genome.fa.s401.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold401
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1910012

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829--885	16	3.5	16	76	4	60	35	0	1	63	1.05
826--885	17	3.6	17	74	14	63	35	0	1	63	1.05
828--893	33	2.1	32	82	5	80	33	0	1	65	1.02
1079--1118	19	2.0	21	85	9	57	35	0	0	65	0.93
1520--1633	27	4.2	27	72	15	83	68	2	1	27	1.13
1520--1590	9	7.7	9	71	12	54	69	2	1	26	1.11
1551--1715	9	20.5	8	69	25	59	66	1	1	29	1.12
1534--1680	36	4.2	35	72	22	112	65	2	0	31	1.08
1558--1608	19	2.7	19	84	9	68	76	0	1	21	0.88
1539--1678	54	2.8	47	74	20	131	66	2	0	30	1.08
1534--1680	9	16.8	9	70	22	84	65	2	0	31	1.08
1614--1657	22	2.0	22	86	8	63	65	0	0	34	0.93
1605--1715	49	2.3	47	80	16	120	63	1	1	32	1.15
1760--1817	30	2.0	29	83	10	73	31	0	5	63	1.16
1852--1954	8	12.8	8	74	11	70	29	0	1	68	1.00
1851--1909	18	3.2	18	78	2	64	28	0	3	67	1.06
1851--1963	9	13.6	9	72	15	50	28	0	2	69	1.02
1890--1952	15	4.3	15	82	10	76	30	0	0	69	0.88
2594--2675	28	3.0	28	70	19	73	48	0	1	50	1.08
3829--3871	20	2.2	20	91	0	68	60	4	2	32	1.30
4132--4180	25	2.0	25	88	8	73	38	4	0	57	1.18
4133--4186	25	2.2	25	83	6	65	44	3	0	51	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5525--5557	7	4.9	7	92	3	50	51	0	0	48	1.00
6559--6633	23	3.2	23	73	21	66	49	0	1	49	1.09
6598--6633	15	2.5	14	86	8	54	52	0	0	47	1.00
7129--7158	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7507--7554	23	2.1	21	85	11	60	56	0	0	43	0.99
7797--7832	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8047--8099	27	1.9	29	85	11	76	41	1	7	49	1.42
8584--8618	13	2.7	13	90	0	52	48	2	0	48	1.16
8585--8623	13	3.0	13	88	0	51	43	2	0	53	1.14
8584--8635	17	3.6	14	76	16	52	46	1	0	51	1.12
8855--8943	24	4.0	23	71	21	66	38	2	2	57	1.24
10659--10724	28	2.2	31	84	7	84	50	4	4	40	1.43
12020--12057	2	20.0	2	89	10	62	47	0	0	52	1.00
14256--14297	11	4.0	11	81	12	52	47	0	0	52	1.00
14256--14296	21	2.0	21	90	4	66	46	0	0	53	1.00
14838--14863	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15567--15600	3	11.7	3	87	6	52	73	0	0	26	0.83
16063--16448	190	2.0	190	86	3	544	43	7	6	42	1.58
16521--16553	15	2.4	14	90	10	50	45	3	0	51	1.16
17868--17919	22	2.4	22	96	0	95	28	7	9	53	1.61
18077--18353	72	3.8	72	87	0	383	16	18	9	54	1.69
20475--20511	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20890--20958	21	3.3	21	71	15	70	40	2	4	52	1.36
20880--20963	42	2.0	42	97	0	159	39	2	3	54	1.31
22435--22508	38	1.9	38	84	10	98	43	0	0	56	0.99
27001--27064	25	2.6	25	94	0	110	28	15	3	53	1.57
30652--30688	7	5.3	7	86	0	56	67	0	0	32	0.91
31058--31089	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
31775--31807	16	2.0	17	88	5	50	30	0	6	63	1.18
32711--32738	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
33221--33271	2	26.5	2	78	7	52	45	3	50	0	1.20
37940--38031	42	2.2	42	80	9	107	52	0	0	47	1.00
40257--40294	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
40805--40842	19	2.1	19	85	5	51	36	0	5	57	1.21
41105--41141	2	19.0	2	88	5	58	45	0	0	54	1.00
41746--41773	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
42847--42895	25	2.0	25	95	0	89	44	4	8	42	1.53
