genome.fa.s333.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold333
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  853475

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954--1240	57	5.0	57	83	5	319	29	28	17	24	1.97
960--1240	87	3.2	87	84	4	336	30	28	17	24	1.97
1297--1379	31	2.6	33	84	9	118	28	33	16	20	1.95
1318--1386	31	2.3	31	92	7	115	31	37	15	14	1.88
1379--1666	49	5.9	49	84	7	327	24	27	17	31	1.97
1439--1662	92	2.4	92	84	4	286	24	26	18	30	1.98
2484--2508	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2464--2530	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2604--2732	52	2.5	52	93	0	222	34	17	17	30	1.94
10501--10537	18	2.1	18	90	10	58	81	0	0	18	0.70
12014--12444	131	3.3	130	77	6	374	16	23	18	42	1.89
11983--12444	65	7.1	67	76	6	297	16	23	18	41	1.89
13249--13309	32	2.0	30	83	6	77	29	6	9	54	1.59
15311--15400	44	2.0	45	84	2	119	27	13	14	44	1.82
17422--17480	31	1.9	30	86	6	82	44	10	1	44	1.48
17767--17828	3	20.7	3	96	0	115	30	0	1	67	1.00
18244--18310	35	1.9	35	87	3	100	32	20	11	34	1.90
18740--18777	20	1.9	20	100	0	76	36	18	15	28	1.92
18677--18837	63	2.6	63	89	2	243	34	16	14	34	1.89
18803--18840	20	1.9	20	94	0	67	36	13	10	39	1.79
18897--18946	19	2.5	20	87	3	66	40	14	18	28	1.89
19537--19696	80	2.0	80	96	0	293	36	21	3	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27587--27747	63	2.6	63	91	2	252	34	15	14	34	1.89
27713--27750	20	1.9	20	94	0	67	36	13	10	39	1.79
27807--27871	33	2.0	32	87	3	94	41	15	15	27	1.87
32760--32920	79	2.0	80	96	1	297	33	4	10	50	1.58
32784--32952	79	2.1	79	82	4	207	33	6	11	47	1.66
36652--36676	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
37971--38028	29	2.0	29	96	0	107	41	18	13	25	1.88
42481--42511	15	2.0	16	93	6	55	45	6	3	45	1.45
42573--42613	14	3.0	14	89	3	57	70	2	0	26	0.99
50236--50276	19	2.2	19	100	0	82	53	9	0	36	1.34
55213--55250	20	1.9	20	94	0	67	31	13	10	44	1.77
65904--65957	22	2.6	21	83	13	67	48	1	0	50	1.11
67402--67451	23	2.2	23	82	7	57	58	0	0	42	0.98
68449--68494	22	2.0	24	84	16	62	41	0	2	56	1.11
71183--71215	10	3.0	11	86	13	50	54	0	0	45	0.99
71290--71335	19	2.4	19	85	10	58	26	0	6	67	1.15
71721--71746	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
79246--79308	19	3.6	19	76	24	84	36	15	19	28	1.92
79264--79289	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
79246--79308	32	2.0	32	100	0	126	36	15	19	28	1.92
83351--83381	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
85460--85485	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88041--88066	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
90888--90936	20	2.4	21	86	10	66	34	10	20	34	1.86
96538--96580	18	2.4	18	80	7	52	0	18	6	74	1.04
96702--96752	25	2.0	27	81	14	63	17	11	19	50	1.76
97223--97265	13	3.4	13	77	3	52	30	0	2	67	1.03
97231--97295	11	5.6	12	70	22	50	32	0	1	66	1.01
97234--97295	21	3.1	19	73	26	56	32	0	1	66	1.02
97876--98316	42	10.5	42	79	4	363	38	19	25	16	1.92
98286--98341	29	1.9	29	96	0	103	33	16	32	17	1.92
98351--98960	42	14.5	42	75	10	299	39	17	25	17	1.92
98163--98467	155	2.0	155	83	2	389	38	18	25	17	1.93
98126--98509	197	1.9	197	83	3	495	38	18	25	17	1.93
98324--98960	126	5.1	125	76	6	511	39	17	25	17	1.92
98366--98960	168	3.5	166	78	5	558	39	18	25	17	1.92
98344--98962	84	7.4	82	71	10	398	39	17	25	17	1.92
102317--102348	16	1.9	17	93	6	57	59	6	15	18	1.57
103156--103208	25	2.1	26	85	3	72	18	16	13	50	1.77
107554--107638	20	4.3	20	71	16	61	41	9	12	36	1.76
