genome.fa.s349.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold349
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1036866

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728192--728230	18	2.2	18	86	4	53	79	12	0	7	0.93
729348--730058	61	11.9	62	83	5	792	25	25	19	28	1.99
730695--730724	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
733130--733226	51	1.9	51	93	0	167	34	25	7	32	1.83
733210--733282	28	2.6	29	89	6	107	26	30	17	26	1.98
733243--733646	79	5.1	78	84	3	440	27	25	14	32	1.94
735343--735394	20	2.6	21	84	6	63	32	13	11	42	1.80
739602--739642	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
739712--739753	21	2.0	22	90	4	68	38	26	14	21	1.91
739742--739805	33	2.0	32	87	3	92	26	14	17	42	1.87
741473--741497	12	2.1	12	100	0	50	44	0	32	24	1.54
741937--741978	15	2.8	16	78	10	52	52	2	16	28	1.56
747944--747970	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
755433--755472	21	1.9	21	85	10	55	55	5	0	40	1.22
758899--758973	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
758899--758976	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
767423--767667	27	8.9	28	90	4	349	23	33	14	28	1.94
767423--767667	111	2.2	110	92	2	404	23	33	14	28	1.94
767428--767685	83	3.1	81	86	6	365	24	34	13	27	1.93
767653--768126	32	14.8	32	95	0	806	31	34	18	15	1.92
768654--768728	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
768654--768731	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772586--772637	20	2.6	20	84	0	68	38	13	11	36	1.81
773245--774743	28	52.6	28	85	4	1787	22	18	31	27	1.97
773245--774741	139	10.5	140	84	7	1763	22	18	31	27	1.97
775963--775989	14	1.9	14	100	0	54	0	0	11	88	0.50
775947--775992	20	2.3	20	85	7	58	2	2	10	84	0.79
789889--789963	20	3.8	20	76	0	78	41	13	13	32	1.83
793179--793316	55	2.5	56	78	17	132	23	19	29	27	1.98
792973--793672	30	24.1	26	69	23	221	22	19	31	27	1.98
793122--793342	85	2.6	83	78	14	245	23	18	30	27	1.98
793279--793399	56	2.2	55	80	14	133	23	22	28	25	1.99
793436--793528	28	3.3	28	77	14	93	20	18	34	26	1.96
793374--794438	121	9.1	116	74	17	452	20	18	32	28	1.97
793684--793743	32	1.9	30	86	6	84	16	20	35	28	1.94
792989--794485	29	51.5	28	71	17	846	21	19	31	27	1.97
792986--794444	168	8.4	166	70	19	649	21	18	31	27	1.97
812701--812752	20	2.6	20	84	0	68	38	13	11	36	1.81
813359--814857	28	52.6	28	85	4	1787	22	18	31	27	1.97
813359--814855	139	10.5	140	84	7	1763	22	18	31	27	1.97
816075--816107	14	2.5	13	90	9	57	0	0	12	87	0.53
816061--816106	20	2.4	19	85	3	56	2	2	10	84	0.79
830002--830076	20	3.8	20	76	0	78	41	13	13	32	1.83
835193--835249	23	2.4	25	82	5	64	82	8	5	3	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836453--836800	33	10.9	30	81	8	284	20	28	15	35	1.94
836453--836801	63	5.5	63	82	6	391	20	28	15	35	1.94
836831--836893	33	1.9	33	93	0	108	20	25	12	41	1.88
836794--836972	94	1.9	94	85	6	247	23	26	11	38	1.88
836893--836954	27	2.2	29	80	8	74	25	25	12	35	1.92
837033--837144	27	4.0	27	80	10	125	25	30	11	33	1.91
837197--837881	43	14.7	43	73	14	219	27	23	16	32	1.95
837223--837931	95	7.5	95	73	14	536	27	24	15	32	1.95
837540--838034	52	9.9	52	76	10	426	26	25	15	33	1.95
837458--837972	147	3.5	146	86	2	705	26	25	15	32	1.96
837976--838111	61	2.2	61	84	2	166	23	25	11	39	1.88
838810--838850	20	2.0	21	90	4	66	26	12	14	46	1.80
838871--838965	20	4.8	19	82	7	109	27	17	13	41	1.88
841270--841487	51	4.3	50	73	9	181	32	24	10	33	1.89
841640--841755	51	2.3	50	85	5	153	34	26	9	29	1.88
