genome.fa.s333.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold333
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  853475

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
666915--667023	51	2.1	51	86	3	148	32	23	10	33	1.88
666836--667147	130	2.4	130	90	3	468	30	24	10	34	1.90
667043--667261	51	4.3	51	88	3	332	31	26	10	31	1.89
667047--667265	103	2.1	102	87	4	325	31	27	8	31	1.87
667197--667498	79	3.8	78	77	6	299	26	27	14	31	1.95
667434--667559	51	2.5	51	84	5	157	26	24	13	34	1.93
669238--669310	34	2.1	35	85	7	96	54	12	16	16	1.70
678034--678094	13	5.1	13	77	18	78	34	16	16	32	1.91
685387--685456	28	2.5	28	88	0	95	24	18	34	22	1.96
685314--685508	107	1.8	107	81	4	241	33	14	25	26	1.94
685444--685658	51	4.3	51	81	4	251	33	10	25	31	1.89
685444--685663	102	2.2	100	84	5	291	32	10	25	31	1.90
685413--685852	229	1.9	229	85	2	605	32	11	26	29	1.91
685594--685738	79	1.9	76	84	4	191	28	15	28	26	1.96
685674--685842	51	3.3	51	85	3	198	31	11	26	29	1.92
686672--686739	19	3.9	18	75	23	74	36	11	14	36	1.83
686674--686736	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
686693--686717	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
695074--695377	34	9.0	34	89	4	429	18	35	12	33	1.88
695074--695405	67	5.0	67	87	4	442	18	35	12	32	1.89
695277--695405	29	4.2	29	74	15	80	20	33	13	33	1.91
695400--695493	34	2.8	34	96	0	170	18	28	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695489--697057	49	33.3	49	81	11	1856	25	24	17	32	1.97
695501--697048	92	16.4	92	90	4	1913	25	24	17	32	1.97
695501--697102	285	5.7	279	88	7	1928	25	24	17	32	1.97
697077--697196	52	2.3	52	81	4	143	24	25	16	34	1.96
697868--697935	19	3.9	18	71	23	65	36	10	14	38	1.81
697870--697932	32	2.0	32	90	0	99	36	11	15	36	1.84
702928--702955	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
702910--702973	33	1.9	33	87	0	92	42	12	15	29	1.84
703000--703068	32	2.2	32	94	2	122	37	15	13	33	1.86
703025--703049	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
703007--703066	18	3.6	18	74	23	67	36	15	13	35	1.86
703128--703170	21	2.0	21	100	0	86	37	13	13	34	1.85
707776--707802	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
709326--709385	21	2.9	20	80	11	68	21	21	1	55	1.53
710439--710479	20	2.0	21	90	9	66	39	7	7	46	1.60
712717--712901	50	3.7	50	80	2	210	29	16	13	40	1.87
713219--713260	21	2.0	20	82	13	50	14	28	16	40	1.88
715227--715659	79	5.5	78	82	6	464	30	25	13	31	1.93
715227--715659	158	2.8	156	84	5	520	30	25	13	31	1.93
718900--718962	33	1.9	33	90	6	101	33	15	14	36	1.88
718991--719029	20	2.0	20	100	0	78	30	15	10	43	1.80
718994--719046	19	2.7	20	88	2	72	35	16	13	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719035--719059	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
719016--719080	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
721539--721565	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
724761--724800	21	1.9	21	85	10	55	27	15	5	52	1.63
727082--727158	20	4.0	20	88	5	113	33	16	15	33	1.91
727082--727158	39	2.0	39	87	5	111	33	16	15	33	1.91
727143--727167	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
727124--727188	33	2.0	32	87	3	94	36	15	16	30	1.90
728503--728528	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
730595--730646	20	2.4	21	84	12	70	3	26	50	19	1.65
730907--730947	22	2.0	20	86	13	57	43	4	19	31	1.72
731079--731116	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
737418--737442	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
738729--738766	20	1.9	20	94	0	67	44	21	13	21	1.85
