genome.fa.s393.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold393
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  702984

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139555--139636	39	2.1	38	80	13	87	54	1	0	43	1.07
139572--139642	20	3.5	19	75	22	65	52	1	0	46	1.09
139623--139661	14	2.6	16	84	12	55	56	0	0	43	0.99
139624--139683	23	2.6	22	79	10	68	58	0	0	41	0.98
139651--139685	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
140806--140855	17	2.8	18	81	9	66	70	4	0	26	1.05
140881--140947	18	4.1	17	72	24	56	56	2	0	40	1.14
141785--141819	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
142693--142734	21	1.9	23	90	9	70	28	0	0	71	0.86
143832--143886	26	2.2	25	80	9	58	45	3	5	45	1.44
144336--144368	17	1.9	17	93	0	57	60	6	0	33	1.21
144690--144744	26	2.2	26	86	3	76	45	0	1	52	1.11
144793--144868	21	3.6	21	71	16	59	28	3	1	65	1.18
143425--145115	861	2.0	865	91	2	2760	38	9	9	42	1.70
145169--145199	9	3.6	9	91	8	55	9	0	0	90	0.46
145169--145198	8	3.6	8	95	4	51	10	0	0	90	0.47
148173--148198	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
148155--148218	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
150796--150847	26	2.0	26	85	3	70	50	0	1	48	1.12
150772--150918	76	1.9	77	93	4	253	49	0	8	41	1.34
150902--150935	7	4.7	7	89	7	50	50	0	2	47	1.16
151349--151402	28	2.0	28	89	7	85	55	3	0	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151921--151976	18	3.2	17	76	14	53	60	1	1	35	1.17
159087--159144	8	7.4	8	74	18	59	62	0	0	37	0.96
159066--159130	22	3.1	21	74	22	64	56	0	0	43	0.99
159616--159655	20	2.0	21	90	9	66	60	10	5	25	1.49
160295--160340	24	1.9	24	86	8	67	56	2	0	41	1.11
161135--161175	22	1.9	21	85	5	55	53	0	2	43	1.13
162961--163054	31	3.1	31	81	1	109	30	6	8	54	1.56
165369--165400	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
165956--165992	20	1.9	20	94	5	67	78	0	5	16	0.93
166191--166216	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
168002--168049	24	2.0	24	84	8	62	37	0	4	58	1.18
172848--172880	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
172880--172913	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
173873--174120	124	2.0	124	80	1	282	40	10	10	37	1.76
175885--175930	15	3.1	15	76	20	51	30	0	0	69	0.89
175897--175953	14	4.0	14	77	11	53	35	1	0	63	1.05
175892--175945	28	1.9	28	84	0	72	35	1	0	62	1.06
176142--176189	19	2.6	18	87	6	69	18	16	10	54	1.70
176598--176737	47	3.0	47	88	4	201	42	5	0	52	1.28
177021--177059	17	2.3	17	86	8	53	43	0	2	53	1.14
177333--177369	17	2.1	17	95	5	65	56	0	0	43	0.99
179108--179136	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180347--180418	37	1.9	38	83	8	94	56	0	0	43	0.99
180490--180516	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25
181094--181153	30	2.0	30	83	6	77	61	3	0	35	1.12
181108--181154	25	2.0	24	87	8	69	63	0	0	36	0.94
181108--181221	33	3.3	33	78	11	106	59	0	0	40	0.97
181208--181272	2	34.5	2	79	11	66	55	0	0	44	0.99
181438--181481	11	3.7	11	82	14	52	40	0	0	59	0.98
181434--181471	19	2.0	19	90	10	60	36	0	0	63	0.95
181443--181479	19	1.9	19	88	0	56	40	0	0	59	0.97
183000--183405	167	2.4	166	83	3	478	32	13	7	46	1.70
184062--184093	15	2.2	15	94	5	57	87	0	12	0	0.54
185646--185707	31	2.0	31	100	0	124	22	32	9	35	1.87
188299--188334	15	2.4	15	85	0	54	47	0	0	52	1.00
188336--188373	16	2.4	16	90	0	58	60	2	0	36	1.11
190568--190613	21	2.2	21	96	0	83	60	4	0	34	1.16