110618--110666	20	2.4	21	86	10	66	32	16	8	42	1.77
116924--117052	52	2.5	52	96	0	240	27	19	18	34	1.95
117061--117085	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
117130--117181	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117138--117202	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
117130--117200	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
118625--118904	49	5.8	48	82	7	320	31	19	24	24	1.98
118767--118832	21	3.1	21	64	20	55	30	18	25	25	1.98
118625--118912	92	3.0	96	86	7	399	31	19	24	23	1.98
118921--119073	29	5.4	28	82	7	166	18	16	30	33	1.94
118946--119073	57	2.2	57	91	2	204	20	17	28	33	1.95
120530--120618	1	89.0	1	72	0	61	1	2	11	85	0.74
120524--120618	8	11.9	8	76	14	74	1	2	12	84	0.77
120515--120618	20	5.1	19	81	12	111	0	1	13	83	0.78
120515--120618	39	2.6	41	82	11	126	0	1	13	83	0.78
134121--134249	52	2.5	52	94	0	222	27	20	17	34	1.95
134258--134282	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
134327--134410	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
134335--134431	19	5.8	18	72	27	97	37	17	12	32	1.87
134327--134429	32	3.2	32	98	0	197	35	18	12	33	1.89
140871--140921	20	2.5	21	90	3	77	37	5	19	37	1.76
140969--141045	20	3.8	20	87	6	102	37	12	15	33	1.86
142008--142047	21	2.0	21	90	9	66	20	22	15	42	1.88
143297--143364	27	2.5	27	97	0	127	25	36	20	17	1.94
145614--145736	28	4.4	28	86	1	156	26	24	20	29	1.99
145813--146013	79	2.6	78	80	5	235	25	22	14	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146049--146173	53	2.4	53	86	0	178	28	25	14	31	1.95
146049--146188	53	2.6	52	80	4	163	27	26	12	33	1.93
147933--147957	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
149774--149816	20	2.2	20	95	0	77	37	16	16	30	1.91
150108--150166	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
158786--158852	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
158806--158830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
158893--158917	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
166167--166212	16	3.0	16	75	6	51	78	8	10	2	1.05
167179--167323	31	4.7	31	85	10	199	25	30	19	24	1.98
167179--167347	62	2.7	63	85	8	215	25	30	17	27	1.97
167179--167358	93	1.9	93	82	8	224	25	30	17	27	1.97
167331--167650	34	9.8	33	79	13	303	21	34	13	30	1.91
167331--167840	70	7.9	61	77	17	350	21	33	12	31	1.91
167457--167845	70	5.4	70	84	12	455	20	34	12	32	1.90
167564--167736	87	2.0	88	93	1	294	21	32	12	32	1.91
167677--167845	34	4.9	33	86	10	232	20	32	11	34	1.89
167518--167806	158	1.8	157	93	0	497	21	33	12	32	1.90
167659--167845	71	2.7	70	92	2	306	19	33	12	34	1.89
167671--167866	35	5.5	35	84	12	258	20	34	10	34	1.87
167848--167988	34	4.2	34	93	0	241	27	36	17	19	1.93
167988--168925	49	19.7	49	85	7	1274	25	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168230--168297	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
168178--168934	92	8.1	92	93	2	1149	24	26	18	30	1.98
167983--168925	141	6.6	141	85	7	1282	24	26	18	30	1.98
168835--168973	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
169799--169856	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
169895--169919	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
180217--180258	21	2.0	21	90	4	68	54	9	11	23	1.66
182616--182662	19	2.6	18	80	6	51	44	0	10	44	1.38
183442--183533	43	2.1	43	87	0	130	11	14	9	64	1.50
185378--185438	28	2.2	28	90	0	95	42	11	19	26	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6