genome.fa.s350.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold350
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1036165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751663--751719	20	2.8	21	81	2	71	36	12	14	36	1.83
752827--752907	37	2.2	37	97	0	153	49	12	16	22	1.78
757856--757947	48	1.9	47	82	8	114	31	17	15	35	1.91
760178--760254	20	3.8	20	91	1	118	36	14	14	35	1.86
760162--760254	40	2.3	41	85	5	118	37	13	13	34	1.85
762612--762665	27	2.0	27	100	0	108	37	22	18	22	1.95
763413--763438	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
765605--765648	22	2.0	22	95	0	79	40	4	6	47	1.50
765862--765892	16	1.9	16	93	0	53	22	19	9	48	1.78
766323--766459	72	1.9	72	93	0	238	26	21	13	37	1.91
766905--766934	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
775359--775408	24	2.1	24	92	0	82	40	0	0	60	0.97
775539--775600	16	3.8	17	75	14	60	56	1	0	41	1.09
781736--781760	11	2.3	11	100	0	50	12	0	32	56	1.36
782224--782301	20	3.9	19	80	6	84	41	14	11	33	1.81
782224--782301	40	2.0	39	84	2	102	41	14	11	33	1.81
782886--783484	28	20.9	28	84	7	676	22	17	31	27	1.97
784700--784747	1	48.0	1	78	0	51	0	2	8	89	0.56
784684--784747	9	7.3	9	82	3	60	1	4	7	85	0.78
784689--784737	21	2.3	20	86	6	62	2	4	8	85	0.79
784684--784747	17	3.7	17	80	17	69	1	4	7	85	0.78
784689--784744	14	3.9	14	84	11	69	1	3	8	85	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794453--794492	19	2.1	19	85	0	53	70	7	10	12	1.35
798713--798790	20	3.9	19	80	6	84	41	14	11	33	1.81
798713--798790	40	2.0	39	84	2	102	41	14	11	33	1.81
800097--800137	21	1.9	22	95	5	75	26	24	17	31	1.97
800167--800254	20	4.8	20	73	21	84	27	15	13	43	1.85
800185--800254	33	2.1	33	94	0	122	28	17	12	41	1.86
802649--802765	51	2.3	51	81	10	141	31	23	10	34	1.89
802621--802898	130	2.1	129	81	7	332	29	25	12	32	1.93
802778--802913	50	2.7	51	79	8	154	30	25	13	30	1.94
809055--809252	60	3.3	58	87	6	261	26	29	20	23	1.99
809238--809681	43	10.4	43	76	8	383	19	28	13	38	1.90
809307--809733	88	4.9	87	79	5	418	19	28	13	39	1.89
809302--809733	131	3.3	131	90	1	627	19	28	12	39	1.89
809729--809920	61	3.1	61	87	3	260	23	28	19	28	1.98
809927--810114	55	3.3	54	81	9	198	28	26	21	23	1.99
809704--810111	209	1.9	215	85	5	560	25	28	19	25	1.99
809952--810190	61	4.0	61	82	3	256	25	27	19	28	1.99
810870--810899	13	2.3	13	94	0	51	30	16	10	43	1.81
810915--811008	20	4.7	20	85	5	127	27	13	13	44	1.82
810914--811009	40	2.4	40	87	5	149	28	14	13	43	1.83
813402--813498	51	1.9	51	83	8	126	34	22	6	37	1.79
813437--813654	79	2.8	77	86	5	267	30	23	11	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826758--827592	79	10.6	78	83	4	788	26	24	14	34	1.94
826758--827595	158	5.3	157	81	5	877	26	24	14	34	1.94
827528--827646	51	2.3	51	91	0	184	28	25	12	33	1.92
827451--827733	129	2.2	128	82	3	329	26	24	12	36	1.91
827581--827732	79	1.9	79	83	1	198	25	26	11	36	1.90
831297--831335	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
831321--831400	20	3.8	20	80	15	88	43	13	15	27	1.84
833394--833424	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
835228--835272	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
837492--837517	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
839290--839366	23	3.3	24	81	7	70	62	2	3	31	1.27
839774--839804	15	2.0	16	93	6	55	32	3	0	64	1.09
839746--839835	47	1.9	46	80	14	105	42	2	0	55	1.12
839669--840002	123	2.7	124	82	11	396	43	2	1	52	1.23
839675--840070	123	3.2	121	74	15	333	43	2	1	52	1.23
840621--840891	87	3.1	86	88	5	382	40	8	16	34	1.79
