genome.fa.s401.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold401
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1910012

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781873--781902	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
782887--782918	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
789192--789237	23	2.0	24	83	12	60	54	0	2	43	1.12
790248--790307	6	10.7	6	76	16	58	51	1	0	46	1.10
790248--790300	16	3.6	15	82	9	65	52	1	0	45	1.11
790248--790306	22	2.7	21	82	12	66	52	1	0	45	1.10
790268--790320	21	2.5	22	82	11	65	49	5	0	45	1.26
790501--790567	12	5.3	13	72	21	54	43	0	0	56	0.99
790501--790565	13	5.1	12	77	17	60	41	0	0	58	0.98
790501--790572	25	2.8	25	74	15	67	43	0	0	56	0.99
800658--800702	20	2.2	21	84	4	56	37	0	2	60	1.09
800681--800733	28	1.9	28	81	11	65	50	0	0	49	1.00
800963--801031	28	2.5	28	78	2	77	50	1	1	46	1.19
800999--801039	21	2.0	21	95	4	75	56	0	0	43	0.99
800994--801052	19	3.1	17	77	17	55	54	0	1	44	1.10
801977--802032	25	2.2	25	78	6	69	51	0	0	48	1.00
804782--804853	31	2.3	31	81	15	87	54	1	2	41	1.23
804937--804987	19	2.6	20	85	11	70	35	3	0	60	1.15
805380--805404	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
805382--805422	20	2.0	20	85	0	55	39	0	0	60	0.96
805411--805476	24	2.9	22	72	14	62	54	0	0	45	0.99
805958--806016	25	2.3	27	82	8	77	55	1	0	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809346--809391	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
814038--814091	25	2.1	26	82	3	65	50	0	3	46	1.19
814070--814118	25	2.1	24	82	17	59	61	2	0	36	1.08
816876--816910	15	2.5	13	90	9	52	54	0	2	42	1.15
816876--816910	7	5.0	7	86	13	54	54	0	2	42	1.15
819342--819375	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
819336--819374	19	2.1	18	85	4	51	46	0	0	53	1.00
819618--819642	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
820628--820709	32	2.5	34	86	7	107	32	0	2	64	1.07
820630--820714	34	2.7	31	75	18	84	31	0	2	65	1.05
821197--821253	15	3.8	15	79	6	62	33	0	1	64	1.04
824738--824770	2	17.0	2	87	6	50	51	0	3	45	1.16
825009--825079	26	2.8	26	76	4	74	43	2	0	53	1.15
825573--825610	19	2.0	19	90	10	60	60	0	0	39	0.97
826389--826414	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
828103--828154	3	17.0	3	96	4	95	65	0	1	32	1.04
833156--833418	130	2.0	130	98	0	510	38	9	10	41	1.72
836905--836954	13	3.6	13	80	20	57	40	0	0	60	0.97
838729--838765	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
841610--841693	21	3.7	22	69	13	55	58	1	0	40	1.06
843101--843131	16	1.9	16	93	0	53	22	19	19	38	1.93
843100--843138	16	2.4	16	82	0	51	25	15	15	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843206--843256	27	1.9	25	84	11	66	43	0	1	54	1.11
843671--843725	24	2.3	24	96	0	101	45	0	0	54	0.99
843965--844020	26	2.2	26	83	6	69	60	0	1	37	1.07
843976--844026	15	3.1	16	77	11	50	56	0	0	43	0.99
844078--844158	30	2.7	30	77	12	94	56	2	0	40	1.12
844157--844193	17	2.2	18	85	9	51	62	5	0	32	1.18
846681--846762	27	2.9	28	68	8	69	58	0	0	41	0.98
846994--847024	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
847542--847579	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
847542--847579	16	2.4	16	100	0	76	44	0	5	50	1.24
848046--848080	14	2.4	14	90	4	52	62	0	0	37	0.95
848852--848904	21	2.5	21	84	0	70	30	0	0	69	0.88
849416--849464	2	24.5	2	87	0	71	51	6	0	42	1.27
851132--851178	17	2.6	17	83	12	51	38	6	0	55	1.26
851585--851647	9	6.7	10	77	18	55	68	1	0	30	0.99
