genome.fa.s305.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold305
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  704983

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172302--172464	81	2.0	81	93	0	281	38	16	24	20	1.92
174495--174524	2	15.0	2	92	0	51	3	0	46	50	1.18
174495--174527	12	2.8	12	95	0	57	6	0	45	48	1.27
174527--174554	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
175207--175255	19	2.6	19	81	15	57	55	0	0	44	0.99
175220--175267	25	1.9	25	87	8	71	50	0	0	50	1.00
175586--175661	29	2.6	31	80	13	81	47	0	1	51	1.09
177523--177645	57	2.2	56	81	8	135	50	0	1	47	1.10
177856--177920	25	2.4	27	80	14	73	40	6	1	52	1.36
178324--178351	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
182947--182987	20	2.1	19	86	4	55	63	9	2	24	1.37
183353--183401	21	2.3	21	96	0	89	44	4	44	6	1.47
183732--183767	2	18.5	2	88	5	56	50	0	0	50	1.00
183708--183770	25	2.6	24	80	9	67	46	3	3	47	1.34
184152--184208	21	2.7	20	78	13	60	45	1	12	40	1.52
189213--189256	18	2.5	18	85	3	63	38	4	27	29	1.76
192427--192555	52	2.5	52	96	2	233	31	17	17	33	1.94
192427--192575	52	2.9	50	89	7	210	32	17	18	32	1.94
192564--192588	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192653--192677	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
192631--192697	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
193615--193997	49	8.0	49	82	8	457	32	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193628--193997	92	3.9	95	90	5	563	31	17	24	25	1.97
193990--194102	33	3.5	33	91	3	178	17	15	36	30	1.92
194084--194954	34	25.6	35	81	11	738	33	11	34	20	1.89
194307--194445	27	4.6	28	71	20	86	29	15	37	17	1.91
194374--194495	60	2.0	63	85	7	171	27	14	36	20	1.92
194936--195099	62	2.6	61	86	6	215	28	16	29	25	1.97
194955--195099	31	4.7	31	87	7	197	26	17	29	26	1.98
196048--196106	1	59.0	1	75	0	55	0	3	8	88	0.63
196050--196106	23	2.4	23	91	2	87	0	3	8	87	0.64
196042--196106	26	2.5	26	83	13	82	0	4	9	86	0.71
196041--196106	29	2.4	28	87	7	91	0	4	10	84	0.75
196343--196417	11	6.7	12	80	17	74	0	0	16	84	0.63
196343--196416	23	3.4	22	79	20	84	0	0	16	83	0.64
196343--196415	19	3.4	21	80	17	87	0	0	16	83	0.64
196343--196414	32	2.2	32	90	4	110	0	0	16	83	0.65
201197--201288	45	2.0	45	100	0	184	23	19	28	28	1.98
202506--202627	52	2.3	52	95	0	217	28	18	18	35	1.94
202722--202746	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
202701--202766	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
204622--204658	15	2.3	17	86	9	51	35	0	0	64	0.94
205730--205769	5	8.0	5	94	0	62	15	0	40	45	1.46
206166--206215	20	2.3	22	83	10	59	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207626--207696	29	2.6	29	82	10	87	49	0	4	46	1.21
207626--207676	2	26.0	2	82	11	61	50	0	1	47	1.12
208582--208621	20	2.0	21	86	13	59	67	0	0	32	0.91
209086--209438	194	1.8	193	91	4	586	48	5	8	37	1.58
211471--211526	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
211953--211996	23	1.9	23	85	0	61	38	2	6	52	1.41
215752--215777	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
219253--219308	19	2.8	19	73	17	60	57	3	1	37	1.27
219412--219467	24	2.3	25	84	3	69	42	1	0	55	1.10
220719--220852	47	2.9	47	85	0	169	36	14	10	38	1.81
230636--230686	22	2.4	22	90	9	79	47	0	0	52	1.00
230960--230995	6	6.0	6	93	0	63	80	2	16	0	0.83
231309--231357	19	2.8	18	81	12	57	51	0	2	46	1.12
231311--231346	17	2.2	17	90	5	56	52	0	2	44	1.15
231287--231360	22	3.5	21	75	15	64	48	0	2	48	1.15