42849--42892	16	2.6	18	82	10	56	43	4	9	43	1.56
42851--42892	9	4.9	9	80	11	52	45	4	9	40	1.58
42984--43028	21	2.1	21	84	8	56	64	4	4	26	1.32
43120--43157	20	1.9	20	89	10	60	63	5	2	28	1.30
43795--43846	12	4.2	12	79	13	61	57	0	0	42	0.98
43795--43846	23	2.1	26	86	10	74	57	0	0	42	0.98
43795--43854	25	2.4	25	83	8	68	58	1	0	40	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43916--43986	14	4.9	14	75	13	54	60	1	0	38	1.06
43905--43975	15	4.8	14	76	15	63	61	1	0	36	1.05
43919--43989	8	9.4	8	75	17	62	60	1	0	38	1.06
43912--43981	22	3.3	21	71	15	63	61	1	0	37	1.05
43779--44004	120	1.9	117	81	11	264	55	1	0	42	1.10
49148--49189	22	1.9	22	85	0	57	47	0	16	35	1.47
55119--55168	24	2.1	23	82	10	57	48	0	6	46	1.27
57644--57676	15	2.2	15	89	10	50	51	0	0	48	1.00
58666--58790	16	8.1	16	70	16	77	56	3	0	39	1.21
58710--58790	17	5.2	16	70	19	64	58	2	0	39	1.12
63984--64013	11	2.6	12	89	10	53	30	0	0	70	0.88
67703--67735	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
67841--67883	19	2.1	21	91	8	72	48	0	0	51	1.00
68374--68405	16	1.9	17	93	6	57	59	0	0	40	0.97
69779--69803	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
70386--70444	23	2.5	24	74	15	61	35	0	3	61	1.13
79064--79102	20	2.0	20	89	0	60	25	0	0	74	0.82
79065--79108	20	2.2	20	83	0	52	27	2	0	70	0.99
79518--79589	20	3.3	21	75	20	67	31	0	0	68	0.90
81805--81865	19	3.4	19	69	17	67	32	3	0	63	1.10
81807--81879	34	2.1	36	94	5	132	35	2	0	61	1.10
81809--81864	18	3.2	18	70	10	62	32	3	0	64	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81819--81872	18	3.2	17	71	7	56	42	1	0	55	1.10
81814--81870	15	3.5	15	69	17	51	36	1	0	61	1.07
81817--81893	35	2.2	34	81	6	84	40	3	1	54	1.27
82595--82651	27	2.1	27	93	0	96	33	3	19	43	1.68
82736--82798	27	2.3	27	91	2	99	47	42	3	6	1.44
85259--85301	14	3.1	14	89	0	59	41	0	0	58	0.98
85369--85407	20	2.1	19	90	9	62	28	0	0	71	0.86
85770--85981	11	20.9	11	69	20	90	42	0	0	57	1.02
85897--85944	19	2.6	17	84	15	60	37	0	0	62	0.95
85889--85993	24	4.3	25	75	6	90	41	0	0	58	0.98
85940--86001	19	3.3	19	81	18	76	46	0	0	53	1.00
86085--86165	34	2.4	33	76	10	83	44	0	0	55	0.99
86711--86782	28	2.6	29	82	6	78	33	0	0	66	0.92
86714--86776	20	3.1	20	81	4	90	34	0	0	65	0.93
86710--86794	29	3.0	29	70	13	68	31	0	0	68	0.90
86738--86805	35	1.9	35	82	5	84	32	0	0	67	0.91
86706--86799	15	6.1	15	70	18	59	30	0	0	69	0.89
86840--86910	9	7.4	9	74	12	52	28	1	2	67	1.13
86840--86911	29	2.5	29	80	12	87	27	2	2	66	1.19
88652--88699	13	3.4	14	85	8	53	60	4	0	35	1.16
90184--90241	15	3.7	15	74	19	55	55	0	0	44	0.99
90184--90267	17	5.1	17	74	16	70	55	1	1	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90163--90235	32	2.2	32	83	7	94	54	5	0	39	1.23
90185--90253	32	2.2	32	84	5	86	57	1	0	40	1.07
90832--91001	83	2.1	82	93	2	288	32	35	12	19	1.89
90843--91001	81	2.0	81	94	2	266	32	35	11	19	1.88
94756--95054	156	1.9	157	86	2	422	40	23	5	30	1.77
96925--96964	20	2.0	20	100	0	80	50	20	20	10	1.76
103452--103540	45	2.0	45	97	0	169	35	11	14	38	1.82
109283--109314	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
113397--113436	21	2.0	20	90	5	62	40	2	7	50	1.44
119853--119894	16	2.6	17	78	21	54	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13