851584--851648	18	3.6	18	85	0	94	67	1	0	30	1.00
851571--851647	36	2.1	36	92	4	129	66	2	0	31	1.05
858167--858642	240	2.0	237	86	3	670	36	21	13	29	1.91
862001--862048	23	2.0	25	84	12	64	52	0	0	47	1.00
863140--863208	32	2.2	32	80	12	81	53	0	7	39	1.29
863467--863509	18	2.4	19	76	11	54	34	0	6	58	1.25
863540--863579	16	2.5	16	83	0	53	45	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863550--863609	21	2.8	22	82	7	61	53	3	0	43	1.17
864125--864160	11	3.2	11	88	4	54	41	2	0	55	1.14
865632--865661	14	2.1	14	100	0	60	30	0	20	50	1.49
867362--867399	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
867537--867566	14	2.1	15	93	6	53	26	0	3	70	1.03
870368--870413	17	2.7	17	80	12	51	56	0	4	39	1.19
877496--877534	19	2.1	19	100	0	78	10	15	20	53	1.70
878209--878239	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
882906--882930	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
886125--886181	27	2.1	28	81	12	66	36	1	1	59	1.18
888363--888400	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
895524--895550	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
895526--895599	14	5.5	14	68	20	52	67	4	0	28	1.09
895593--895828	8	29.2	8	63	22	59	59	5	0	33	1.26
895615--895658	22	2.0	21	83	12	54	59	4	4	31	1.38
895719--895828	53	2.1	53	81	10	127	62	4	0	32	1.15
895785--895828	17	2.6	17	85	3	63	59	4	0	36	1.18
895744--895825	28	3.1	25	76	13	83	63	6	0	30	1.19
895558--895854	64	4.7	63	70	14	234	60	5	1	32	1.25
895804--895864	17	3.5	17	77	6	61	67	0	1	31	1.01
896700--896748	16	2.7	19	75	18	59	44	4	0	51	1.20
896990--897021	12	2.7	12	95	0	55	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900579--900650	28	2.5	28	84	6	83	54	0	0	45	0.99
900820--900852	1	33.0	1	93	0	57	0	3	0	96	0.20
901490--901531	10	4.2	10	82	11	50	28	0	2	69	1.01
901487--901524	18	2.1	18	85	9	51	34	0	2	63	1.09
902489--902538	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
903874--903905	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
904366--904391	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
905089--905117	14	2.1	14	93	6	51	17	0	0	82	0.66
913286--913328	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
913969--914002	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
914148--914185	17	2.2	18	85	4	51	47	0	0	52	1.00
915062--915103	22	2.0	22	85	4	59	52	0	0	47	1.00
915318--915500	88	2.1	87	79	6	201	39	14	4	41	1.67
915495--915519	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
916217--916249	11	2.8	12	86	9	50	24	0	3	72	0.98
916371--916425	2	27.5	2	88	0	83	50	1	0	47	1.11
916659--916712	23	2.3	23	78	9	56	44	1	11	42	1.50
917071--917111	21	2.0	20	85	4	55	39	0	0	60	0.96
918304--918343	19	2.1	19	90	0	62	27	0	2	70	1.01
919349--919381	17	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
919357--919432	30	2.6	30	87	6	111	53	0	0	46	1.00
919359--919444	30	2.9	29	79	6	93	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919649--919700	22	2.5	22	81	12	56	57	0	0	42	0.98
919671--919711	16	2.4	18	80	11	52	53	0	0	46	1.00
919835--919864	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
925404--925468	23	2.8	24	78	15	75	63	0	0	36	0.95
927141--927191	17	2.7	20	74	22	56	39	0	0	60	0.97
927141--927194	19	2.9	19	78	18	60	40	0	0	59	0.98
927185--927256	22	3.2	22	74	18	76	50	0	0	50	1.00
927163--927266	46	2.2	46	85	8	140	46	0	0	52	1.07
927187--927261	26	3.1	25	74	24	65	48	0	1	50	1.09
927773--927818	21	2.1	23	84	15	62	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13