genome.fa.s350.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold350
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1036165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126326--126356	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
126537--126594	29	2.0	29	90	6	91	67	0	3	29	1.07
126537--126579	13	3.2	13	79	20	52	72	0	2	25	0.97
126532--126622	19	4.8	20	75	11	75	64	0	2	32	1.05
126537--126608	28	2.5	29	82	8	94	66	0	2	30	1.06
126530--126594	10	6.5	11	73	18	52	66	0	3	30	1.07
126549--126600	13	3.4	16	75	24	58	65	0	3	30	1.10
126530--126609	30	2.9	28	78	10	85	65	0	2	32	1.06
126525--126630	29	4.0	26	75	17	78	63	0	1	34	1.06
126857--126893	12	3.2	12	84	7	58	70	0	0	29	0.88
126848--126891	23	1.9	23	85	0	61	70	6	0	22	1.11
127797--127823	13	2.1	13	100	0	54	44	0	14	40	1.46
128007--128082	11	7.0	11	73	20	63	39	0	0	60	0.97
128007--128082	31	2.6	29	79	20	86	39	0	0	60	0.97
128017--128109	24	3.8	24	78	13	75	39	0	2	58	1.10
128065--128142	32	2.3	33	84	8	104	39	1	5	53	1.31
130561--130671	51	2.2	51	90	0	168	34	12	21	31	1.91
130607--130908	79	3.8	79	82	2	356	31	13	26	28	1.94
130612--130908	158	1.9	158	85	1	416	31	13	26	28	1.94
130843--130959	51	2.3	51	89	4	182	30	11	26	30	1.92
131052--131124	28	2.6	28	89	8	105	24	17	32	24	1.97
131111--131254	51	2.8	51	79	0	171	32	11	24	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133566--133640	20	3.8	19	87	7	105	42	13	16	28	1.85
135139--135186	19	2.5	20	89	3	71	41	16	12	29	1.85
135115--135186	20	3.7	19	79	7	74	38	13	15	31	1.87
136170--136203	12	2.8	12	86	0	50	32	29	8	29	1.87
137789--137826	13	2.9	13	88	0	58	34	13	18	34	1.89
143196--143290	28	3.4	28	81	12	106	27	18	29	24	1.98
143278--143393	53	2.2	52	78	7	128	34	8	25	31	1.86
144101--144126	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
144817--146019	55	21.3	55	85	7	1300	23	20	29	27	1.99
144887--145032	29	5.2	29	62	15	92	21	18	31	28	1.97
154409--154463	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
161628--161665	14	2.7	14	95	0	67	21	7	23	47	1.77
162668--162943	71	3.9	73	78	9	286	40	11	22	25	1.87
162665--162944	143	2.0	140	84	6	366	40	11	22	25	1.88
162665--163019	143	2.5	139	79	11	360	40	12	21	25	1.88
162862--163124	73	3.5	73	80	6	253	42	13	19	24	1.88
167665--167689	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
167645--167711	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
167752--167776	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
167785--167913	52	2.5	52	94	0	222	34	16	17	31	1.92
176125--176546	31	13.7	31	74	7	288	24	30	17	28	1.97
176125--176547	94	4.6	92	87	5	543	24	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176125--176547	186	2.3	184	84	6	543	24	30	17	28	1.97
176547--176906	34	10.9	34	80	12	312	20	33	13	33	1.91
176559--176906	126	2.6	131	80	12	397	20	33	12	33	1.91
176583--176904	160	2.0	159	83	7	409	21	33	13	32	1.91
176559--176912	65	5.4	70	81	10	328	20	33	12	33	1.90
176937--177006	33	2.1	35	91	5	117	27	35	17	20	1.94
177006--177554	49	11.6	48	82	10	643	25	24	18	31	1.97
177150--177515	43	8.1	43	81	10	435	25	24	18	31	1.98
177101--177555	92	4.9	92	94	0	757	25	25	18	31	1.98
177001--177555	184	3.0	184	91	2	858	25	25	17	31	1.97
177469--177622	52	2.9	53	78	4	175	25	24	14	35	1.94
178494--178518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
178474--178540	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
178581--178605	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
178616--178742	52	2.4	52	94	0	218	36	17	16	29	1.92
