genome.fa.s374.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold374
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  461091

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464--2490	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2579--2603	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
3807--3885	16	4.9	16	75	6	52	50	13	7	27	1.69
3793--3885	32	2.9	32	69	6	89	50	11	8	29	1.68
4356--4466	50	2.2	50	88	4	172	45	2	2	49	1.30
5750--5780	6	5.2	6	100	0	62	16	16	51	16	1.77
5985--6024	20	2.0	20	100	0	80	20	10	20	50	1.76
24170--24211	20	2.1	20	82	8	50	7	14	19	59	1.57
25302--25358	25	2.2	26	78	12	64	52	0	0	47	1.00
25658--25729	28	2.5	30	82	13	96	27	0	9	62	1.26
25872--25942	15	4.6	16	73	18	53	42	1	1	54	1.17
25879--25918	21	1.9	21	85	10	55	40	2	0	57	1.12
25896--25998	29	3.5	29	70	21	81	48	0	0	50	1.07
35019--35060	18	2.3	19	87	8	68	42	4	16	35	1.69
35339--35381	17	2.4	18	84	7	52	79	2	9	9	1.03
35440--35501	25	2.4	25	76	7	63	56	1	1	40	1.19
36339--36377	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
37788--37833	23	2.0	23	100	0	92	13	21	26	39	1.90
44850--44879	8	3.6	8	91	8	51	13	23	40	23	1.90
44895--44929	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
44898--44944	21	2.4	21	80	19	57	31	0	0	68	0.90
49268--49294	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49373--49413	21	2.0	21	85	9	57	39	0	0	60	0.96
50229--50283	27	2.0	27	100	0	110	29	7	18	45	1.76
50338--50402	29	2.2	31	81	8	73	50	0	0	49	1.00
50930--50969	20	2.0	21	90	5	64	37	0	0	62	0.95
50943--50996	19	2.9	19	81	8	58	38	0	1	59	1.08
52309--52357	17	2.8	19	79	17	61	42	0	0	57	0.99
52303--52341	15	2.6	15	80	15	53	43	0	0	56	0.99
52896--52936	18	2.3	19	80	20	52	34	0	0	65	0.93
60931--61055	50	2.5	50	88	3	189	43	12	17	26	1.85
62048--62155	28	3.9	27	80	8	83	22	21	30	25	1.98
61985--62425	29	15.5	28	81	5	458	24	18	29	26	1.98
61985--62425	56	7.8	56	81	5	447	24	18	29	26	1.98
75306--75374	27	2.6	27	90	0	111	20	15	37	26	1.93
77527--77651	20	5.7	20	68	18	79	43	11	14	31	1.80
77530--77694	90	1.8	91	93	1	287	43	10	15	30	1.80
79324--79362	2	19.0	2	89	5	60	51	0	2	46	1.14
81134--81171	20	1.9	20	84	10	51	55	13	2	28	1.51
81249--81287	19	2.1	19	85	4	53	30	0	2	66	1.05
81405--81456	25	2.1	25	100	0	104	26	11	7	53	1.63
83817--83842	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
83799--83862	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
88874--88921	23	2.0	25	84	8	64	64	0	4	31	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89252--89321	17	4.3	17	71	14	58	1	42	0	55	1.08
89991--90040	24	2.2	24	85	7	68	56	4	0	40	1.18
91068--91115	23	2.1	23	84	7	62	45	0	0	54	0.99
91077--91120	22	2.0	21	87	12	63	40	0	0	59	0.98
92058--92106	18	2.6	20	81	12	59	51	0	0	48	1.00
92058--92111	19	2.9	19	76	13	58	53	0	0	46	1.00
92694--92735	23	1.9	21	85	9	57	40	2	0	57	1.12
93039--93080	22	1.9	22	90	9	68	40	0	0	59	0.97
94404--94430	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
94758--94797	17	2.3	18	95	4	73	42	0	2	55	1.13
94868--94927	25	2.5	24	78	5	75	55	1	0	43	1.10
95249--95308	31	1.9	31	89	0	93	51	0	0	48	1.00
96759--96853	44	2.2	44	79	9	104	45	0	1	53	1.07
96746--96852	18	5.9	18	73	19	71	43	0	0	55	1.06
98401--98434	17	2.1	17	88	5	52	32	0	8	58	1.29
98689--98732	23	2.0	22	86	13	63	36	0	0	63	0.95
98720--98779	20	3.0	20	81	13	70	55	1	0	43	1.10
99327--99385	29	1.9	29	86	10	82	44	0	0	55	0.99