231367--231451	41	2.0	44	86	6	122	54	0	0	45	1.00
231703--231756	26	2.0	26	85	7	72	31	5	1	61	1.30
232093--232145	15	3.7	14	79	18	56	32	0	3	64	1.12
235267--235313	20	2.3	21	82	10	62	44	0	0	55	0.99
235975--236009	10	3.5	10	92	0	52	71	0	5	22	1.07
237743--237781	13	2.7	15	80	19	55	53	0	0	46	1.00
237743--237805	29	2.2	29	88	0	90	47	1	1	49	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237942--238004	21	3.2	20	77	18	71	55	0	1	42	1.09
237896--238389	172	2.9	170	82	7	570	44	3	2	48	1.34
238282--238330	21	2.2	23	79	17	59	42	4	0	53	1.20
238596--238648	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
250918--250952	16	2.2	16	89	0	52	57	2	0	40	1.14
252676--252717	13	2.9	15	79	17	52	50	0	0	50	1.00
253736--253762	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
253764--253813	16	3.3	16	81	8	52	54	2	0	44	1.11
253765--253821	23	2.5	23	82	2	71	52	3	0	43	1.18
253778--253829	23	2.3	23	82	0	59	55	1	0	42	1.10
254181--254218	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
255595--255622	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
255674--255728	13	3.9	14	75	15	51	50	3	0	45	1.19
255666--255707	13	2.9	15	79	17	52	50	0	0	50	1.00
255666--255730	29	2.2	29	86	0	85	44	3	0	52	1.16
256212--256246	17	2.1	16	89	5	52	25	2	0	71	1.00
258546--258574	14	2.1	14	100	0	58	41	6	24	27	1.80
260325--260426	53	2.0	50	80	5	114	37	4	7	50	1.53
260414--260450	17	2.2	17	90	0	56	45	0	0	54	1.00
260437--260508	33	2.2	33	82	0	90	41	1	4	52	1.29
260456--260520	32	2.0	33	87	3	96	35	1	7	55	1.38
261207--261293	14	6.8	12	73	19	54	42	1	2	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261428--261483	26	2.2	26	79	17	73	53	0	1	44	1.11
263210--263249	20	2.1	19	86	9	55	52	0	0	47	1.00
264530--264567	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
264952--265000	18	2.6	19	81	12	57	61	0	0	38	0.96
265525--265697	85	2.0	85	94	1	303	24	19	6	48	1.73
280916--280945	8	3.8	8	100	0	60	13	0	0	86	0.57
281855--281883	13	2.1	14	93	6	51	55	0	3	41	1.17
281872--281916	17	2.6	17	85	0	63	55	0	2	42	1.12
284092--284137	9	5.4	9	78	21	55	34	0	0	65	0.93
284075--284137	25	2.6	25	87	7	85	38	1	0	60	1.07
284084--284132	15	3.2	15	86	11	64	34	0	0	65	0.93
284097--284132	15	2.3	16	95	4	65	33	0	0	66	0.92
284429--284478	21	2.6	19	81	12	59	38	0	0	62	0.96
285047--285088	22	1.9	22	90	9	68	64	0	0	35	0.94
285962--286028	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
285982--286006	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
286069--286093	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
286102--286229	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
293112--293167	12	4.8	11	86	8	76	87	12	0	0	0.54
293114--293166	23	2.3	22	93	6	88	86	13	0	0	0.56
293113--293167	11	4.7	11	78	12	65	87	12	0	0	0.55
293403--293455	15	3.3	16	86	7	81	84	7	7	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293405--293461	23	2.4	24	82	5	71	84	7	8	0	0.79
293405--293462	15	3.7	15	84	13	73	84	6	8	0	0.78
293516--293544	11	2.6	11	100	0	58	93	6	0	0	0.36
294496--295295	33	23.3	32	79	13	559	21	33	11	33	1.90
294525--295277	105	7.3	104	88	7	931	20	33	11	34	1.89
294555--295282	176	4.2	174	92	3	1127	20	33	11	34	1.89
294527--295282	34	21.9	34	84	8	908	20	33	11	34	1.89
295349--295483	52	2.5	52	80	3	153	25	23	16	34	1.95
295511--295764	49	5.1	49	75	13	241	25	24	16	34	1.95
295521--295655	43	3.0	44	86	7	191	26	23	18	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5