genome.fa.s403.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold403
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  416698

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120568--121037	79	6.0	78	81	3	480	28	23	12	34	1.92
123041--123079	4	9.8	4	94	0	69	23	2	0	74	0.94
129777--129823	24	2.0	24	100	0	94	65	8	8	17	1.44
129777--129829	24	2.3	23	93	6	90	60	9	11	18	1.57
130740--130814	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
130737--130814	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
131367--131437	32	2.2	33	82	12	85	40	14	19	25	1.89
131444--132924	115	13.0	114	89	4	2173	21	17	32	28	1.96
131421--132923	29	52.6	29	89	4	2150	21	17	32	28	1.96
134153--134227	1	75.0	1	78	0	78	0	1	9	89	0.55
134155--134228	15	5.0	14	81	16	87	0	1	10	87	0.60
134142--134228	35	2.5	34	85	7	113	1	2	10	86	0.72
134142--134228	10	8.8	10	81	9	99	1	2	10	86	0.72
147288--147334	24	2.0	24	100	0	94	65	8	8	17	1.44
147288--147340	24	2.3	23	93	6	90	60	9	11	18	1.57
148250--148324	20	3.8	20	77	10	82	41	13	12	33	1.81
148247--148324	40	2.0	39	85	7	104	41	14	11	33	1.81
149020--149634	304	2.0	304	100	0	1230	32	21	17	28	1.96
154724--154764	11	3.8	11	83	3	57	82	14	2	0	0.76
154720--154781	24	2.6	24	80	9	65	82	12	3	1	0.87
154746--154791	20	2.3	20	85	7	58	86	2	8	2	0.72
154776--154804	11	2.7	11	94	5	51	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155799--156046	61	4.1	61	86	6	353	25	27	18	28	1.98
155809--156041	119	1.9	121	90	3	373	27	26	19	27	1.99
156022--156164	43	3.4	41	81	6	171	23	24	16	36	1.94
156022--156164	42	3.4	42	82	8	159	23	24	16	36	1.94
156147--156461	61	5.1	61	82	3	355	26	23	17	31	1.97
156434--156485	25	2.1	25	92	0	86	17	28	21	32	1.96
156373--156530	86	1.9	84	83	2	208	24	25	20	29	1.99
156543--156655	41	2.7	42	84	4	140	25	21	12	40	1.88
156560--156687	42	3.1	41	85	4	141	22	21	11	43	1.85
156738--156984	53	4.2	61	81	13	297	25	23	19	30	1.98
156765--156982	113	1.9	112	90	4	350	25	22	19	31	1.98
156971--157063	42	2.2	43	88	5	136	25	25	10	37	1.89
157670--157726	20	2.8	20	86	0	78	22	17	12	47	1.81
159867--160238	79	4.7	79	83	3	464	27	27	14	31	1.95
159849--160238	156	2.5	156	85	3	507	27	26	13	32	1.94
162140--162210	23	2.9	23	73	10	61	2	16	12	67	1.34
173885--173909	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
176976--177091	51	2.2	52	87	1	162	32	11	25	30	1.91
177021--177247	79	2.9	79	86	2	296	30	12	28	28	1.93
177223--177349	51	2.5	52	81	3	141	40	9	22	28	1.85
177223--177349	52	2.5	51	82	1	137	40	9	22	28	1.85
180802--180841	18	2.2	18	90	0	62	50	12	0	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180804--180838	10	3.5	10	88	0	52	51	8	0	40	1.33
180802--180859	22	2.6	22	86	0	89	48	13	0	37	1.43
180806--180856	26	2.0	26	92	0	84	49	13	0	37	1.43
181022--181065	20	2.2	20	100	0	88	34	6	20	38	1.79
181125--181166	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
181316--181366	2	26.5	2	79	15	54	47	1	3	47	1.32
182912--183176	141	1.9	140	84	3	354	41	9	11	37	1.73
182912--183222	141	2.2	141	81	4	333	43	9	11	35	1.73
183774--183906	2	71.0	2	69	22	76	49	3	3	43	1.35
183774--183917	19	7.4	20	71	20	78	50	4	2	43	1.36
183786--183893	14	8.0	13	74	14	94	51	2	2	42	1.30
183856--183901	23	2.1	21	88	8	65	54	2	2	41	1.25
183786--183913	9	14.4	9	71	19	83	51	4	2	41	1.35
186489--186527	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
191940--192016	3	26.3	3	83	10	97	63	2	1	32	1.16
