genome.fa.s358.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold358
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  583678

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172303--172333	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
172287--172353	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
174371--174399	14	2.1	14	100	0	58	34	6	31	27	1.83
174435--174465	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
174489--174625	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
174706--174746	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
176389--176413	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
176997--177043	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
180136--180161	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
180205--180341	53	2.6	53	95	1	238	26	17	18	37	1.93
181675--181735	21	2.9	21	100	0	122	49	4	18	27	1.68
184357--184381	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
184337--184404	33	2.1	33	91	2	111	36	17	13	32	1.89
189453--189477	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
189433--189500	33	2.1	33	91	2	111	36	17	13	32	1.89
194549--194573	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
194529--194596	33	2.1	33	91	2	111	36	17	13	32	1.89
200747--200783	13	2.8	13	91	0	56	29	13	16	40	1.86
203200--203250	20	2.5	20	100	0	102	25	15	19	39	1.91
203305--203355	20	2.6	20	87	3	68	39	19	13	27	1.90
205610--205637	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
207069--207121	21	2.5	23	76	20	69	35	3	39	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207079--207132	20	2.9	19	82	12	69	31	3	35	29	1.75
210020--210059	21	1.9	21	100	0	80	50	5	17	27	1.67
213766--213791	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
235959--236015	21	2.8	21	81	2	71	36	12	19	31	1.89
236043--236139	13	5.6	19	71	28	92	44	15	12	27	1.82
236043--236139	32	3.0	32	96	3	176	44	15	12	27	1.82
242214--242316	45	2.3	45	85	8	129	28	16	15	39	1.89
242278--242316	13	3.0	13	88	0	60	33	17	12	35	1.88
242428--242473	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
244350--244798	224	2.0	225	92	1	758	36	9	13	40	1.77
244956--244981	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
244938--245001	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
251123--251148	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
253677--253740	20	3.6	19	74	25	77	39	18	12	29	1.88
253695--253720	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
253677--253740	32	2.0	33	96	3	121	39	18	12	29	1.88
254653--254678	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
253533--255421	948	2.0	932	90	6	2957	33	17	17	30	1.94
257592--257616	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
257573--257636	33	1.9	33	87	6	94	40	10	15	32	1.82
257603--257640	20	1.9	20	100	0	76	39	10	13	36	1.79
257668--257721	19	2.7	19	77	8	63	33	16	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258175--258200	12	2.2	12	100	0	52	34	15	34	15	1.89
264254--264332	1	79.0	1	73	0	59	86	10	1	2	0.73
264257--264325	6	11.5	6	83	11	88	85	11	0	2	0.70
264254--264332	23	3.3	23	83	10	97	86	10	1	2	0.73
264254--264332	17	4.5	17	84	6	95	86	10	1	2	0.73
268544--268693	52	2.9	52	90	4	232	31	17	17	34	1.93
269490--269616	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
269450--269670	122	1.8	120	84	5	302	36	14	24	25	1.93
269569--269697	55	2.4	54	83	3	154	34	14	24	25	1.94
269275--269721	227	2.0	225	82	6	550	36	14	25	24	1.93
269438--269796	170	2.1	172	83	8	448	37	12	25	24	1.90
269307--270116	394	2.0	398	91	2	1299	36	13	25	24	1.92
269965--270472	43	10.6	52	77	13	329	31	17	25	25	1.97
270071--270483	43	9.0	43	79	11	439	30	17	25	25	1.97
270014--270483	92	5.1	92	93	1	778	31	17	25	25	1.97
270478--270671	33	5.9	33	87	2	266	20	18	31	29	1.96
270682--271238	32	17.8	31	74	12	295	31	14	32	20	1.93
270810--271206	31	12.9	28	76	12	82	31	15	31	20	1.94
270906--271326	30	13.8	31	73	13	302	31	16	29	22	1.96
270906--271325	61	6.9	61	73	13	312	30	16	30	22	1.96
270670--271241	187	3.0	187	88	3	783	32	14	32	20	1.93
272555--272581	11	2.5	11	100	0	54	0	0	7	92	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279474--279602	52	2.5	52	93	0	213	31	17	14	35	1.91
279474--279622	52	2.9	51	85	4	201	32	17	15	34	1.91
279611--279635	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
279678--279702	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
279691--279741	17	2.9	17	88	11	68	37	11	11	39	1.79
279963--280227	61	4.6	58	85	10	330	25	27	22	24	2.00
279963--280227	116	2.3	114	87	10	362	25	27	22	24	2.00
280208--280306	42	2.4	42	80	10	105	23	24	14	38	1.91
280317--280416	42	2.4	42	78	8	107	19	29	10	42	1.83
281077--281129	20	2.7	20	88	5	72	28	16	13	41	1.86
281075--281181	53	2.0	53	83	7	137	29	16	12	41	1.85
281092--281161	33	2.1	33	94	0	122	30	18	11	40	1.86
281112--281142	13	2.4	13	94	0	53	32	16	12	38	1.86
283579--283678	28	3.6	27	78	10	103	24	33	17	26	1.96
283634--283804	79	2.2	79	86	4	229	28	27	13	30	1.94
283740--283857	51	2.3	51	79	5	141	30	28	11	28	1.92
283663--284009	121	2.7	127	82	7	399	28	25	12	32	1.93
289539--289606	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
289541--289603	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
289560--289584	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
289643--289670	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
289626--289691	33	2.0	33	88	5	98	28	18	13	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293108--293142	13	2.7	13	95	0	61	34	20	14	31	1.92
293183--293236	19	2.8	19	88	2	81	40	14	14	29	1.86
305336--305375	13	3.1	13	85	0	62	37	17	12	32	1.87
310827--310950	52	2.4	51	91	4	196	29	17	17	34	1.94
310827--310970	52	2.8	50	83	13	168	31	17	18	33	1.94
310959--310983	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
311046--311070	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
311612--311986	170	2.2	170	80	7	400	36	15	25	22	1.93
311896--312781	49	18.7	49	82	9	1128	31	18	25	24	1.98
311887--312781	92	9.5	92	90	5	1149	31	18	25	24	1.97
312781--312850	33	2.1	34	91	5	115	20	18	37	24	1.94
312855--313460	34	18.6	32	75	17	422	32	13	33	20	1.91
312855--313465	98	6.3	98	75	17	444	32	13	32	20	1.92
312979--313437	34	13.9	34	77	14	453	33	13	33	20	1.91
312979--313465	70	7.4	69	88	7	519	33	13	32	20	1.92
313228--313403	28	5.9	27	69	24	97	30	14	32	22	1.93
313381--313498	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
321708--321831	52	2.4	51	93	4	205	29	17	18	34	1.94
321708--321851	52	2.8	50	84	13	177	30	17	18	33	1.94
321840--321864	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
321927--321951	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
325691--325716	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325671--325738	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
331861--331923	33	1.9	33	93	0	108	26	17	17	38	1.92
331861--331923	20	3.5	20	66	28	59	26	17	17	38	1.92
334396--334420	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
334408--334460	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
334494--334545	20	2.7	20	90	3	79	38	21	11	28	1.88
335904--335959	19	2.9	19	83	2	67	35	16	12	35	1.86
342667--342883	104	2.1	103	91	3	357	41	14	10	33	1.80
342800--343103	157	1.9	155	80	5	344	41	15	13	30	1.85
345799--345824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4