genome.fa.s397.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold397
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  433447

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 373 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96529--96568	20	2.0	21	85	5	55	50	0	7	42	1.30
97347--97405	22	2.7	22	72	15	59	45	0	5	49	1.24
98117--98158	18	2.4	17	84	15	50	45	0	2	52	1.13
105791--105834	21	2.1	21	83	8	54	43	15	18	22	1.88
113515--113573	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
113853--113878	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
113833--113896	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
113948--114003	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
116430--116467	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
120382--120426	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
122630--122691	32	1.9	33	90	3	99	30	14	12	41	1.83
122743--122798	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
123886--123925	19	2.0	20	90	4	64	37	2	2	57	1.26
124915--124950	15	2.5	14	91	8	63	41	0	0	58	0.98
125888--125928	19	2.2	20	91	8	68	53	0	0	46	1.00
131697--131749	23	2.3	22	78	15	54	43	18	11	26	1.84
132919--133093	30	5.8	30	90	0	269	31	24	16	28	1.96
134301--134547	122	2.0	122	96	0	458	27	15	22	33	1.95
136705--136826	30	4.1	30	85	0	163	31	23	14	29	1.95
136705--136826	60	2.0	60	88	0	181	31	23	14	29	1.95
153481--153514	7	4.9	7	100	0	68	70	0	0	29	0.87
153481--153531	21	2.4	21	87	6	68	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154098--154126	14	2.0	15	93	6	51	82	0	10	6	0.83
154714--154865	82	1.9	82	83	2	198	32	14	12	40	1.83
154980--155206	85	2.7	84	77	11	232	29	16	11	42	1.82
155187--155296	28	3.9	28	78	0	112	32	14	6	46	1.70
166129--166155	13	2.1	13	100	0	54	18	29	14	37	1.91
166873--166900	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
169903--169977	37	2.0	37	84	0	96	40	21	13	25	1.89
171329--171422	47	2.0	47	87	0	134	30	13	15	39	1.87
172397--172446	17	3.0	17	80	11	59	52	12	0	36	1.39
172747--172834	44	2.0	44	97	0	167	28	9	12	50	1.71
175033--175212	31	5.5	31	69	19	116	43	2	1	52	1.23
175082--175213	64	2.1	60	80	8	149	44	2	1	51	1.23
175667--175699	16	2.1	16	88	5	50	72	0	0	27	0.85
175770--175803	17	2.0	17	100	0	68	11	0	11	76	1.02
177351--177398	26	1.9	24	87	8	69	33	2	0	64	1.05
178305--178364	28	2.1	28	81	3	66	31	6	0	61	1.22
179095--179149	21	2.8	20	74	17	60	50	0	0	49	1.00
179123--179155	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
179122--179180	16	3.6	16	72	17	50	57	0	0	42	0.98
179555--179601	21	2.2	20	82	17	60	19	4	0	76	0.95
179555--179606	7	7.3	7	85	10	52	19	5	0	75	1.01
181250--181293	21	2.0	22	82	4	54	45	2	2	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181916--181997	33	2.5	31	77	11	85	65	2	1	30	1.13
181930--181996	28	2.4	28	73	11	57	64	2	1	31	1.18
183551--183587	18	2.1	18	89	0	56	27	0	0	72	0.84
183551--183588	17	2.2	18	85	4	51	28	0	0	71	0.87
183876--183907	8	3.8	9	88	12	50	59	0	0	40	0.97
183909--183950	14	2.9	15	79	10	52	50	4	0	45	1.23
184379--184685	50	6.1	50	94	1	519	28	21	19	30	1.97
189070--189326	50	5.1	50	92	1	419	29	22	19	29	1.98
189843--189900	19	3.1	18	72	18	55	46	0	3	50	1.18
189842--189904	20	3.3	19	72	16	58	47	0	3	49	1.17
189894--189965	25	2.9	25	71	17	69	48	0	0	51	1.00
196442--196468	10	2.7	10	100	0	54	55	14	0	29	1.40
198343--198399	20	2.8	20	91	0	96	42	8	17	31	1.80
