genome.fa.s393.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold393
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  702984

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1557--1594	16	2.4	17	83	16	55	42	0	0	57	0.98
2156--2189	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2399--2436	19	2.0	19	89	0	58	47	0	0	52	1.00
2769--2833	10	6.4	10	75	16	53	46	0	0	53	1.00
2776--2864	32	2.9	32	83	8	96	39	0	0	60	0.97
2786--2849	19	3.3	19	79	18	69	40	0	0	59	0.97
2777--2843	13	5.1	13	73	20	50	44	0	0	55	0.99
2821--2867	7	6.4	7	77	18	51	31	0	0	68	0.90
2805--2875	23	3.0	22	76	13	70	33	0	0	66	0.92
2792--2877	29	2.9	30	83	10	88	37	0	0	62	0.95
6699--6737	19	2.1	19	85	9	53	41	0	0	58	0.98
7254--7296	11	3.9	11	84	6	52	72	4	0	23	1.04
7283--7348	29	2.3	29	84	5	91	63	12	0	24	1.28
7451--7494	14	3.0	14	80	9	52	0	34	2	63	1.07
11111--11209	30	3.1	30	67	25	85	42	0	10	47	1.37
11110--11243	66	2.0	66	98	0	259	38	0	9	51	1.35
13228--13264	17	2.1	19	90	10	60	54	2	0	43	1.14
20328--20384	16	3.6	16	80	17	66	54	0	0	45	0.99
20384--20422	18	2.2	19	86	9	55	66	2	0	30	1.05
21453--21477	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23454--23686	50	4.6	50	92	0	376	30	20	20	28	1.97
25697--25721	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27183--27237	2	27.5	2	90	0	74	43	3	3	49	1.37
28479--28520	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
29167--29202	16	2.2	16	90	0	54	38	0	8	52	1.32
32266--32303	20	1.9	20	88	0	58	84	2	5	7	0.86
32266--32301	13	2.9	12	88	8	54	88	2	2	5	0.67
32621--32672	21	2.4	21	84	12	61	40	0	7	51	1.30
33899--33946	22	2.3	22	86	10	66	29	8	6	56	1.53
34712--34841	66	2.0	66	81	6	156	43	12	10	33	1.75
34836--34933	50	2.0	50	91	0	160	44	11	14	29	1.79
35613--35745	71	1.9	67	83	8	169	52	0	0	45	1.11
35795--35879	35	2.4	36	84	9	111	44	0	2	52	1.13
36138--36174	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
36453--36503	21	2.5	20	78	9	57	37	0	5	56	1.23
36015--36664	298	2.2	291	88	4	943	36	8	8	47	1.63
39952--40135	90	2.0	90	80	5	201	32	17	8	40	1.81
40091--40350	69	3.8	69	83	7	334	32	16	9	42	1.79
40091--40350	70	3.8	69	83	7	325	32	16	9	42	1.79
40283--40633	90	3.9	89	85	5	462	33	15	7	43	1.75
40577--40690	57	2.0	57	94	0	201	31	18	10	39	1.85
40630--40830	91	2.2	90	90	4	316	34	14	8	41	1.77
41534--41580	23	2.1	23	84	4	60	53	0	2	44	1.12
41419--41757	120	2.7	124	81	11	401	52	1	2	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41873--41922	11	4.6	11	77	2	57	62	0	0	38	0.96
41873--41922	22	2.3	21	89	3	73	62	0	0	38	0.96
42350--42398	25	2.0	25	84	8	64	67	0	0	32	0.91
42559--42597	19	2.1	19	85	9	53	38	0	0	61	0.96
42844--42900	29	2.0	28	83	16	73	50	1	0	47	1.11
42864--42904	18	2.4	18	88	8	59	41	0	0	58	0.98
42907--42941	11	2.9	12	87	12	54	57	0	0	42	0.99
43451--43496	10	4.6	10	78	10	58	45	2	2	50	1.26
45853--46006	84	1.8	84	92	2	265	19	29	14	36	1.91
57254--57317	13	5.4	13	71	21	59	35	14	15	34	1.88
57234--57333	33	3.0	33	91	2	157	36	17	14	33	1.89
57267--57332	20	3.7	20	73	26	83	34	16	15	33	1.90
57361--57416	20	2.8	20	86	2	69	37	14	10	37	1.81
59263--59288	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
59380--59433	20	2.7	20	100	0	108	24	11	18	46	1.81
61865--61915	13	3.9	13	100	0	102	31	15	15	37	1.89
63060--63085	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65303--65347	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
