genome.fa.s397.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold397
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  433447

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133--162	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
954--1029	36	2.1	37	85	9	102	30	6	0	63	1.20
960--1019	24	2.6	23	80	12	61	31	6	0	61	1.22
1627--1667	21	2.0	20	85	4	55	53	0	0	46	1.00
1627--1664	20	1.9	20	84	10	51	55	0	0	44	0.99
1833--1872	16	2.6	16	88	4	55	62	5	0	32	1.17
1828--1872	16	2.9	15	83	3	54	62	6	0	31	1.21
8141--8195	22	2.6	22	80	11	62	58	0	0	41	0.98
9467--9522	15	3.9	15	75	17	55	39	1	3	55	1.28
9466--9516	16	3.6	14	75	20	52	37	1	1	58	1.20
9466--9522	14	3.9	15	71	17	57	38	1	3	56	1.27
9664--9694	15	2.1	15	93	0	53	67	0	0	32	0.91
10164--10214	22	2.2	22	86	6	66	37	1	0	60	1.08
9876--10228	194	1.8	194	85	5	496	40	1	5	52	1.34
9851--10269	194	2.2	193	79	8	462	42	1	4	51	1.31
10250--10293	22	2.1	21	84	16	56	70	0	0	29	0.88
10740--10801	19	3.3	18	72	12	54	37	0	4	58	1.20
14203--14317	48	2.4	48	94	0	194	34	17	26	20	1.95
14460--14981	28	18.2	28	75	11	346	24	16	30	28	1.97
14460--14787	87	3.7	87	79	11	348	22	17	30	29	1.97
14474--14829	116	3.1	116	79	10	372	21	16	30	30	1.96
14485--15091	56	10.7	54	77	12	300	26	16	30	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14572--15195	28	22.1	28	76	6	377	27	15	30	26	1.96
14887--15188	55	5.5	54	81	4	327	30	13	31	25	1.93
15759--15800	20	2.1	20	90	0	66	21	23	19	35	1.96
20461--20503	22	2.0	21	86	4	59	69	2	6	20	1.23
27313--27574	137	1.9	140	88	3	406	31	17	8	41	1.80
27337--27574	69	3.5	68	91	2	377	30	18	7	42	1.79
27499--27947	92	5.0	92	84	6	578	34	16	8	40	1.79
27499--27947	178	2.5	179	86	5	613	34	16	8	40	1.79
27891--28004	57	2.0	57	91	0	183	32	16	10	40	1.83
29160--29386	118	2.1	103	77	20	253	45	1	1	51	1.20
30507--30562	16	3.5	15	71	20	51	62	10	1	25	1.37
30507--30580	32	2.3	32	83	4	87	58	10	2	28	1.46
32306--32336	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
32777--32815	16	2.4	16	82	0	51	76	5	0	17	0.96
35456--35498	12	3.8	11	79	14	52	72	2	0	25	0.97
36713--36788	35	2.1	37	82	4	93	44	0	1	53	1.08
36907--36943	2	18.5	2	88	0	56	45	0	0	54	1.00
37462--37539	15	5.1	15	69	17	61	42	2	10	44	1.52
37467--37532	16	4.1	16	72	14	55	39	3	10	46	1.54
37463--37539	31	2.5	31	93	0	127	42	2	10	44	1.52
39404--39463	28	2.1	28	87	0	84	43	0	1	55	1.10
39717--39763	16	2.8	16	87	6	58	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40061--40094	14	2.3	15	85	10	52	55	23	8	11	1.63
40265--40307	21	2.0	21	82	13	52	18	4	13	62	1.48
40465--40510	23	2.0	23	87	4	67	21	8	6	63	1.46
40349--40525	58	3.1	57	76	4	174	19	10	10	59	1.58
41453--41511	28	2.1	27	84	3	73	50	0	5	44	1.24
42533--42588	20	2.8	20	86	2	69	26	19	10	42	1.84
42606--42677	20	3.6	20	84	0	90	31	9	12	45	1.74
42551--42724	91	1.9	91	85	0	240	30	15	12	41	1.83
43153--43181	14	2.0	15	93	6	51	72	20	0	6	1.07
44873--45095	97	2.3	97	90	2	342	28	28	13	30	1.94
46045--46096	23	2.3	22	87	12	79	63	3	7	25	1.38
46141--46170	13	2.3	13	94	0	51	73	0	3	23	0.98
46289--46330	15	2.9	15	80	20	54	4	23	0	71	1.05
46286--46356	7	9.6	7	71	17	54	2	21	0	76	0.92