190567--190611	10	4.4	11	76	23	53	60	4	0	35	1.17
195873--195901	14	2.0	15	93	6	51	62	6	6	24	1.45
197628--197654	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
197876--197938	30	2.1	29	82	11	74	47	0	1	50	1.10
199134--199179	20	2.5	19	79	10	51	54	0	2	43	1.12
200858--201075	104	2.0	106	92	6	368	48	15	11	25	1.78
201230--201327	29	3.4	28	74	12	81	37	4	2	56	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201228--201374	59	2.5	60	81	7	174	35	3	4	57	1.35
201668--201705	19	2.1	17	90	9	58	73	0	0	26	0.83
202290--202353	26	2.4	28	79	15	80	29	0	0	70	0.88
202286--202353	21	3.2	22	82	12	72	29	0	0	70	0.87
202417--202454	17	2.4	17	86	8	53	47	5	0	47	1.24
202889--203074	13	15.7	12	68	21	51	58	1	2	38	1.20
202960--203023	12	4.9	13	71	19	53	60	0	0	39	0.97
202971--203074	20	5.3	19	72	19	88	59	0	0	40	0.97
202975--203074	27	3.5	28	75	18	82	59	0	0	41	0.98
202984--203054	35	2.0	36	86	13	103	56	0	0	43	0.99
202973--203070	14	7.4	14	72	16	66	58	0	0	41	0.98
203702--203845	72	2.0	72	94	0	252	27	9	16	46	1.78
205818--205886	21	3.4	20	73	13	52	20	5	1	72	1.13
205815--205886	20	3.6	18	72	17	54	19	5	1	73	1.10
205907--205956	18	2.6	18	78	12	55	18	10	4	68	1.34
214388--214432	15	3.0	15	76	0	54	42	42	0	15	1.47
220033--220070	17	2.3	16	95	4	67	86	5	5	2	0.76
220033--220079	17	2.8	16	90	6	58	85	6	4	4	0.84
223538--223662	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
223538--223682	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
223671--223695	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
223735--223791	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223715--223811	32	3.0	32	95	3	169	36	16	12	35	1.86
224973--225576	28	21.5	28	80	7	598	28	29	17	24	1.97
225388--225438	24	2.1	24	88	0	75	25	27	19	27	1.99
231167--231259	27	3.4	26	75	8	78	12	11	10	64	1.50
236756--236845	4	22.2	4	75	13	69	75	4	4	15	1.12
236758--236963	52	4.0	51	75	15	126	74	7	3	15	1.17
236758--236964	20	10.2	19	70	18	89	73	7	3	15	1.18
236795--236947	50	3.0	49	80	9	150	73	8	3	14	1.22
236759--236895	62	2.2	62	86	8	192	74	7	3	14	1.17
236777--236918	13	11.5	12	71	21	73	74	7	2	14	1.15
236756--236964	8	25.2	8	66	15	59	73	7	3	15	1.18
240281--240451	86	2.0	86	91	0	279	42	7	33	16	1.76
242695--242762	34	2.0	34	100	0	136	44	11	11	32	1.77
242773--242798	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
243843--243871	15	1.9	15	100	0	58	34	0	10	55	1.34
247979--248016	11	3.5	11	85	3	51	36	0	0	63	0.95
248521--248560	16	2.4	16	87	4	53	40	0	2	57	1.12
250383--250459	35	2.2	37	79	11	90	58	0	0	41	0.98
251458--251506	13	3.8	13	81	2	55	42	0	0	57	0.99
251482--251524	15	3.1	15	77	16	56	51	2	0	46	1.13
252053--252107	24	2.4	21	75	16	56	50	0	0	49	1.00
252047--252103	29	2.0	29	82	6	71	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252774--252824	21	2.4	21	76	3	57	58	0	0	41	0.98
253325--253358	18	1.9	18	88	5	52	64	26	0	8	1.22
260315--260368	27	2.0	27	92	0	90	27	24	18	29	1.98
261338--261374	18	2.1	18	100	0	74	35	27	16	21	1.94
262225--262260	18	2.0	18	100	0	72	11	5	38	44	1.63
264796--264844	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
265033--265058	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
267571--267606	10	3.6	10	92	7	56	44	0	0	55	0.99
269021--269073	16	3.2	16	71	12	54	30	1	0	67	1.01
271017--271088	36	2.0	36	100	0	144	33	13	16	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6