genome.fa.s358.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold358
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  583678

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 442 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
587--617	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2633--2710	20	3.7	20	74	15	75	25	15	16	42	1.87
2697--2722	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2844--2890	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
5379--5418	20	2.0	20	95	4	73	40	15	10	35	1.80
8332--8395	13	4.9	13	94	0	110	34	18	15	31	1.93
8332--8395	26	2.5	26	100	0	128	34	18	15	31	1.93
8596--9012	79	5.3	78	77	4	354	36	11	23	28	1.90
8624--9000	158	2.4	158	82	4	436	37	11	22	28	1.89
11420--11583	50	3.3	50	85	0	211	43	10	14	31	1.79
11400--11583	100	1.8	100	85	2	262	44	10	14	30	1.79
17586--18329	79	9.4	79	78	6	643	34	12	24	28	1.92
17586--18320	158	4.6	158	80	6	772	34	12	25	28	1.92
17587--18277	238	2.9	232	79	7	726	34	13	24	27	1.92
17565--18328	317	2.4	313	80	7	835	34	12	25	28	1.93
20666--20799	50	2.7	49	87	2	169	42	12	16	28	1.85
22840--22887	24	2.0	24	100	0	96	54	0	8	37	1.31
24502--24545	16	2.8	16	82	0	61	52	0	0	47	1.00
25693--25750	22	2.9	21	80	10	59	55	0	0	44	0.99
26880--26924	2	22.5	2	90	0	72	0	48	0	51	1.00
30018--30048	5	6.2	5	96	0	53	19	45	0	35	1.51
30644--30675	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31290--31340	24	2.2	22	82	6	57	52	0	0	47	1.00
32906--32932	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
32906--32991	29	2.9	29	92	5	136	30	15	15	39	1.88
33041--33065	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33021--33085	33	2.0	33	85	11	89	33	15	20	30	1.93
35532--35556	10	2.5	10	100	0	50	20	32	20	28	1.97
35655--35707	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
35695--35723	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
35709--35759	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
43164--43189	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
43250--43302	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
43290--43314	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
43303--43354	20	2.6	20	87	6	70	30	13	21	34	1.92
43691--43740	16	2.7	19	85	14	70	34	14	16	36	1.88
45746--45778	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
45881--45928	20	2.4	21	83	10	66	43	4	4	47	1.41
45917--45948	10	3.1	10	91	8	55	65	3	0	31	1.08
50822--50895	19	3.8	19	90	1	112	28	16	16	39	1.90
50926--50963	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
50925--50993	33	2.1	33	86	10	97	31	10	18	39	1.84
57151--57177	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
59047--59126	22	3.7	21	79	12	81	40	3	30	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59039--59127	44	2.1	42	87	4	124	40	3	26	29	1.72
59681--59737	19	2.9	19	86	2	78	31	15	15	36	1.90
59766--59819	20	2.7	20	86	13	76	33	11	18	37	1.86
60835--60878	23	2.0	22	86	4	61	47	9	9	34	1.67
60976--61000	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60955--61018	33	2.0	32	84	9	85	31	14	14	40	1.85
64987--65012	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
66200--66458	79	3.3	78	83	4	333	33	13	24	27	1.94
66395--66506	51	2.2	51	85	0	143	34	10	24	30	1.89
66320--66569	130	1.9	130	80	3	288	38	12	21	28	1.90
68768--68903	50	2.7	51	89	1	193	41	15	16	26	1.88
74687--74711	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75871--76013	76	1.9	76	82	0	178	37	15	11	34	1.84
75815--76169	190	1.9	190	80	8	427	35	16	14	32	1.90