198961--199498	28	18.7	28	78	7	497	23	15	30	30	1.95
198961--199498	57	9.3	56	78	7	497	23	15	30	30	1.95
198965--199482	85	6.0	83	78	10	470	23	15	30	30	1.95
198978--199449	150	3.3	141	81	7	529	23	15	30	30	1.95
199089--199271	93	2.0	93	83	6	237	22	14	30	32	1.93
200740--200764	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
206084--206539	233	2.0	233	94	0	806	23	19	23	33	1.97
221113--221158	23	2.0	23	86	0	65	10	13	6	69	1.35
231177--231293	52	2.2	53	87	4	166	29	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233906--233980	7	10.0	7	84	12	96	85	13	0	1	0.67
233905--233972	8	8.8	8	87	9	97	86	13	0	0	0.56
233906--233979	15	4.9	15	88	9	114	86	12	0	1	0.63
233905--233979	1	75.0	1	75	0	60	86	12	0	1	0.63
235220--235896	28	23.5	28	78	9	530	31	28	16	23	1.96
235230--235452	61	3.7	62	80	8	237	33	27	16	22	1.95
235230--235446	32	7.1	32	80	8	211	33	27	15	23	1.95
235230--235896	57	11.6	60	79	8	391	31	28	16	22	1.96
235454--235896	142	3.1	142	84	5	568	29	29	17	23	1.97
235454--235896	85	5.1	85	84	4	541	29	29	17	23	1.97
236010--236133	49	2.5	49	98	0	239	20	24	17	37	1.93
236883--236930	17	2.8	17	100	0	96	35	16	12	35	1.87
238729--238907	35	5.4	34	81	14	230	43	6	32	18	1.75
238776--238865	27	3.0	27	74	22	99	46	6	30	16	1.73
238741--238865	62	2.0	62	93	6	218	44	6	31	17	1.74
238729--238903	97	1.8	97	90	2	282	43	6	32	18	1.75
240131--240228	51	1.9	52	89	2	153	30	25	11	32	1.91
240127--240252	51	2.4	52	77	9	141	33	25	10	30	1.89
240266--240337	28	2.6	28	100	0	144	27	38	19	13	1.90
240322--240535	51	4.1	50	80	9	191	30	22	13	33	1.93
240360--240516	53	3.0	50	84	8	188	31	22	12	33	1.91
240556--240760	79	2.6	79	83	1	241	24	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241988--242133	35	4.4	33	76	20	103	50	6	28	15	1.68
242038--242165	27	4.4	27	80	18	143	43	6	32	17	1.74
242011--242173	63	2.6	62	88	8	260	44	6	32	17	1.73
242073--242140	36	1.9	36	96	3	129	42	5	33	17	1.74
242109--242165	26	2.1	27	93	3	98	43	7	33	15	1.74
243384--243733	79	4.4	79	90	0	547	26	25	14	33	1.95
243665--243812	53	2.8	51	80	8	165	27	21	12	38	1.89
249862--251095	61	20.3	61	91	3	1908	25	28	19	26	1.99
249862--251095	121	10.2	121	91	3	1914	25	28	19	26	1.99
251231--251326	45	2.3	42	84	12	117	20	28	12	38	1.89
251267--251374	42	2.6	42	82	2	121	21	22	13	42	1.88
251301--251405	42	2.5	42	81	6	115	16	22	12	48	1.79
252163--252281	27	4.1	27	79	16	132	44	6	31	16	1.74
252157--252289	62	2.2	61	93	1	230	43	6	33	17	1.73
252225--252281	26	2.1	27	90	3	89	45	7	31	15	1.73
253502--253849	79	4.4	79	90	0	561	27	25	14	32	1.95
253781--253928	53	2.8	50	77	10	154	26	22	13	37	1.91
259216--259244	14	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
259577--259642	28	2.3	28	82	7	71	46	0	1	51	1.10
259695--259749	24	2.2	25	84	9	69	41	1	1	54	1.21
259808--259846	18	2.1	19	90	4	62	46	0	0	53	1.00
260906--260932	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261112--261152	22	1.9	21	90	5	64	41	0	2	56	1.13
262654--262683	12	2.5	12	94	0	51	36	6	0	56	1.26
262859--262901	3	14.3	3	90	0	68	0	62	2	34	1.08
263904--263943	10	4.0	10	84	9	55	77	0	0	22	0.77
263898--263950	22	2.5	22	84	9	65	71	0	0	28	0.86
264068--264206	32	4.5	32	73	14	112	0	25	1	73	0.92
264067--264147	36	2.3	34	83	10	101	0	20	1	77	0.83
264099--264169	21	3.3	21	73	11	72	0	25	2	71	0.99
264074--264194	43	2.7	43	83	8	147	0	24	1	73	0.92
264067--264205	18	7.6	19	70	22	86	0	25	1	73	0.92

Tables:   1   2   3   4