800--966889	31	2.9	31	83	11	121	35	18	16	28	1.93
966800--966893	32	2.9	33	84	9	124	34	20	17	28	1.95
971618--971735	34	3.5	34	88	2	168	42	9	22	25	1.83
971701--971757	22	2.6	22	94	0	96	38	10	22	28	1.87
977648--977697	23	2.2	23	100	0	100	46	8	26	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978393--978428	15	2.4	15	100	0	72	0	33	0	66	0.92
978832--978874	22	1.9	23	90	4	70	25	6	0	67	1.15
978832--978874	23	1.9	22	85	4	59	25	6	0	67	1.15

Tables:   1   2   3   4

The End!