genome.fa.s349.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold349
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1036866

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  2  of  6  ( 717 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213803--213867	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
213821--213846	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
213803--213867	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
220007--220044	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
220156--220201	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
222549--222613	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
222567--222592	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
222549--222613	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
223699--224160	43	9.9	49	74	12	354	33	18	24	23	1.97
223783--224107	92	3.5	92	93	0	524	33	18	24	23	1.97
224156--224258	29	3.5	31	78	16	101	19	19	28	33	1.96
224169--224411	57	4.2	57	80	8	253	20	17	30	32	1.95
224169--224411	29	8.5	29	80	8	232	20	17	30	32	1.95
224169--224411	86	2.8	87	78	9	246	20	17	30	32	1.95
225843--226009	21	8.1	20	76	15	144	0	1	19	79	0.85
225865--226009	4	35.2	4	78	18	131	0	0	20	79	0.78
225842--226007	37	4.6	34	83	12	183	0	1	18	79	0.84
225842--226006	13	11.6	14	73	20	121	0	1	18	79	0.84
225843--226009	42	4.0	41	85	12	184	0	1	19	79	0.85
235354--235380	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
241732--242169	106	4.2	105	76	11	378	29	21	9	39	1.85
243945--244001	21	2.7	21	78	7	71	40	10	10	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250283--250410	20	6.8	19	73	16	97	28	14	13	43	1.82
250321--250390	33	2.1	33	91	0	113	28	17	14	40	1.88
251841--251907	29	2.4	29	85	5	84	29	13	20	35	1.91
251871--251974	47	2.2	47	78	10	106	33	12	14	39	1.84
252742--252803	32	1.9	33	93	3	108	37	9	16	37	1.81
259812--259872	21	2.8	20	83	11	77	80	14	3	1	0.92
259824--259856	11	3.1	11	82	8	50	87	12	0	0	0.53
259827--259872	18	2.6	17	86	6	56	82	15	2	0	0.76
261143--261620	32	15.3	32	85	6	515	23	29	14	32	1.94
261143--261651	187	2.7	185	84	6	641	23	29	14	32	1.94
261146--261616	217	2.2	216	89	4	714	23	29	14	31	1.94
261521--261681	33	4.9	34	81	6	125	20	29	14	35	1.93
261155--261786	32	20.1	33	82	6	389	22	30	14	32	1.94
261823--262344	49	10.6	49	79	3	550	24	25	18	32	1.97
261832--262344	98	5.2	98	89	2	701	23	25	18	32	1.97
263041--263095	20	2.7	21	80	2	67	36	14	16	32	1.89
263146--263170	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
268497--268554	21	2.8	21	78	0	71	46	8	10	34	1.69
269669--269709	17	2.4	17	95	0	73	39	7	19	34	1.80
270743--270856	32	3.6	31	82	12	144	34	21	15	28	1.94
271300--271378	20	4.3	20	71	23	66	39	18	8	32	1.82
271339--271391	13	4.5	13	73	22	55	45	16	9	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271315--271411	33	2.9	33	95	0	176	41	16	9	32	1.80
271312--271412	20	5.8	20	66	29	77	41	15	9	32	1.81
271777--271801	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
271887--271917	13	2.4	13	94	0	53	32	19	9	38	1.84
271871--271939	33	2.1	33	83	5	86	27	14	20	37	1.91
278053--278112	13	5.1	13	69	22	60	30	18	13	38	1.89
278048--278111	33	1.9	33	96	0	119	29	18	14	37	1.90
280580--280641	32	1.9	33	90	3	99	27	16	16	40	1.89
281481--281505	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281622--281665	22	2.1	21	87	8	63	40	9	6	43	1.63
285324--285386	33	1.9	33	86	0	90	34	9	17	38	1.82
287375--287531	32	5.0	31	76	17	130	33	22	12	31	1.92
287372--287527	64	2.4	65	80	5	208	34	21	12	30	1.91
288256--288296	22	2.0	22	90	9	68	41	4	4	48	1.46
288264--288317	22	2.5	22	81	6	56	44	11	3	40	1.58
291925--291977	20	2.7	20	93	0	88	37	24	13	24	1.91
291995--292050	19	2.9	19	81	0	67	32	16	14	37	1.88
292526--292598	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
292544--292619	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
292526--292619	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
292658--292683	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
296745--296775	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298796--298875	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
298861--298899	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
301344--301416	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
301362--301437	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
301344--301437	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
301476--301501	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
302298--302350	20	2.7	20	93	0	88	37	24	13	24	1.91
302368--302423	19	2.9	19	81	0	67	32	16	14	37	1.88
304084--304127	21	2.1	21	100	0	88	54	18	18	9	1.69
304187--304217	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
312324--312376	22	2.4	22	90	0	79	35	1	35	26	1.68
312920--312946	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
312930--312986	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
318180--318219	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
319777--319837	32	1.9	31	90	3	95	18	6	21	54	1.66
320520--320572	19	2.7	21	88	8	76	26	15	16	41	1.88
322154--322217	32	2.0	33	90	3	103	28	12	15	43	1.83
324295--324341	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
324644--324672	14	2.1	14	100	0	58	13	20	20	44	1.85
325236--325400	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
327434--327484	19	2.6	20	93	3	86	27	13	15	43	1.85
327911--327952	21	1.9	23	85	9	61	35	9	9	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330716--330767	26	2.0	26	96	0	95	32	7	28	30	1.85
338293--338345	21	2.5	21	84	0	79	41	13	16	28	1.86
339446--339499	23	2.3	23	84	9	65	35	18	3	42	1.68
340358--340595	105	2.3	104	79	10	261	28	21	10	38	1.88
351631--351697	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
351651--351675	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
351740--351764	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
351773--351893	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
358781--358851	23	3.3	21	86	5	99	87	12	0	0	0.55
358780--358863	27	3.3	25	82	8	98	85	13	1	0	0.65
358780--358863	39	2.2	38	93	2	141	85	13	1	0	0.65
358780--358851	1	72.0	1	74	0	63	87	12	0	0	0.54
358780--358851	16	4.3	16	79	11	74	87	12	0	0	0.54
359101--359141	1	41.0	1	90	0	64	95	2	2	0	0.33
359100--359138	19	2.0	20	95	5	71	92	5	2	0	0.46
359103--359147	14	3.1	14	87	6	63	91	2	6	0	0.50
360085--360479	62	6.4	62	94	1	650	24	28	16	30	1.96
360587--360638	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
360488--360877	61	6.0	62	78	15	348	21	34	12	31	1.91
360617--360882	33	7.7	34	88	6	344	20	34	12	33	1.90
360617--360884	106	2.6	104	89	5	386	20	34	11	33	1.89
360886--360955	33	2.1	33	89	5	115	25	40	17	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
360617--360902	139	2.1	139	89	2	432	20	35	11	31	1.89
360617--360935	139	2.3	136	84	5	390	21	35	12	30	1.90
360953--361373	49	8.7	49	82	7	497	25	25	17	31	1.97
361051--361329	92	3.0	92	85	9	381	26	26	17	29	1.98
361006--361373	141	2.6	140	89	2	547	25	25	17	30	1.97
361243--361311	22	3.2	22	63	19	54	26	26	17	30	1.97
361287--361437	52	2.8	54	80	3	171	25	24	15	33	1.95
361287--361681	171	2.3	171	92	1	664	24	24	14	36	1.93
362470--362536	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
362490--362514	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6