742275--742353	3	26.3	3	92	0	95	31	7	1	59	1.33
751217--751249	16	2.1	16	100	0	66	51	0	24	24	1.48
752424--752948	80	6.6	79	84	5	630	33	12	26	27	1.92
752778--752836	29	2.0	31	93	6	104	32	13	27	27	1.94
752424--752948	238	2.2	237	86	5	722	33	12	26	27	1.92
754525--754564	13	3.1	13	92	0	71	30	12	17	40	1.86
754548--754604	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
754914--754938	11	2.3	11	100	0	50	56	32	12	0	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754577--755271	360	1.9	360	100	0	1390	39	20	16	23	1.91
763871--763908	3	12.7	3	88	0	58	28	31	0	39	1.57
765493--765517	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
765567--765621	19	2.8	19	80	2	65	38	16	16	29	1.90
770768--770801	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
770886--770937	26	2.0	26	81	7	61	48	0	0	51	1.00
770957--770991	7	5.0	7	86	13	54	71	2	0	25	1.00
772167--772220	26	2.1	26	82	6	65	42	0	16	40	1.48
773802--773884	41	2.0	41	85	0	112	43	14	26	15	1.85
773988--774026	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
779453--779633	78	2.3	78	77	10	181	39	9	21	29	1.85
779579--779692	51	2.2	51	84	9	144	36	8	25	28	1.86
779630--779801	79	2.2	78	80	6	177	30	9	28	31	1.89
779759--779830	28	2.6	28	88	4	110	16	13	36	33	1.89
782200--782337	51	2.7	51	86	4	188	42	13	14	29	1.83
782393--782444	20	2.5	20	87	3	68	28	17	13	40	1.87
783986--784079	49	2.0	46	89	8	145	32	13	9	43	1.77
790686--790716	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
792242--792269	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
794686--794723	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
796123--796166	15	2.9	15	93	3	70	47	2	0	50	1.13
796172--796250	32	2.5	31	81	6	95	40	7	1	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796172--796250	16	4.9	16	76	0	68	40	7	1	50	1.39
796157--796234	16	4.9	16	76	7	70	42	6	0	51	1.27
796195--796275	32	2.5	32	80	7	85	38	8	1	51	1.41
796353--796394	15	2.7	15	82	17	59	52	0	0	47	1.00
796353--796417	31	2.1	31	81	13	73	52	0	0	47	1.00
796464--796524	16	3.8	16	79	14	63	36	3	3	57	1.31
797544--797575	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
804820--804900	41	2.0	41	90	0	126	39	16	17	27	1.90
806127--806185	13	4.6	13	72	17	52	40	0	0	59	0.97
806767--806826	24	2.6	22	80	19	70	51	0	0	48	1.00
806800--806838	19	2.1	19	85	0	51	51	2	0	46	1.14
806767--806824	21	2.5	23	78	21	68	51	0	0	48	1.00
814178--814226	17	2.8	17	79	14	55	38	0	6	55	1.25
814317--814415	33	3.0	33	68	18	80	45	4	2	48	1.32
814558--814611	26	2.1	26	100	0	108	37	7	3	51	1.48
815101--815203	27	3.7	28	76	16	115	65	1	0	33	1.04
815076--815177	52	2.0	52	84	7	136	63	0	0	35	1.01
815116--815173	21	2.8	21	84	7	66	68	0	0	31	0.89
815083--815205	27	4.6	26	78	11	101	62	2	0	34	1.08
818662--818707	20	2.2	20	92	3	74	65	0	0	34	0.93
818950--819015	21	3.1	21	80	4	71	39	6	0	54	1.25
822774--822824	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822794--823194	195	2.1	195	99	0	784	29	18	15	36	1.92
823423--823457	8	4.5	8	96	3	63	77	0	0	22	0.78
824580--824613	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
826562--826632	34	2.1	34	100	0	142	38	14	14	33	1.86
828558--828624	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
828578--828602	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
828668--828695	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
828681--828821	52	2.7	50	88	6	201	33	17	17	31	1.94
828701--828821	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
838446--838521	16	4.8	16	79	9	75	57	6	2	32	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6