genome.fa.s349.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold349
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1036866

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
551079--551108	12	2.4	13	94	5	53	76	3	20	0	0.92
554645--555435	389	2.0	389	92	0	1314	38	14	12	34	1.84
558638--558675	15	2.6	15	87	4	51	36	7	10	44	1.68
559708--559737	12	2.4	13	94	5	53	76	3	20	0	0.92
563794--563820	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
563774--563838	32	2.0	33	93	3	114	32	12	16	38	1.86
563881--563905	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
563914--564042	52	2.5	52	92	0	213	37	16	16	30	1.91
580244--580290	21	2.3	21	96	3	87	27	8	14	48	1.73
580543--580657	59	2.0	58	84	5	151	19	15	16	48	1.81
580661--580750	29	3.1	29	68	15	78	26	13	15	44	1.83
580640--580779	58	2.5	57	81	9	155	27	14	15	43	1.84
585046--585084	20	2.0	20	89	0	60	53	7	10	28	1.62
591832--591862	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
591813--591876	33	1.9	33	84	6	85	32	18	14	34	1.91
591906--591956	19	2.6	19	85	11	68	33	15	15	35	1.90
592910--592934	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
592890--592956	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
592997--593058	13	5.2	13	76	21	64	33	16	12	37	1.87
592976--593057	34	2.4	34	97	0	155	35	17	10	36	1.85
593064--593188	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
603814--603844	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
603795--603857	33	1.9	33	87	6	92	33	15	14	36	1.88
603889--603975	19	4.8	20	69	26	77	35	16	14	33	1.89
603914--603986	32	2.3	32	95	0	128	38	16	15	30	1.89
603961--603987	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
607038--607086	20	2.5	20	96	0	89	44	14	10	30	1.78
607491--607534	23	1.9	23	86	9	63	29	6	22	40	1.80
609183--609236	20	2.6	21	88	2	74	33	14	18	33	1.92
609222--609316	50	1.9	50	93	0	163	28	15	12	43	1.84
609222--609358	50	2.7	50	85	6	161	29	18	12	40	1.87
611738--612033	81	3.7	79	77	8	269	29	28	10	31	1.90
611969--612088	53	2.3	53	79	4	136	30	28	7	33	1.85
611925--612166	133	1.8	133	88	0	367	29	28	10	30	1.91
612019--612521	80	6.3	81	78	6	418	29	26	11	33	1.91
612019--612514	161	3.1	158	81	6	552	29	26	11	32	1.91
611805--612243	214	2.1	214	84	3	562	28	28	11	31	1.92
614059--614091	13	2.3	15	90	10	52	81	6	12	0	0.85
615642--615739	48	2.0	49	84	5	128	21	10	11	57	1.63
619399--619532	51	2.6	51	88	3	191	41	11	15	30	1.83
619396--619532	50	2.7	50	87	3	195	41	11	16	30	1.83
619588--619629	20	2.1	20	86	0	57	30	16	9	42	1.80
620477--621136	33	20.8	32	76	11	449	23	16	29	30	1.96
620602--620903	32	9.6	31	76	8	114	23	15	29	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620477--621136	64	10.4	64	74	13	305	23	16	29	30	1.96
620600--621287	31	22.5	29	74	12	281	25	15	29	30	1.96
620542--621136	186	3.2	185	80	8	544	24	16	28	30	1.96
620833--621152	30	10.5	30	78	12	124	23	16	28	31	1.96
621176--622017	28	29.0	28	78	11	516	30	12	31	26	1.92
621372--621422	22	2.3	22	89	0	75	31	21	21	25	1.98
621381--621436	22	2.5	22	91	0	85	26	16	26	30	1.96
621417--622032	88	6.9	90	82	7	640	30	12	31	26	1.92
621417--622032	118	5.2	117	82	6	663	30	12	31	26	1.92
621417--622032	28	20.7	30	83	7	625	30	12	31	26	1.92
622012--622124	30	3.8	30	91	2	174	29	16	28	25	1.97
622800--623336	277	1.9	277	89	0	822	35	12	19	32	1.90
628575--629803	625	2.0	629	85	3	1674	36	14	20	28	1.92
631492--631626	51	2.6	51	87	2	182	42	11	15	30	1.83