192147--192253	32	3.2	32	72	16	110	54	2	5	37	1.39
192159--192263	34	3.1	34	68	26	98	50	2	5	40	1.41
197152--197205	24	2.3	24	81	12	67	48	0	0	51	1.00
197753--197790	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
197920--197982	24	2.6	24	82	0	72	74	0	23	1	0.90
199038--199097	21	2.9	20	80	5	57	46	3	1	48	1.28
207783--207839	29	2.0	29	96	0	105	38	5	5	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210503--210566	12	5.1	12	73	15	58	46	0	0	53	1.00
210809--210846	19	2.0	20	89	5	60	50	2	0	47	1.15
210838--210882	18	2.5	17	82	10	63	35	11	4	48	1.59
210818--210893	18	4.3	18	72	8	57	38	7	2	51	1.45
217505--217707	80	2.6	79	82	2	219	30	16	28	24	1.97
217659--217735	28	2.8	28	84	4	84	23	19	33	23	1.97
217718--217889	52	3.3	51	84	4	202	31	12	25	29	1.93
217872--217947	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
217605--217955	107	3.3	106	71	11	311	30	14	27	26	1.95
228088--228143	19	2.9	19	91	2	94	30	19	14	35	1.91
228172--228224	20	2.7	20	85	5	72	35	9	20	33	1.85
229000--229101	34	3.0	35	82	7	129	30	25	9	34	1.88
229540--229596	21	2.8	21	91	2	89	38	17	8	35	1.81
229582--229606	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
229655--229719	33	2.0	33	90	0	103	36	12	13	36	1.83
229818--229859	22	2.0	22	90	4	68	38	9	9	42	1.70
232714--232759	13	3.6	13	72	16	51	63	4	0	32	1.14
235044--235179	34	4.0	34	87	2	184	28	27	8	34	1.87
235618--235671	21	2.7	20	85	5	72	37	16	9	37	1.81
236242--236422	58	3.2	57	76	8	172	44	12	12	29	1.80
236288--236378	29	3.1	27	73	17	67	45	10	13	30	1.78
236328--236399	29	2.5	28	75	18	67	48	11	9	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237161--237217	20	2.8	20	91	0	87	31	10	8	49	1.68
237131--237262	71	1.9	71	93	1	230	30	14	8	46	1.74
238166--238202	19	1.9	19	88	0	56	24	13	10	51	1.73
240381--240457	29	2.6	28	75	19	68	42	15	15	25	1.86
241305--241339	10	3.6	10	88	7	54	2	8	0	88	0.61
241306--241346	19	2.2	18	86	4	55	2	4	4	87	0.72
242990--243130	71	2.0	72	84	5	189	26	14	16	42	1.87
243010--243197	70	2.6	71	79	12	199	31	13	14	40	1.85
243031--243217	70	2.7	70	76	11	186	31	12	14	41	1.84
255794--255868	20	3.8	20	78	3	71	41	10	13	34	1.79
255791--255868	40	2.0	39	87	2	111	41	11	12	34	1.80
256445--257366	29	31.6	29	84	6	898	23	16	29	29	1.96
256445--257366	57	15.8	57	82	8	859	23	16	29	29	1.96
256909--256951	20	2.2	20	91	0	68	32	18	25	23	1.97
256880--256980	49	2.1	49	98	0	193	26	17	29	25	1.98
256823--257037	107	2.0	105	91	1	349	25	15	30	28	1.96
256851--257008	78	2.0	77	92	1	262	25	15	30	27	1.96
256929--257346	32	13.5	33	86	5	390	23	18	27	30	1.98
258600--258649	9	5.8	9	79	15	61	0	2	10	88	0.61
258578--258649	13	5.4	13	75	9	65	1	5	8	84	0.82
258600--258646	24	2.0	24	95	0	85	0	2	10	87	0.63
258610--258649	19	2.2	19	90	4	64	0	0	10	90	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258613--258649	10	3.7	10	89	10	58	0	0	10	89	0.49
271679--271753	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
271676--271753	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
272312--272412	28	3.6	28	89	5	141	19	18	33	27	1.96
272327--272412	28	3.1	28	91	3	147	19	16	34	29	1.94
284543--284617	20	3.8	20	74	0	78	42	10	12	34	1.77
289705--289743	19	2.1	18	86	13	53	46	5	2	46	1.38
289731--289782	23	2.3	23	87	9	72	40	5	1	51	1.37
290529--290560	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
291864--291888	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72

Tables:   1   2   3   4