genome.fa.s350.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold350
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1036165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9811--9909	1	99.0	1	77	0	99	88	11	0	0	0.50
9812--9909	10	9.8	10	86	8	146	88	11	0	0	0.51
9811--9906	15	6.4	15	82	14	119	88	11	0	0	0.51
9809--9909	41	2.5	41	92	6	163	88	11	0	0	0.53
11314--11380	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
11334--11358	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11424--11448	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11457--11581	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
14905--15194	30	9.6	30	76	13	181	28	28	15	27	1.96
14901--15080	29	6.1	30	80	8	154	27	29	16	26	1.97
15056--15147	35	2.7	36	78	8	102	21	29	10	38	1.88
15121--15244	28	4.3	29	83	9	139	37	30	15	16	1.90
15360--15449	43	2.1	43	95	0	162	25	24	18	31	1.98
15264--15502	92	2.5	95	87	6	331	25	24	17	33	1.97
15403--15556	52	2.9	53	80	4	184	24	22	15	37	1.93
15403--15789	169	2.2	173	83	5	455	23	23	14	37	1.92
16359--16396	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
16461--16485	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16474--16624	52	2.9	52	86	0	212	33	19	14	33	1.92
21597--21655	29	2.0	30	90	3	93	38	23	25	11	1.89
21597--21655	30	2.0	29	90	3	91	38	23	25	11	1.89
23038--23563	63	8.4	62	87	4	707	24	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23038--23538	250	2.0	252	89	2	767	24	25	18	30	1.98
23539--23641	42	2.4	42	87	4	145	23	24	10	41	1.86
23589--23777	46	4.4	45	73	11	153	24	26	11	37	1.90
23757--23840	40	2.1	40	86	0	114	21	17	13	47	1.81
24742--24857	59	2.0	59	96	0	214	12	16	21	50	1.77
26104--26128	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
27344--27555	104	2.0	104	83	2	264	50	5	5	39	1.49
29975--30028	19	2.9	18	78	10	56	44	1	0	53	1.11
29977--30013	19	1.9	19	89	10	58	40	2	0	56	1.13
29977--30033	21	2.8	21	84	10	66	43	1	0	54	1.10
41533--41570	9	4.2	9	90	10	60	89	2	7	0	0.57
48879--48915	19	1.9	19	94	0	65	29	10	8	51	1.65
50307--50388	21	4.1	20	85	6	112	37	17	12	32	1.86
50307--50388	41	2.0	40	88	6	121	37	17	12	32	1.86
50424--50491	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
50426--50488	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
50445--50469	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
50531--50556	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
50511--50577	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
53032--53104	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
53087--53257	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
53242--53321	28	2.9	27	78	10	83	25	32	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56383--56407	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56452--56503	13	3.5	13	73	26	50	32	19	15	32	1.93
56459--56523	19	3.8	18	75	24	77	33	18	13	33	1.90
56452--56522	32	2.2	32	97	0	133	33	19	14	32	1.92
56809--56876	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
56830--56854	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56811--56873	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
56916--56941	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56896--56962	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
60622--60742	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
60841--60865	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60819--60885	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
60923--60964	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
62760--63096	51	6.4	52	71	13	208	30	25	12	31	1.93
62754--63095	105	3.2	104	71	14	338	29	26	12	31	1.92
63026--63204	80	2.2	82	87	2	281	29	27	13	29	1.95
63165--63231	28	2.4	28	85	5	82	23	29	19	26	1.98
69454--69556	36	3.2	36	60	28	84	27	25	18	29	1.98
69451--71018	55	27.6	55	81	9	1705	27	28	19	24	1.99
69423--71018	170	9.3	172	88	5	1854	27	28	19	24	1.99
70390--70477	26	3.3	26	65	14	70	29	31	17	21	1.96
70900--70991	26	3.4	26	69	14	78	29	32	18	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72004--72040	19	1.9	19	94	0	65	29	10	8	51	1.65
75376--75400	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75445--75496	13	3.5	13	73	26	50	32	19	15	32	1.93
75452--75516	19	3.8	18	75	24	77	33	18	13	33	1.90
75445--75515	32	2.2	32	97	0	133	33	19	14	32	1.92
75823--75890	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
75844--75868	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75825--75887	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
75930--75956	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
78291--78636	51	6.6	52	71	13	217	29	26	12	31	1.93
78411--78479	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
78294--78635	105	3.2	104	71	14	329	29	25	12	32	1.93
78705--78776	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
78566--78744	80	2.2	82	86	2	272	29	27	13	29	1.95
80845--80872	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
81498--81528	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
81544--81584	18	2.3	18	95	0	73	17	21	9	51	1.74
88766--88790	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
92582--92626	14	3.1	14	81	6	54	62	11	2	24	1.40
92600--92630	15	2.1	15	100	0	62	61	12	0	25	1.32
93996--94267	144	1.9	142	96	1	508	30	11	13	44	1.80
95238--95275	20	1.9	19	94	5	67	26	10	10	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95314--95338	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
95347--95474	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
99569--99615	21	2.3	20	85	10	60	36	14	10	38	1.81
100477--100524	13	3.8	12	76	13	51	20	4	4	70	1.21
100465--100524	26	2.3	25	77	11	66	21	3	3	71	1.15
100904--100950	17	2.7	18	81	15	55	29	0	2	68	1.02
101720--101772	10	5.1	10	77	6	52	60	3	9	26	1.45
101745--101791	23	2.2	23	85	11	64	57	6	10	25	1.56
102246--102298	20	2.6	19	78	18	54	56	0	43	0	0.99
102246--102294	18	2.5	20	77	19	57	57	0	42	0	0.99
102345--102396	16	3.4	16	82	14	58	73	1	25	0	0.94
102408--102444	17	2.2	17	90	4	58	13	0	10	75	1.04
102508--102552	17	2.7	16	80	12	63	28	2	0	68	1.01
102487--102552	25	2.6	26	85	7	82	30	3	0	66	1.06
102503--102553	8	6.2	8	77	18	52	25	1	0	72	0.95
103679--103746	27	2.4	29	80	7	86	47	0	0	52	1.00
103682--103750	28	2.5	27	78	4	75	46	0	0	53	1.00
103724--103772	25	2.0	25	84	4	64	26	0	0	73	0.83
107560--107750	104	1.8	104	100	0	382	37	14	13	34	1.86
110736--110777	15	2.8	15	96	0	75	23	7	28	40	1.81
118315--118417	32	3.2	32	94	0	170	50	0	2	45	1.23
118293--118417	16	7.9	16	85	0	153	53	1	2	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118624--118710	16	5.4	16	70	9	61	59	5	4	29	1.41
119070--119119	19	2.8	19	79	11	61	48	4	2	46	1.32
119110--119158	25	2.0	25	84	8	64	46	0	4	48	1.20
119697--119721	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
123497--123554	21	2.8	21	84	7	66	36	5	25	32	1.78
123521--123561	20	2.0	21	85	4	57	41	7	17	34	1.77
123521--123560	21	1.9	21	85	10	55	40	7	17	35	1.78
124013--124065	10	5.3	10	73	8	54	16	13	3	66	1.39
124379--124462	44	1.9	44	85	4	116	34	15	17	32	1.92
125920--125957	19	2.0	19	94	0	67	34	21	0	44	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8