76790--76991	58	3.5	57	79	11	200	47	12	12	28	1.77
76790--76927	57	2.4	57	87	7	199	47	11	12	28	1.76
77032--77468	217	2.0	212	93	2	739	43	16	12	28	1.84
82297--82353	19	2.9	19	84	2	69	31	17	17	33	1.93
82398--82451	13	4.5	13	76	21	64	35	12	16	35	1.87
82382--82451	33	2.1	34	89	7	108	32	12	18	35	1.89
83968--84009	13	3.2	13	89	0	66	30	16	14	38	1.89
85903--85975	22	3.6	20	69	17	53	39	4	31	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86528--86584	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
86613--86667	20	2.7	21	83	11	69	36	12	16	34	1.87
89886--89919	18	1.9	18	94	5	61	67	11	11	8	1.42
92833--92857	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92842--92898	19	3.0	20	76	7	64	33	19	17	29	1.95
108322--108371	20	2.5	20	90	9	77	28	16	18	38	1.91
117077--117102	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
117055--117122	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
117185--117234	20	2.5	20	83	3	66	30	14	22	34	1.93
122984--123661	164	4.1	163	78	10	573	28	10	8	51	1.66
123054--123661	328	1.8	330	80	6	725	27	10	9	52	1.65
125723--125833	51	2.2	50	85	6	154	45	9	17	27	1.80
126309--126340	12	2.8	12	86	13	50	0	18	0	81	0.70
126540--127041	158	3.1	156	81	10	541	35	11	12	39	1.80
131412--131455	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
133259--133297	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
135375--135405	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
137209--137253	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
139469--139494	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
142159--142194	14	2.4	16	90	9	58	83	8	0	8	0.82
143857--144073	89	2.4	86	82	7	263	31	24	15	28	1.95
144287--144774	145	3.4	141	82	8	522	21	22	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144300--144769	47	9.8	48	76	9	372	21	22	15	40	1.91
144848--145279	84	5.1	85	75	8	312	20	28	14	36	1.91
145142--145299	84	1.9	84	82	5	203	20	29	16	33	1.94
144848--145358	168	3.0	168	76	4	499	19	29	14	36	1.92
146548--146711	80	2.1	79	90	3	258	25	11	4	57	1.53
146548--146711	79	2.1	80	91	1	267	25	11	4	57	1.53
146708--147224	163	3.1	165	81	5	510	27	10	9	52	1.67
146694--147735	165	6.4	166	72	14	633	28	10	8	52	1.65
147090--147356	145	1.8	144	86	7	389	27	11	6	54	1.60
146922--147489	310	1.8	313	87	4	844	28	10	7	53	1.61
148416--148768	170	2.1	171	85	0	465	29	12	18	39	1.87
148985--149487	159	3.1	157	80	9	557	36	11	11	40	1.78
149751--150997	624	2.0	622	91	1	2009	30	15	18	35	1.93
152640--152734	16	6.0	16	71	17	65	53	23	8	14	1.68
153514--153557	16	2.8	16	89	0	61	59	20	4	15	1.54
154564--154611	12	4.0	12	77	17	55	56	0	0	43	0.99
154561--154653	13	6.6	13	76	19	73	53	0	0	46	1.00
154579--154653	17	5.1	15	73	20	61	56	0	0	44	0.99
154595--154645	17	3.1	17	91	2	77	58	0	0	41	0.98
154733--154804	38	1.9	37	86	8	101	40	0	1	58	1.07
155478--155538	12	5.0	12	78	4	59	44	0	55	0	0.99
155484--155528	18	2.4	18	85	3	54	42	0	57	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155514--155557	16	2.6	18	82	7	56	47	0	47	4	1.22
155713--155752	12	3.3	12	82	0	53	47	0	27	25	1.52
158334--158423	45	2.0	45	97	0	171	27	13	20	38	1.90
164696--164735	20	2.0	20	100	0	80	20	25	15	40	1.90
168994--169019	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
169058--169131	20	3.7	19	83	7	94	28	14	13	43	1.84
171499--171600	28	3.6	28	87	0	132	22	30	21	25	1.99
171555--171719	79	2.1	79	87	2	242	29	26	15	29	1.96
171397--171807	130	3.1	130	75	13	347	27	27	14	30	1.95
172201--172259	19	3.1	18	80	11	64	37	15	13	33	1.86

Tables:   1   2   3   4