848057--848393	60	5.6	60	89	3	496	24	28	20	26	1.99
848064--848389	122	2.7	120	88	2	490	25	28	20	25	1.99
848057--848393	182	1.8	183	92	3	581	24	28	20	26	1.99
848437--848619	61	3.0	61	94	1	303	26	28	18	27	1.98
848215--848813	244	2.5	231	86	5	801	24	29	17	29	1.97
848687--848988	155	1.9	155	81	6	362	24	28	17	29	1.98
849834--849890	20	2.8	20	97	0	105	24	12	15	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849917--849971	20	2.8	20	88	5	76	27	14	16	41	1.87
849954--849983	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
852303--852526	51	4.4	50	79	6	234	29	25	12	32	1.93
852511--852582	28	2.6	28	88	4	101	25	34	19	20	1.96
852458--852710	109	2.3	108	79	4	256	29	23	14	32	1.94
852679--852793	51	2.3	51	86	6	162	33	30	6	29	1.82
852806--852921	52	2.2	52	82	8	139	25	25	16	32	1.96
854219--854371	51	2.9	51	79	6	157	33	13	14	38	1.85
857411--857468	13	4.9	13	70	23	56	34	17	13	34	1.89
857405--857468	33	2.0	32	93	3	110	32	18	12	35	1.89
859721--859754	17	2.1	16	88	5	50	70	5	0	23	1.09
860234--860332	23	4.1	23	80	6	99	50	1	5	43	1.30
860295--860343	25	2.0	25	87	0	71	55	6	8	30	1.54
861170--861208	20	2.0	20	84	0	51	25	10	10	53	1.66
861927--861954	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
865465--865519	21	2.5	22	79	2	67	58	1	27	12	1.45
871424--871462	21	1.9	20	84	5	51	48	0	5	46	1.24
872158--872213	28	2.0	28	82	3	69	44	0	1	53	1.11
872438--872526	20	4.6	19	71	20	51	57	2	2	38	1.24
874080--874114	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
877456--877509	2	27.0	2	96	0	99	50	1	0	48	1.11
880091--880158	19	3.5	19	82	15	77	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880546--880593	21	2.3	22	79	17	57	50	0	2	47	1.12
880643--880677	17	1.9	19	88	11	56	54	2	0	42	1.15
881493--881533	19	2.2	20	91	8	68	43	0	0	56	0.99
882369--882405	18	2.0	19	89	5	58	48	2	0	48	1.15
882975--883016	14	3.0	14	80	10	50	30	0	2	66	1.04
883459--883573	52	2.2	52	84	6	144	37	10	22	29	1.88
883958--883996	19	2.1	19	100	0	78	51	10	0	38	1.36
884004--884047	23	2.0	23	95	4	81	52	13	2	31	1.53
883956--884069	57	2.1	53	82	9	131	45	11	3	39	1.57
884064--884137	19	3.8	19	79	13	71	54	4	2	39	1.34
884148--884199	20	2.7	19	82	11	70	53	7	1	36	1.41
884081--884302	67	3.3	67	77	8	186	49	9	4	36	1.55
885631--885679	23	2.1	23	84	0	62	10	10	6	73	1.25
897716--897778	12	5.5	11	74	22	51	79	3	9	7	1.04
897716--897765	23	2.2	23	86	10	68	80	2	8	10	0.99
897716--897782	23	2.9	23	78	10	66	79	2	8	8	1.04
899142--899951	28	28.9	28	78	9	697	25	30	13	30	1.94
899116--899951	55	14.9	56	83	5	886	25	30	13	30	1.94
899695--900257	28	19.8	28	82	7	395	29	30	15	25	1.96
899967--900295	28	11.2	32	85	4	193	30	30	16	22	1.96
900342--900468	49	2.7	48	79	7	145	22	23	18	34	1.96
902968--903057	36	2.5	35	82	8	119	21	13	11	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904267--904293	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
904904--904942	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
906723--906751	10	2.9	10	100	0	58	17	20	10	51	1.74
907765--908018	14	17.9	14	71	8	66	27	8	25	38	1.85
907871--907973	28	3.7	28	84	2	100	23	6	29	40	1.80
910048--910124	28	2.8	28	80	9	95	29	14	29	25	1.95
910112--910286	52	3.4	52	84	7	230	32	10	25	30	1.90
910112--910331	51	4.3	51	84	7	239	33	11	25	30	1.91
910112--910331	103	2.1	103	84	3	282	33	11	25	30	1.91
910264--910452	79	2.4	79	92	1	308	31	14	26	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6