genome.fa.s374.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold374
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  461091

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164257--164334	23	3.3	23	68	15	61	29	0	10	60	1.30
164653--164729	8	9.4	8	74	14	68	80	0	16	2	0.82
164652--164731	32	2.5	33	78	9	96	78	0	17	3	0.89
164671--164731	17	3.6	18	78	10	56	78	0	18	3	0.88
165026--165318	136	2.1	138	81	6	362	32	5	12	49	1.64
177904--177968	27	2.6	25	73	20	64	53	1	0	44	1.09
177970--178030	12	5.1	12	74	6	52	57	0	0	42	0.98
180896--180929	15	2.3	15	90	5	52	38	2	0	58	1.13
181109--181149	21	2.0	21	100	0	82	19	14	14	51	1.77
181706--181732	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
181968--182007	16	2.5	16	84	15	64	47	27	12	12	1.77
182726--182768	22	2.0	21	86	4	59	46	25	4	23	1.71
182848--182897	16	3.1	16	82	0	55	48	38	6	8	1.57
187883--187942	21	2.9	21	82	5	68	33	23	5	38	1.76
190164--190210	21	2.2	22	85	11	62	48	0	2	48	1.13
190164--190221	19	2.9	19	82	12	55	44	0	3	51	1.18
190427--190489	30	2.1	29	83	13	76	41	6	3	49	1.44
191844--191868	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
192772--192843	27	2.7	27	93	0	126	47	18	9	25	1.78
200437--200507	27	2.9	24	83	8	81	43	25	8	22	1.81
200437--200481	24	1.9	23	90	4	72	42	28	6	22	1.79
200441--200512	24	2.9	24	81	10	65	47	23	6	22	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200445--200540	27	3.7	27	82	6	101	47	19	7	25	1.75
200844--200884	14	3.0	13	83	13	55	39	2	0	58	1.11
201570--201623	20	2.7	20	85	0	72	31	11	12	44	1.78
201669--201693	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
201702--201826	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
206273--206362	21	4.3	21	73	17	80	32	7	7	52	1.59
206273--206373	42	2.4	42	79	11	102	32	8	8	49	1.65
206394--206450	20	2.8	20	76	17	64	35	1	3	59	1.25
206396--206506	21	5.5	19	75	14	73	34	2	8	54	1.44
206478--206520	19	2.3	18	80	11	50	23	6	9	60	1.51
206977--207007	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
207524--207584	11	5.4	11	75	16	54	63	1	1	32	1.13
207524--207600	22	3.5	22	73	16	70	61	1	1	36	1.13
207569--207643	32	2.3	34	81	9	93	56	2	0	41	1.13
207738--207765	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
208097--208157	16	3.9	16	77	10	63	54	4	1	39	1.32
208097--208139	15	2.8	16	85	7	61	60	2	0	37	1.10
210540--210576	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
210812--210866	15	3.7	15	72	13	51	60	0	0	40	0.97
210837--210874	11	3.5	11	82	7	51	57	0	0	42	0.98
210835--210879	21	2.1	21	87	4	63	57	0	2	40	1.11
211713--211759	16	2.9	16	81	12	51	53	2	0	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213088--213172	36	2.4	37	84	11	106	50	0	0	49	1.00
213393--213501	27	3.9	27	73	20	89	41	0	0	58	0.98
213481--213521	14	3.0	14	76	16	50	26	0	0	73	0.84
213389--213518	56	2.3	59	75	10	135	39	0	0	60	0.97
216745--216786	14	2.9	15	83	13	52	50	0	0	50	1.00
216803--216838	18	2.1	17	89	5	54	50	0	5	44	1.25
216864--216974	28	4.2	26	74	19	72	44	0	3	52	1.18
217197--217283	26	3.2	26	62	25	61	36	13	4	44	1.65
218482--218513	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
221899--221993	30	3.2	30	79	5	111	56	1	4	37	1.26
222460--222516	16	3.6	16	77	11	55	45	0	1	52	1.11
222458--222488	16	1.9	16	100	0	62	51	0	3	45	1.17
222841--222873	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
222873--222911	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
