genome.fa.s364.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold364
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2089110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1160 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650202--650253	20	2.5	21	81	3	61	50	0	1	48	1.12
650856--650919	26	2.3	29	82	12	82	48	3	0	48	1.17
652773--652799	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
655498--655523	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
660212--660270	18	3.2	18	73	9	57	57	1	0	40	1.09
662152--662187	2	18.0	2	88	0	54	50	0	0	50	1.00
664750--664774	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
665848--665908	24	2.4	24	84	13	70	34	0	0	65	0.93
667891--667933	9	4.4	10	82	14	54	41	2	0	55	1.12
667807--667923	55	2.1	55	77	12	123	43	0	0	56	0.99
669848--669886	2	19.5	2	83	0	51	48	0	48	2	1.15
672275--672300	4	6.5	4	100	0	52	26	0	46	26	1.53
672961--673016	24	2.3	25	78	9	62	33	5	3	57	1.39
675267--675321	22	2.5	23	91	8	89	47	0	0	52	1.00
675299--675354	26	2.0	27	83	13	69	46	0	0	53	1.00
676938--676990	26	2.0	26	82	7	63	62	1	1	33	1.17
677010--677041	16	1.9	17	93	6	57	46	6	0	46	1.27
677557--677614	15	3.7	15	75	20	55	44	5	1	48	1.35
679057--679236	34	5.4	33	86	4	211	40	25	7	27	1.81
679057--679236	67	2.7	66	86	4	234	40	25	7	27	1.81
683314--683352	19	2.1	19	90	0	60	35	23	12	28	1.91
683657--683806	34	4.5	33	78	8	160	44	26	4	24	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691203--691236	16	2.1	16	100	0	68	11	11	23	52	1.70
692625--692663	14	2.8	14	84	0	51	64	2	0	33	1.08
698201--698243	14	3.1	14	93	0	68	46	11	2	39	1.53
698201--698242	20	2.1	20	90	0	66	47	11	2	38	1.53
698781--698848	11	6.3	11	76	17	63	70	0	1	27	0.96
698782--698860	12	6.7	11	74	17	54	70	0	1	27	0.95
698782--698844	16	3.9	16	75	6	56	69	0	1	28	0.97
703565--703613	22	2.2	24	89	10	77	42	0	4	53	1.20
705955--706010	26	2.1	26	83	9	69	10	12	17	58	1.61
716797--716822	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
724371--724415	23	2.0	23	91	8	74	80	4	6	8	1.03
727813--727837	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
727974--728034	29	2.2	28	85	5	79	63	8	3	24	1.37
728200--728236	16	2.1	18	85	14	51	56	0	0	43	0.99
728348--728375	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
728607--728668	24	2.7	22	73	7	61	48	0	0	51	1.00
731787--731823	13	2.8	14	84	12	51	59	0	0	40	0.97
733653--733700	6	8.0	6	92	0	60	20	4	58	16	1.55
733654--733700	18	2.6	18	86	0	67	21	4	57	17	1.56
734409--734434	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
734900--734986	43	2.0	43	100	0	174	27	18	11	42	1.85
735311--735341	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744923--744967	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
747969--748006	10	3.4	11	89	10	51	0	10	0	89	0.49
760008--760034	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
760776--760813	6	6.3	6	90	0	58	2	60	0	36	1.11
761322--761347	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
762584--762624	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
763411--763445	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
763414--763460	21	2.4	21	80	19	57	31	0	0	68	0.90
765602--765627	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
769803--769869	34	2.0	34	93	0	116	31	8	31	28	1.88
772993--773025	11	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97
780546--780603	17	3.3	19	79	13	61	62	0	1	36	1.06
780589--780863	76	3.9	66	76	13	146	46	6	10	36	1.63
780658--780931	150	1.8	150	86	4	401	46	6	10	36	1.65
