genome.fa.s333.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold333
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  853475

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187650--187705	24	2.4	23	85	5	76	37	14	14	33	1.86
187625--187724	23	4.3	23	78	5	85	33	14	21	32	1.92
187625--187726	47	2.2	47	78	5	109	33	13	20	32	1.92
188203--188240	12	3.0	13	84	3	51	39	2	10	47	1.52
190628--190653	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
191841--192399	154	3.7	149	77	7	531	32	6	7	53	1.55
191789--192399	306	2.0	300	82	5	721	32	6	7	53	1.55
192659--193065	80	5.1	79	74	7	279	31	9	28	30	1.89
192727--192887	79	2.0	80	85	1	216	29	8	30	31	1.87
192758--193047	160	1.8	160	82	2	377	30	9	29	30	1.88
195457--195483	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
203261--203313	19	2.7	20	94	2	90	32	18	13	35	1.90
213031--213331	167	1.8	165	84	5	417	27	11	7	52	1.65
215060--215106	20	2.3	20	85	7	60	72	2	2	23	1.06
215516--216115	154	3.9	154	78	5	552	24	18	18	38	1.93
215507--216174	306	2.2	305	80	5	727	24	18	19	38	1.93
220284--220504	79	2.8	77	77	9	205	47	13	12	27	1.78
222340--222408	26	2.7	26	77	4	68	53	11	7	27	1.63
223519--223552	14	2.4	14	85	0	50	29	8	14	47	1.75
223570--223671	49	2.0	50	94	3	179	29	12	11	46	1.78
224236--224264	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
228763--228793	13	2.4	13	94	0	53	35	6	19	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228744--228806	33	1.9	33	83	6	83	33	14	15	36	1.88
228837--228910	20	3.8	19	82	5	85	39	16	12	32	1.85
232381--232482	51	2.0	51	96	0	186	26	11	10	50	1.71
232809--233537	104	7.1	103	78	11	671	55	4	1	38	1.31
232809--233537	51	14.3	52	77	11	656	55	4	1	38	1.31
233212--233488	152	1.8	153	87	6	420	52	5	2	38	1.39
234568--234712	54	2.7	52	80	9	166	41	4	3	51	1.38
240505--240710	78	2.6	78	82	2	234	28	16	29	25	1.96
240662--240733	28	2.6	28	81	0	81	25	18	33	23	1.97
240721--241106	52	7.4	51	71	12	228	32	12	25	29	1.93
240925--241000	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
240616--241111	263	1.9	262	87	4	739	32	13	26	28	1.94
243460--243526	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
243481--243506	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
243546--243613	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
243568--243592	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
243549--243611	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
243649--243723	21	3.7	20	89	7	107	32	13	17	37	1.88
250046--250160	58	2.0	59	89	1	178	32	20	18	29	1.96
251320--251391	20	3.7	19	85	7	83	30	19	13	36	1.91
251442--251466	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
251424--251486	33	1.9	32	87	12	92	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262040--262083	21	2.1	21	86	0	61	20	9	2	68	1.28
262069--262531	153	3.0	149	77	7	432	32	7	8	50	1.63
262834--262870	19	2.0	19	85	15	51	81	0	2	16	0.81
264559--264897	156	2.2	157	81	5	393	25	12	20	41	1.88
264561--265029	156	3.0	158	77	7	379	25	14	20	39	1.90
265559--265601	20	2.2	20	87	8	61	30	0	4	65	1.13
266442--266508	22	3.0	22	77	2	71	52	20	2	23	1.61
269004--269043	20	2.0	20	95	0	71	27	10	20	42	1.83
269571--269634	22	2.9	22	71	15	60	32	12	12	42	1.80
272634--272686	20	2.7	20	84	0	70	35	24	9	30	1.87
273209--273320	51	2.2	52	85	1	154	30	13	12	43	1.81
275226--275302	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
275340--275405	19	3.8	18	77	22	79	37	10	15	36	1.82
275340--275400	32	1.9	32	93	6	106	36	9	16	37	1.82
275445--275470	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
277950--278024	27	2.7	28	87	6	100	24	32	20	24	1.98
278008--278230	52	4.3	52	81	5	166	29	26	11	32	1.92
278055--278230	52	3.4	52	82	7	230	30	26	11	31	1.91
278213--278289	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
277839--278340	264	1.9	263	90	1	808	28	27	13	30	1.94
278243--278446	78	2.6	78	82	2	230	24	30	17	27	1.97
282118--282142	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282098--282164	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
282206--282230	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
297317--297379	17	3.6	17	77	12	65	65	1	1	31	1.12
297431--297507	24	3.2	24	73	8	77	44	7	0	48	1.32
300047--300072	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
300771--300814	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
302621--302659	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
304739--304769	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
306576--306620	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
308834--308859	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
309892--310178	149	1.9	148	81	9	341	41	12	9	36	1.75
310059--310293	130	1.8	131	87	2	357	41	13	12	32	1.82
310851--310924	20	3.8	20	80	7	89	33	16	16	33	1.91
310970--310996	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
310960--311051	33	2.8	34	91	3	136	39	11	18	30	1.87
310987--311052	20	3.7	20	73	26	83	37	12	18	31	1.87
311007--311031	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
317434--317461	8	3.5	8	100	0	56	10	10	28	50	1.71
318547--318611	33	2.0	31	85	5	85	24	29	18	27	1.98
318539--318602	33	1.9	33	93	0	110	25	31	17	26	1.97
323122--323198	20	3.9	19	76	6	73	33	12	12	40	1.82
323122--323199	40	2.0	39	84	2	102	33	12	14	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324107--324162	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
324115--324169	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
327386--327410	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
327415--327535	52	2.3	52	92	0	179	33	13	13	39	1.83
327503--327567	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
327522--327546	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
327501--327565	32	2.0	32	96	0	121	36	16	12	33	1.87
328036--328075	11	3.3	12	82	10	55	10	17	0	72	1.11
328648--329607	165	5.8	163	78	8	589	52	9	10	27	1.66
328738--329610	167	5.2	164	79	6	754	53	9	9	27	1.64
328782--329620	165	5.0	164	77	10	616	53	9	9	27	1.64
330596--330793	42	4.7	43	77	1	193	28	18	31	21	1.96
330867--331038	43	4.0	43	81	0	200	35	24	25	14	1.93
331362--331551	78	2.4	78	87	0	281	25	11	33	30	1.90
332299--332323	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
332308--332345	20	1.9	19	94	5	67	36	18	15	28	1.92
338614--338640	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
340057--340108	24	2.2	24	96	0	95	13	46	5	34	1.67
342200--342479	53	5.0	57	90	2	396	18	20	13	47	1.82
350414--350444	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
351630--351745	51	2.3	51	87	3	171	29	12	26	31	1.92
351730--351800	28	2.6	27	81	18	85	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
351713--351922	109	1.9	110	87	2	307	34	14	24	25	1.94
351837--351912	28	2.7	28	87	0	107	27	19	30	22	1.98
351897--352076	51	3.5	52	78	6	183	33	12	25	28	1.92
354477--354528	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
355433--355539	51	2.0	54	85	7	148	38	21	2	37	1.68
357209--357249	13	3.2	13	92	0	73	39	14	14	31	1.87
363407--363437	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
363385--363453	33	2.1	33	86	10	97	33	17	13	36	1.88
363480--363536	19	2.9	20	89	5	89	35	15	14	35	1.88
363522--363548	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6