223293--223327	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
223512--223571	23	2.6	22	77	12	59	56	1	0	41	1.09
223518--223572	11	4.6	12	78	14	60	58	0	0	41	0.98
223517--223562	14	3.4	14	76	11	51	56	0	0	43	0.99
224918--224955	17	2.2	18	86	9	53	7	18	10	63	1.50
229798--229839	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
230228--230280	25	2.2	25	82	3	63	33	0	1	64	1.05
230237--230298	13	4.6	14	71	17	51	29	0	1	69	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230238--230285	25	2.0	24	91	4	78	25	0	2	72	0.95
230318--230357	22	1.9	20	90	10	62	37	0	0	62	0.95
230268--230380	51	2.2	50	81	7	122	43	0	0	56	0.99
230269--230380	52	2.3	51	80	10	126	42	0	0	57	0.99
231451--231484	16	2.2	16	94	5	61	32	0	0	67	0.91
238455--238505	21	2.4	21	80	3	57	15	0	9	74	1.06
238471--238504	16	2.2	16	89	5	52	11	0	5	82	0.83
239464--239507	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
244916--245002	30	3.1	27	78	18	88	37	1	1	59	1.12
244949--245009	26	2.3	27	80	8	72	44	0	0	55	0.99
246818--246853	18	2.1	18	89	5	56	61	0	0	38	0.96
246893--246976	21	4.7	18	73	21	61	55	0	0	44	0.99
246941--246983	5	8.6	5	85	10	52	60	2	0	37	1.10
246937--246970	16	2.1	17	84	15	54	67	0	0	32	0.91
247134--247258	8	15.1	8	67	21	62	57	0	0	42	0.98
247163--247228	17	4.1	16	75	14	64	57	0	0	42	0.98
247135--247217	32	2.5	34	80	7	107	56	0	0	43	0.99
247146--247210	18	3.8	18	74	15	66	56	0	0	43	0.99
247221--247258	17	2.2	18	95	4	69	63	0	0	36	0.95
247228--247265	12	3.3	12	82	10	53	65	0	0	34	0.93
247221--247265	17	2.6	17	89	6	56	64	0	0	35	0.94
248354--248395	17	2.4	17	88	8	57	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249350--249384	16	2.2	16	90	5	54	54	0	0	45	0.99
249968--250036	24	3.0	24	78	16	76	42	0	0	57	0.98
250820--250859	20	2.0	20	85	9	55	50	2	0	47	1.14
251945--251991	22	2.1	22	85	14	62	68	0	2	29	1.02
254021--254070	18	2.9	18	79	5	59	52	0	0	48	1.00
254035--254109	30	2.6	28	74	16	73	49	0	1	49	1.09
254035--254109	28	2.6	28	77	12	80	49	0	1	49	1.09
255576--255637	10	5.8	11	78	18	60	38	0	0	61	0.96
255597--255630	5	6.6	5	86	6	50	35	0	0	64	0.94
255597--255637	21	2.0	21	90	0	64	36	0	0	63	0.95
255576--255629	16	3.4	16	84	0	72	37	0	0	62	0.95
255808--255894	20	4.3	20	70	16	56	51	0	0	48	1.00
256992--257023	13	2.5	13	94	0	55	50	0	0	50	1.00
257407--257470	10	6.2	10	77	10	58	39	1	1	57	1.17
264739--264782	19	2.3	19	84	7	54	50	0	4	45	1.22
266932--266963	16	2.0	16	93	0	55	34	6	15	43	1.72
266633--267278	335	1.9	336	98	0	1240	30	14	16	39	1.88
267422--267482	24	2.6	22	80	15	61	42	1	0	55	1.09
268401--268445	17	2.8	16	80	6	54	31	4	0	64	1.13
268671--268716	24	1.9	24	82	8	58	60	4	0	34	1.16
269700--269768	19	3.5	20	73	11	54	52	0	0	47	1.00
269906--269943	20	1.9	19	89	5	58	71	2	7	18	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270942--270993	25	2.1	25	89	7	79	48	0	0	51	1.00
271393--271428	17	2.1	17	100	0	72	38	0	33	27	1.57
290023--290196	36	4.8	36	88	1	242	21	14	24	40	1.90
300782--300814	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
302382--302416	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
303667--303700	16	2.1	16	89	10	52	55	14	17	11	1.68
305471--305512	17	2.4	17	84	11	50	54	0	7	38	1.28
305813--305892	32	2.5	33	83	6	101	42	3	2	51	1.33
306370--306418	10	5.0	10	77	18	50	69	0	4	26	1.06
308700--308750	26	2.0	26	84	7	68	49	11	3	35	1.58

Tables:   1   2   3   4