genome.fa.s349.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold349
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1036866

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1052--1171	52	2.3	52	95	1	215	28	18	18	35	1.94
1052--1191	52	2.7	51	89	5	203	30	17	18	33	1.94
1180--1204	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1267--1291	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1246--1312	32	2.0	34	88	5	102	40	13	11	34	1.81
2186--2923	49	15.7	49	82	9	848	30	18	25	25	1.98
2231--2923	91	7.5	92	85	8	818	30	18	25	25	1.98
2915--2993	32	2.5	30	82	13	106	17	16	37	27	1.91
2923--2991	32	2.1	35	91	8	117	20	17	36	26	1.94
2976--4057	34	33.6	34	77	16	921	30	12	35	21	1.91
2996--4047	349	3.0	346	86	9	1299	30	12	34	21	1.91
3028--4050	321	3.2	321	91	5	1566	30	12	35	21	1.91
4027--4170	30	4.7	30	80	8	148	28	17	29	25	1.97
4027--4170	62	2.3	62	85	5	186	28	17	29	25	1.97
5195--5228	15	2.3	15	89	0	50	0	8	5	85	0.75
12416--12536	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
12416--12556	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
12545--12569	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12634--12658	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
12612--12677	32	2.0	33	88	2	98	40	13	12	33	1.82
13537--14279	49	15.7	49	84	7	909	30	18	25	25	1.98
13581--14279	92	7.5	92	86	6	881	30	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14279--14342	33	1.9	34	96	3	121	17	18	35	28	1.93
14287--14371	33	2.5	33	84	7	98	20	17	37	24	1.93
14352--15767	34	44.1	32	77	14	1240	30	12	34	21	1.91
14386--15763	639	2.1	652	90	8	2169	30	12	35	21	1.91
14357--15753	94	14.5	94	77	14	764	30	12	35	21	1.91
15738--15880	60	2.3	61	86	4	182	27	18	29	24	1.98
15738--15880	31	4.7	30	82	10	157	27	18	29	24	1.98
15707--15877	91	1.9	92	82	3	220	28	17	31	22	1.97
16909--16948	15	2.7	15	84	0	53	0	7	10	82	0.84
24134--24254	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
24134--24274	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
24263--24287	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
24353--24377	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35908--36099	101	1.9	96	79	12	210	43	12	17	26	1.85
38471--38527	20	2.8	20	86	0	78	42	10	14	33	1.79
39490--39531	21	2.0	22	86	13	61	38	16	11	33	1.86
39933--39986	20	2.7	20	88	0	72	35	20	11	33	1.88
40047--40096	19	2.5	20	90	3	75	36	16	16	32	1.90
40196--40238	23	2.0	22	90	9	70	37	9	6	46	1.63
41126--41160	18	1.9	18	94	0	61	42	22	5	28	1.76
47290--47321	15	2.1	15	94	0	55	28	25	0	46	1.53
51207--51277	29	2.6	28	80	10	85	49	0	4	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53312--53349	19	2.0	19	89	0	58	13	23	5	57	1.56
53558--53612	29	1.9	28	92	3	92	50	3	7	38	1.48
56221--56272	24	2.1	25	82	3	61	51	5	1	40	1.37
56804--56839	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
58089--58563	32	14.8	32	93	0	772	16	18	33	31	1.94
58549--59313	27	27.9	27	89	2	1118	29	13	33	23	1.93
58549--59313	55	14.0	54	91	2	1118	29	13	33	23	1.93
58549--59313	82	9.3	81	89	2	1118	29	13	33	23	1.93
60366--60399	1	34.0	1	93	0	50	0	0	5	94	0.32
60364--60393	15	2.0	15	100	0	60	0	0	13	86	0.57
66755--66787	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
67150--67184	12	2.7	13	91	8	54	0	14	0	85	0.59
70635--70696	32	1.9	33	90	3	99	37	12	16	33	1.87
77720--77752	12	2.8	12	90	0	57	33	24	0	42	1.55
86913--86951	18	2.2	18	100	0	78	41	17	0	41	1.50
87395--87457	33	1.9	33	87	3	92	36	19	15	28	1.92
91959--92015	29	2.0	28	83	6	71	47	3	5	43	1.43
98465--98490	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
98447--98510	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
102214--102238	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
103844--103884	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
104046--104071	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104028--104091	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
105686--105720	16	2.2	16	100	0	70	25	20	20	34	1.96
108685--108735	27	2.0	27	84	7	70	29	9	29	31	1.89
111373--111428	21	2.7	20	83	8	67	28	16	14	41	1.87
116136--116190	29	1.9	28	96	3	101	50	3	5	40	1.43
131665--131755	27	3.4	27	86	8	123	26	12	35	26	1.91
133650--133675	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133630--133693	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
136225--136263	13	3.0	13	92	0	60	35	15	15	33	1.89
142451--142476	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
142431--142494	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
144252--144309	20	2.9	20	86	0	89	46	10	13	29	1.77
144354--144410	20	2.8	21	92	7	91	26	17	15	40	1.90
145323--145366	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
146880--146949	29	2.6	26	77	16	79	47	2	4	45	1.37
152003--152064	32	1.9	33	90	3	99	35	17	9	37	1.83
152029--152080	19	2.7	19	82	11	61	38	19	9	32	1.84
155874--155899	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
155938--156013	21	3.7	21	80	3	100	28	15	11	43	1.83
155958--156051	20	4.7	20	76	10	93	29	15	14	39	1.88
155938--156031	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
158474--158512	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158498--158576	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
163889--163964	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
163910--163982	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
163889--163982	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
168491--168525	17	2.1	17	94	0	61	34	40	0	25	1.56
169417--169455	17	2.2	18	90	4	62	30	0	15	53	1.42
170039--170094	19	2.8	21	86	10	82	35	16	14	33	1.88
172779--172852	20	3.8	19	80	5	76	33	16	13	36	1.88
173810--173909	51	2.0	51	97	0	191	40	23	16	21	1.91
173816--173899	27	3.2	27	62	21	70	38	22	16	22	1.93
174570--174604	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
177708--177738	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
181632--181657	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
181641--181699	19	3.1	19	80	11	75	37	15	13	33	1.86
183560--183609	22	2.3	22	96	0	91	50	14	0	36	1.43
184463--184508	24	2.0	24	86	4	67	17	10	13	58	1.62
184708--184747	19	2.1	19	90	0	62	20	25	2	52	1.59
185069--185115	24	2.0	23	83	4	58	46	2	6	44	1.40
186734--186766	16	2.1	16	100	0	66	36	6	0	57	1.23
187036--187081	24	1.9	24	82	8	58	17	15	15	52	1.76
190983--191046	29	2.3	28	84	7	78	51	0	3	45	1.17
193838--193883	24	2.0	23	86	4	65	39	10	10	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195886--195957	20	3.6	20	89	10	112	34	18	18	29	1.94
196534--196601	34	2.0	34	91	0	109	29	14	23	32	1.94
197632--197657	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
199873--199917	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
201720--201750	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
203757--203836	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
203822--203860	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
203981--204027	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
203983--204025	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
212919--212973	20	2.8	20	88	0	74	41	9	9	40	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6