840864--840917	26	2.1	26	96	0	99	40	7	20	31	1.80
840992--841196	71	2.9	70	87	5	299	45	8	15	30	1.77
841134--841384	93	2.7	89	86	7	333	44	7	14	32	1.74
841321--841518	70	2.9	69	86	6	276	46	6	15	31	1.70
840890--841615	326	2.2	330	90	2	1151	43	7	16	31	1.77
841053--841685	161	3.9	161	74	8	575	43	8	16	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841540--841753	70	3.1	70	90	4	344	42	9	17	30	1.81
841215--841985	230	3.3	232	88	4	1103	43	8	16	31	1.78
841614--841915	160	1.9	162	87	4	450	43	9	16	30	1.79
841774--842034	70	3.7	70	87	2	373	42	10	16	30	1.82
846058--846117	32	2.0	31	81	12	72	50	1	1	46	1.21
846091--846456	124	2.9	124	83	7	413	52	2	2	42	1.27
846091--846456	123	2.9	125	82	6	395	52	2	2	42	1.27
846764--846811	24	1.9	25	83	8	62	37	0	4	58	1.18
846775--846976	110	1.8	111	89	2	298	44	2	1	51	1.23
847011--847051	21	1.9	22	85	14	59	43	0	2	53	1.13
853436--853466	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
854732--854759	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
855267--855298	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
855322--855354	14	2.4	14	90	10	50	81	0	6	12	0.85
858034--858074	19	2.2	19	95	4	75	58	4	0	36	1.20
859025--859069	20	2.2	20	84	0	54	44	13	11	31	1.78
859755--859800	20	2.3	20	100	0	92	45	15	15	23	1.84
861618--861969	165	2.1	164	83	4	431	32	9	7	50	1.65
863010--863079	32	2.2	32	92	0	113	34	10	17	38	1.83
863121--863148	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
866839--866892	20	2.6	21	80	11	67	40	12	16	29	1.86
866978--867033	20	2.8	20	86	5	78	28	12	10	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867656--867762	20	4.8	20	72	20	88	26	15	14	42	1.86
870119--870244	50	2.5	51	80	6	148	30	22	9	37	1.86
870215--870291	28	2.8	28	76	7	77	25	28	16	28	1.97
870243--870493	79	3.2	78	75	10	242	26	23	15	33	1.95
875140--875255	51	2.3	51	86	0	160	34	10	24	31	1.89
875142--875597	130	3.5	129	85	1	520	32	12	26	28	1.92
875254--875389	51	2.7	50	80	4	141	30	12	27	30	1.93
875408--875515	50	2.1	51	84	1	137	33	12	26	27	1.92
875452--875648	79	2.5	79	87	1	288	31	12	26	29	1.92
878704--878974	41	6.5	41	71	16	130	42	11	26	19	1.85
878820--878973	42	3.5	43	81	11	188	45	11	26	16	1.81
878951--879022	37	1.9	37	91	0	117	44	15	30	9	1.78
879001--879359	61	6.1	61	84	8	408	28	18	26	25	1.98
879129--879380	55	4.5	55	86	4	324	25	20	26	27	1.99
879273--879358	27	3.1	27	64	9	75	27	18	25	27	1.98
879250--879529	149	1.9	149	88	1	427	24	20	28	27	1.99
879186--879563	204	1.9	204	88	2	571	26	19	27	26	1.99
879399--879594	55	3.5	54	82	9	232	25	20	27	27	1.99
880580--880659	9	8.9	9	85	9	94	0	2	12	85	0.71
880586--880659	13	6.1	12	77	17	73	0	1	13	85	0.67
880580--880659	1	80.0	1	69	0	52	0	2	12	85	0.71
880590--880657	7	9.6	7	78	12	68	0	1	13	85	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880580--880659	33	2.4	32	85	6	106	0	2	12	85	0.71
880580--880659	17	4.9	16	80	11	90	0	2	12	85	0.71
890046--890182	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
890152--890222	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
890262--890302	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
892312--892350	4	9.8	4	100	0	78	76	0	0	23	0.78
895574--895628	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
895658--895721	19	3.8	17	73	26	64	34	17	14	34	1.89
895677--895701	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
895654--895720	32	2.1	32	94	0	116	34	17	13	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8