780654--780938	74	3.8	76	85	4	364	46	7	10	35	1.65
781282--781331	17	2.8	17	84	6	55	44	10	2	44	1.49
782927--782970	22	2.0	21	83	12	54	34	2	9	54	1.44
784789--784813	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
787842--787898	30	1.9	30	92	0	96	57	0	1	40	1.09
788453--788552	35	3.0	34	77	13	111	59	2	2	37	1.21
788458--788520	11	5.3	13	73	21	50	63	1	1	33	1.13
788516--788590	15	5.2	15	70	19	52	49	1	1	48	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788547--788586	17	2.4	17	83	8	55	42	0	2	55	1.13
788871--788902	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
788901--788931	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
792065--792097	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
793406--793442	2	18.5	2	94	0	65	54	0	45	0	1.00
793683--793712	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
798336--798424	20	4.8	20	71	22	63	46	0	0	53	1.00
798329--798424	52	2.0	51	84	13	132	44	0	0	55	0.99
798356--798446	33	2.7	33	80	13	114	43	0	0	56	0.99
798355--798478	33	3.8	31	78	11	106	42	0	0	57	0.98
798339--798469	8	17.4	8	67	23	54	43	0	0	56	0.99
798309--798435	11	12.3	11	68	26	50	42	0	0	56	1.04
802691--802736	18	2.6	18	93	3	76	47	21	19	10	1.80
804734--804788	19	2.6	21	83	16	78	60	0	1	38	1.08
804781--804863	22	3.7	22	68	16	64	49	0	1	49	1.08
804782--804850	14	4.8	14	73	18	52	47	0	1	50	1.09
805639--805685	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
809257--809289	15	2.1	16	88	5	50	0	18	0	81	0.68
809380--809404	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
809595--809687	49	1.9	50	86	6	138	50	0	0	49	1.00
810617--810685	36	1.9	36	86	13	99	52	1	0	46	1.09
811859--811894	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815783--815842	18	3.4	18	77	11	70	61	0	0	38	0.96
815792--815840	20	2.4	21	83	10	57	65	0	0	34	0.93
818606--818647	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
821200--821226	12	2.2	12	100	0	54	40	7	7	44	1.60
821300--821330	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
826105--826166	19	3.1	19	73	15	54	35	0	0	64	0.94
826113--826253	59	2.5	55	76	15	142	44	0	0	54	1.05
826102--826188	46	2.0	44	82	11	106	41	0	0	58	0.98
826155--826193	15	2.5	15	88	12	53	46	0	0	53	1.00
826141--826248	59	1.9	55	85	11	146	47	0	0	51	1.07
826768--826797	12	2.5	12	94	0	51	50	26	0	23	1.50
830477--830883	193	2.1	191	86	0	553	24	21	26	28	1.99
832119--832184	2	31.5	2	93	3	96	45	0	6	48	1.27
839082--839110	12	2.3	13	94	5	51	24	3	0	72	1.00
843212--843247	6	6.3	6	87	12	58	47	52	0	0	1.00
844474--844538	29	2.2	29	97	0	121	36	6	36	20	1.77
850279--850306	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
851904--851944	2	20.5	2	94	0	73	0	46	0	53	1.00
852109--852156	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
856285--856313	6	4.8	6	100	0	58	0	31	0	68	0.89
859349--859395	20	2.4	18	78	21	51	59	4	4	31	1.36
861527--861559	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861828--861888	22	2.4	25	84	15	74	68	0	0	31	0.89
861849--861989	17	8.2	17	69	21	64	59	2	0	37	1.14
861827--861936	18	5.7	19	70	18	59	63	0	0	35	1.01
861830--861893	27	2.3	27	86	7	85	68	0	0	31	0.90
861897--861967	32	2.2	32	90	7	110	53	2	1	42	1.24
865976--866127	34	4.4	34	83	1	187	42	26	7	24	1.80
865977--866112	69	2.0	69	92	0	227	43	26	7	22	1.79
870563--870645	34	2.5	33	88	4	112	46	19	2	31	1.62
881927--882175	126	2.0	127	97	0	473	32	14	20	32	1.93
885598--885636	20	1.9	21	84	5	53	64	2	2	30	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10