631683--631735	19	2.7	20	88	5	81	35	18	7	37	1.80
632221--632336	58	2.0	57	81	8	137	25	12	15	46	1.80
637826--637856	9	3.4	9	95	0	53	58	16	3	22	1.52
644024--644132	57	1.9	57	85	9	150	22	13	16	46	1.82
644139--644269	58	2.3	58	85	2	165	29	12	12	45	1.79
644167--644322	58	2.7	58	84	2	179	27	10	15	46	1.79
646380--646434	27	2.0	27	85	0	74	34	14	9	41	1.77
648808--648854	23	2.0	24	83	4	60	48	6	12	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648816--648859	23	1.9	23	81	9	54	47	6	11	34	1.66
651125--651443	58	5.5	57	77	9	218	47	15	10	25	1.78
651149--651444	116	2.6	116	79	6	307	48	16	11	24	1.78
651344--651549	101	2.0	102	83	2	263	47	15	11	25	1.78
653079--653184	21	5.1	21	74	4	108	29	16	17	36	1.92
653078--653196	41	2.9	41	94	0	202	31	15	15	36	1.90
657682--657919	80	3.0	79	77	10	234	30	15	28	25	1.96
657930--658101	52	3.3	52	80	8	206	31	13	26	28	1.94
658024--658152	51	2.5	52	86	3	163	34	14	24	26	1.94
658136--658210	27	2.7	27	89	6	107	22	20	33	24	1.97
658194--658315	51	2.4	51	84	5	147	33	10	22	32	1.89
660678--660703	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
660741--660798	13	4.0	13	74	23	53	29	17	17	36	1.92
660738--660817	32	2.5	31	89	2	115	31	17	15	36	1.91
661603--662372	110	6.7	113	87	3	792	25	19	27	27	1.99
661848--661928	26	2.9	29	62	23	73	22	20	28	28	1.99
661603--662372	59	13.3	59	87	4	881	25	19	27	27	1.99
663348--663393	22	2.0	23	91	8	76	2	6	8	82	0.91
673217--673246	15	2.0	15	100	0	60	26	13	26	33	1.93
673218--673254	15	2.4	15	90	4	56	24	18	18	37	1.94
675892--676113	52	4.3	52	76	7	166	34	13	24	27	1.92
676128--676250	51	2.4	51	83	5	149	34	11	22	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678596--678621	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
678659--678716	13	4.0	13	74	23	53	29	17	17	36	1.92
678660--678735	32	2.4	32	90	0	116	32	18	14	34	1.91
678672--678736	19	3.8	18	71	24	59	33	18	12	35	1.88
678773--678849	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
682361--682666	57	5.5	58	73	14	214	27	11	15	45	1.80
682424--682622	107	1.9	106	81	3	247	26	12	16	45	1.82
682985--683023	18	2.2	18	100	0	78	28	17	10	43	1.82
685086--685220	67	2.0	67	100	0	270	25	13	19	41	1.88
692626--692673	19	2.5	20	82	3	62	37	12	16	33	1.86
698148--698214	28	2.4	28	80	2	73	25	26	20	26	1.99
698385--698510	32	3.9	32	80	6	130	31	29	16	22	1.96
698725--699078	104	3.4	104	82	3	401	24	25	16	33	1.96
698779--699095	52	6.1	52	75	11	256	23	25	15	35	1.94
698617--698913	156	1.9	156	81	5	359	25	25	14	34	1.94
698619--698947	156	2.1	155	79	6	344	26	24	14	34	1.94
699723--699794	20	3.7	19	77	17	76	33	12	15	38	1.85
711375--711453	28	2.9	28	78	1	97	27	30	18	22	1.98
711632--711744	32	3.5	32	83	7	124	31	31	16	19	1.94
711922--712429	52	9.6	52	70	11	257	23	27	15	32	1.95
711962--712216	104	2.5	104	83	2	307	23	28	16	31	1.96
712162--712277	61	1.9	61	85	3	162	23	29	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711971--712462	269	1.8	269	88	1	763	23	28	15	32	1.95
712058--712386	165	2.0	164	92	1	543	23	28	14	33	1.94
712223--712454	104	2.2	104	92	0	383	23	28	14	33	1.94
712223--712462	52	4.6	52	76	10	256	22	28	15	32	1.95
712800--712855	20	2.8	20	86	0	85	30	14	12	42	1.82
715336--715412	28	2.8	27	86	7	102	22	32	20	24	1.98
715289--715489	107	1.9	107	81	4	244	25	26	15	31	1.96
715364--715780	79	5.3	80	83	5	411	26	25	15	32	1.96
715366--715772	157	2.6	157	82	5	414	26	25	15	32	1.96
717854--717880	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6