99346--99379	13	2.8	13	91	8	54	47	0	0	52	1.00
99357--99403	22	2.0	25	84	12	64	46	2	0	51	1.13
99364--99432	22	3.1	22	78	15	63	40	1	0	57	1.07
99414--99473	12	5.3	12	73	13	56	31	1	1	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101474--101516	19	2.4	17	84	7	50	72	2	2	23	1.08
103136--103174	12	3.2	12	88	3	51	74	2	0	23	0.94
106905--106930	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
106948--107037	13	6.0	13	69	26	54	34	15	15	34	1.89
106962--107024	19	3.7	18	72	24	64	36	15	14	33	1.88
106944--107039	32	3.0	32	90	1	158	36	15	14	33	1.88
107700--107740	17	2.4	17	87	4	55	82	2	12	2	0.86
108444--108484	19	2.2	19	86	8	57	21	7	7	63	1.45
108525--108804	58	4.8	56	77	8	188	28	10	14	46	1.77
114802--116362	154	10.3	154	74	10	871	40	17	16	25	1.90
114983--115835	449	1.9	449	82	2	1079	40	17	16	25	1.90
115458--115728	141	1.9	140	82	0	335	40	17	15	26	1.89
115303--115884	295	2.0	295	79	4	636	40	18	15	25	1.89
115595--116493	156	5.8	153	73	9	416	40	18	15	25	1.90
115598--116255	312	2.1	310	80	6	706	40	17	16	25	1.90
117099--117140	2	21.5	2	85	4	59	47	0	0	52	1.00
118133--118190	6	9.5	6	78	9	55	67	1	1	29	1.11
118657--118715	24	2.4	23	81	13	64	59	1	3	35	1.24
118657--118715	25	2.4	25	83	11	68	59	1	3	35	1.24
122132--122354	79	2.8	79	81	6	220	34	16	21	26	1.94
122157--122421	79	3.4	79	82	3	277	35	14	22	27	1.93
122375--122471	50	1.9	50	87	0	140	38	12	22	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122425--122629	79	2.6	79	78	3	232	37	17	21	23	1.94
125621--125722	41	2.4	41	80	3	105	51	9	20	17	1.73
125670--125893	88	2.6	87	79	6	238	44	10	25	19	1.83
125919--126345	61	7.1	61	79	6	415	29	18	26	25	1.98
125919--126340	185	2.3	182	82	5	473	29	18	26	25	1.98
125919--126346	121	3.5	122	81	4	467	29	18	26	25	1.98
126375--126561	61	3.0	61	84	2	250	27	18	28	25	1.98
126166--126691	217	2.5	210	84	4	664	27	18	28	25	1.98
127673--127772	1	100.0	1	77	0	101	1	1	9	89	0.60
127671--127772	34	3.0	33	80	10	114	0	1	8	88	0.65
127673--127772	31	3.3	29	85	10	137	1	1	9	89	0.60
136476--136552	28	2.8	28	85	0	91	24	19	32	23	1.97
136536--136873	52	6.4	52	68	17	187	31	12	26	29	1.93
136688--136763	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
139233--139258	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
139212--139278	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
139298--139365	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
139320--139344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
139301--139363	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
139421--139477	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
139484--139509	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
144371--144673	79	3.8	78	78	6	281	34	14	23	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144612--144723	50	2.2	51	81	7	131	38	14	21	25	1.91
144678--144883	79	2.6	79	82	3	261	35	15	24	24	1.94
144526--144803	129	2.1	130	80	3	319	35	14	24	25	1.93
144489--144894	208	2.0	208	84	3	532	36	14	23	25	1.93
147764--147838	31	2.4	31	80	6	80	37	1	4	57	1.26
147795--147867	31	2.4	31	81	9	78	38	1	2	57	1.22
148729--148777	21	2.4	19	81	18	55	55	0	0	44	0.99
148729--148777	20	2.4	20	81	18	57	55	0	0	44	0.99
154372--154396	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
163674--163735	14	4.8	13	73	16	58	45	0	1	53	1.10

Tables:   1   2   3   4