67151--67181	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
69253--69278	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
71831--71856	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75765--75809	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78009--78060	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
85219--85346	20	5.8	20	71	21	87	41	12	14	32	1.83
85269--85346	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
88273--88361	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
88253--88385	32	4.1	32	98	0	248	34	12	18	35	1.87
88251--88380	19	7.8	18	70	29	110	33	12	17	36	1.87
88423--88447	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
93113--93175	32	1.9	33	87	9	94	34	14	15	34	1.88
93206--93266	20	3.1	19	88	4	86	34	16	13	36	1.87
93247--93273	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
96245--96278	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
97559--97601	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
99840--99896	30	1.9	30	96	0	105	35	14	21	29	1.92
102473--102516	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
103986--104011	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106557--106595	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
108674--108704	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
110508--110552	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
112767--112792	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
112799--112908	33	3.4	33	65	12	91	31	17	19	31	1.95
112767--112909	65	2.2	65	98	0	277	30	17	18	33	1.94
112832--112857	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113324--113356	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
114826--114879	22	2.4	23	75	6	65	40	1	0	57	1.09
115068--115114	23	2.0	24	83	4	60	46	0	0	53	1.00
115341--115383	22	2.0	22	86	9	61	53	13	0	32	1.41
115642--115681	22	1.9	22	90	10	66	60	0	0	40	0.97
115660--115711	27	1.9	27	84	7	70	53	0	0	46	1.00
118274--118450	79	2.2	79	84	2	230	31	15	27	25	1.96
120772--120895	20	5.8	20	73	19	106	42	16	16	24	1.88
121181--121219	15	2.7	14	80	7	51	66	2	0	30	1.05
121189--121229	21	1.9	22	85	5	57	60	4	0	34	1.18
121503--121538	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
123813--123854	6	7.0	6	100	0	84	0	16	50	33	1.46
123990--124029	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
126357--126393	18	2.1	18	89	0	56	24	2	0	72	0.97
126692--126746	2	27.5	2	88	0	83	43	0	5	50	1.25
127087--127133	7	6.6	7	80	11	51	29	2	0	68	1.02
127091--127133	12	3.7	12	75	6	52	27	2	0	69	1.00
126988--127102	17	6.6	17	68	23	55	42	1	1	53	1.21
130194--130243	18	2.5	20	81	15	59	44	0	0	56	0.99
130196--130240	22	2.1	22	87	4	65	48	0	0	51	1.00
130258--130300	21	2.1	21	82	4	52	51	2	0	46	1.13
131090--131131	19	2.2	19	87	8	59	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131439--131476	20	1.9	20	89	10	60	42	0	0	57	0.98
131473--131510	19	2.0	19	90	10	60	50	0	0	50	1.00
131519--131571	21	2.5	21	84	6	63	56	0	1	41	1.10
132165--132200	13	2.8	12	88	12	54	27	0	0	72	0.85
132538--132580	19	2.2	20	88	12	63	62	2	0	34	1.08
136708--136749	18	2.4	17	84	11	57	61	0	0	38	0.96
138167--138218	25	2.1	25	82	13	63	55	1	0	42	1.10
139005--139033	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
139550--139607	22	2.6	23	71	17	59	58	0	0	41	0.98
139553--139611	27	2.3	26	80	13	68	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6