179727--179943	29	7.5	29	73	10	140	36	23	6	33	1.80
188785--188822	20	1.9	20	94	0	67	84	2	13	0	0.73
189764--190382	34	19.9	31	73	17	213	21	34	14	29	1.93
189765--189884	63	1.9	62	86	5	170	22	32	17	27	1.96
189864--189989	67	1.9	67	91	0	207	19	37	14	28	1.91
189924--190387	34	15.2	28	73	16	256	20	34	14	29	1.92
189895--190207	34	9.7	33	75	15	262	20	34	13	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189967--190179	61	3.4	61	83	9	275	20	33	13	32	1.91
190044--190438	34	12.5	34	75	11	176	21	34	13	30	1.92
189865--190467	61	9.6	61	74	18	263	21	34	14	29	1.92
189865--190438	120	4.6	115	73	20	358	21	34	13	30	1.92
190249--190416	89	1.9	89	84	7	225	21	36	15	26	1.93
190355--190438	35	2.5	33	82	3	105	21	33	11	33	1.90
190434--190528	33	3.0	32	89	6	149	29	35	17	16	1.93
190521--191132	49	12.7	49	86	5	797	25	25	17	30	1.97
190999--191088	43	2.2	41	88	6	128	26	26	17	28	1.98
190954--191129	88	1.9	91	87	7	259	26	26	18	29	1.98
191042--191195	52	2.9	53	79	4	184	24	23	15	36	1.94
191042--191195	55	2.9	54	83	2	195	24	23	15	36	1.94
191145--191271	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
191936--191986	21	2.4	21	80	0	57	31	19	17	31	1.95
195512--195536	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
203137--203329	104	1.9	104	90	2	307	29	17	18	34	1.94
203137--203309	52	3.3	52	98	0	328	28	17	17	35	1.94
203318--203342	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203382--203420	21	1.9	20	94	5	69	53	10	10	25	1.66
206147--206188	22	1.9	22	90	0	66	45	4	33	16	1.69
206777--206833	19	2.9	19	86	2	78	31	15	15	36	1.90
206883--206907	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206863--206927	33	2.0	33	90	6	105	35	13	18	32	1.90
210758--210782	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
210845--210869	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
210878--211002	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
216680--216705	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
219956--220580	156	4.0	153	78	6	587	28	14	18	38	1.90
219960--220554	312	1.9	311	79	6	668	28	14	18	38	1.90
225123--225180	20	2.9	20	86	0	71	41	8	10	39	1.70
226391--226423	16	2.0	17	94	5	59	60	18	6	15	1.54
227367--227416	23	2.2	23	81	0	55	54	4	6	36	1.44
227472--227532	15	4.0	15	68	19	54	67	0	3	29	1.07
227553--227604	22	2.4	22	84	9	63	55	1	1	40	1.22
227926--227986	13	4.8	13	76	15	65	52	1	0	45	1.10
228053--228114	21	3.0	20	73	17	63	50	8	0	41	1.32
228077--228125	26	1.9	26	87	4	73	53	6	0	40	1.26
228076--228147	21	3.1	22	77	13	65	54	4	0	41	1.20
228103--228194	19	4.4	19	67	18	51	47	4	0	47	1.21
230047--230084	16	2.4	17	87	12	55	36	2	0	60	1.11
231622--231646	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
231599--231666	33	2.1	33	91	2	111	32	13	19	35	1.90
232376--232451	31	2.5	30	91	6	125	22	35	0	42	1.54
232431--232472	21	2.0	22	95	4	77	14	38	0	47	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232697--232724	9	3.1	9	100	0	56	35	32	10	21	1.88
240390--240453	33	2.0	32	90	3	101	31	9	20	39	1.84
241843--241896	20	2.7	20	79	0	63	33	18	9	38	1.83
242303--242450	78	1.9	78	84	5	201	37	14	12	35	1.83
242592--242756	59	2.8	59	77	13	155	47	11	9	30	1.72
242846--242882	18	2.1	18	94	0	65	45	21	8	24	1.78
242849--242889	18	2.3	18	86	0	55	53	17	7	21	1.67
242862--243151	57	5.0	58	79	3	262	47	13	10	28	1.76
242983--243056	29	2.5	28	82	8	94	55	9	6	28	1.57
244423--244463	20	2.0	21	85	4	57	36	7	7	48	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8