46286--46356	30	2.4	30	81	11	92	2	21	0	76	0.92
46288--46379	15	6.3	15	68	18	52	2	27	0	70	0.98
46318--46379	27	2.2	30	82	8	76	0	30	0	69	0.89
47813--47849	14	2.8	13	88	8	56	72	0	0	27	0.84
47812--47849	19	2.0	19	85	10	51	71	0	0	28	0.87
47926--47962	18	2.1	17	90	5	56	67	0	0	32	0.91
48272--48306	18	1.9	18	94	0	61	71	0	2	25	1.00
48740--48794	17	3.4	16	80	9	58	47	1	0	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48740--48780	17	2.5	17	84	7	59	43	2	0	53	1.13
49033--49081	19	2.6	17	79	17	53	61	0	4	34	1.15
49127--49168	7	5.9	7	81	13	50	0	11	2	85	0.68
49127--49168	15	2.8	15	88	0	66	0	11	2	85	0.68
49127--49183	9	6.0	9	78	10	60	1	12	1	84	0.79
49128--49170	22	2.0	22	90	9	70	0	11	2	86	0.67
49298--49437	13	11.5	11	69	22	59	62	2	1	34	1.16
49322--49459	16	8.4	16	67	17	61	62	2	0	34	1.13
49393--49478	32	2.6	32	78	14	95	63	1	0	34	1.02
49388--49459	36	2.1	32	85	10	90	65	0	0	34	0.93
49736--49777	21	2.0	21	90	9	68	42	0	2	54	1.13
49740--49790	13	3.9	13	78	14	52	43	0	3	52	1.19
49825--49909	20	4.7	18	73	21	63	43	0	2	54	1.13
49922--49975	27	2.0	27	96	0	99	38	0	0	61	0.96
49914--49974	27	2.5	22	73	26	61	36	0	0	63	0.94
51040--51085	13	3.5	13	79	5	56	32	0	4	63	1.14
51041--51087	14	3.4	14	85	8	62	31	0	4	63	1.13
51288--51343	15	3.8	15	79	11	62	53	0	0	46	1.00
51404--51437	16	2.1	16	88	0	50	67	2	0	29	1.05
57741--57798	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
73617--73650	16	2.1	16	100	0	68	32	5	23	38	1.79
75118--75156	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76659--76804	11	13.7	11	68	18	69	60	0	1	38	1.06
76678--76765	41	2.2	39	80	13	99	55	0	2	42	1.12
76736--76795	18	3.4	18	77	13	61	63	0	0	36	0.95
77370--77410	22	2.0	20	90	9	64	39	0	0	60	0.96
78195--78234	15	2.7	15	85	11	55	0	17	2	80	0.83
78372--78428	5	11.8	5	78	14	50	0	15	1	82	0.75
78371--78428	6	9.7	6	74	7	55	0	15	1	82	0.74
78371--78428	25	2.4	23	86	8	80	0	15	1	82	0.74
78994--79028	16	2.2	16	90	10	54	42	0	2	54	1.15
79015--79072	22	2.7	23	75	24	63	55	0	3	41	1.17
79040--79104	33	2.0	33	87	0	94	55	3	4	36	1.36
79042--79107	17	3.9	17	76	4	71	56	3	4	36	1.35
79125--79178	22	2.4	24	84	9	78	42	1	7	48	1.42
80142--80168	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
80483--80532	26	1.9	26	84	8	66	50	0	2	48	1.12
80563--80610	16	2.9	16	75	3	51	50	8	6	35	1.58
80950--80982	15	2.2	15	89	10	50	54	0	0	45	0.99
81522--81595	27	2.7	28	83	10	91	59	0	1	39	1.06
82047--82078	16	1.9	17	93	6	57	87	3	9	0	0.64
84775--84831	21	2.8	21	84	12	75	56	0	0	43	0.99
85603--85681	15	5.3	14	69	11	50	58	0	2	39	1.12
86785--86857	31	2.4	31	88	2	112	58	1	0	39	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86785--86863	16	5.2	15	75	13	72	59	1	0	39	1.06
87506--87547	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
89258--89313	17	3.4	17	73	14	53	53	7	0	39	1.28
89299--89335	18	2.0	19	85	15	51	32	2	0	64	1.07
89687--89726	11	3.6	11	80	12	55	70	0	0	30	0.88
89677--89772	25	4.1	23	73	17	81	60	1	0	38	1.04
89696--89772	41	1.9	38	84	7	100	59	1	0	38	1.06
90500--90545	23	1.9	25	86	8	69	34	0	8	56	1.30
90966--91006	21	2.0	21	85	0	55	36	12	0	51	1.40
92341--92381	18	2.3	18	86	0	55	19	4	53	21	1.63

Tables:   1   2   3   4