genome.fa.s403.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold403
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  416698

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 395 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785--878	20	4.7	20	97	0	170	27	14	14	42	1.86
864--890	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
875--930	19	2.9	19	86	2	85	30	17	14	37	1.90
824--929	52	2.0	53	83	8	137	30	16	14	39	1.87
766--928	20	8.6	19	79	14	83	30	16	14	38	1.89
3248--3293	20	2.3	20	92	3	76	21	15	10	52	1.73
4614--4654	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
4930--4968	20	2.0	19	90	5	60	51	0	0	48	1.00
4899--5019	16	7.7	17	68	21	61	57	0	0	41	1.10
4898--4992	32	2.9	32	73	7	86	57	0	1	41	1.05
4880--4986	48	2.1	51	80	10	123	55	0	0	43	1.06
5197--5263	16	4.2	16	82	0	71	35	23	22	17	1.95
5204--5275	16	4.5	16	75	13	58	37	26	20	15	1.92
6169--6204	17	2.1	17	94	0	63	41	22	0	36	1.54
11287--11333	2	26.0	2	78	20	50	57	0	0	42	0.98
11287--11333	9	5.2	10	73	21	50	57	0	0	42	0.98
11287--11334	5	9.0	5	93	2	60	58	0	0	41	0.98
13517--13544	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
16964--16994	16	1.9	16	100	0	62	35	12	12	38	1.82
17013--17064	20	2.6	20	81	0	68	30	11	15	42	1.82
16964--17114	71	2.2	71	88	8	233	28	16	13	41	1.86
18355--18395	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17758--18513	382	2.0	382	93	0	1296	25	19	13	42	1.87
24823--24866	12	3.4	12	81	12	52	2	6	4	86	0.77
25024--25059	7	4.9	7	93	6	54	83	0	2	13	0.76
25467--25513	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
27518--27561	21	2.1	21	83	8	54	4	18	6	70	1.27
27909--27992	33	2.5	35	81	11	113	15	20	16	47	1.82
29476--29629	79	1.9	80	84	8	208	30	12	27	28	1.94
29585--29656	28	2.6	28	86	8	94	26	19	33	20	1.97
31572--31609	13	2.7	14	88	8	51	0	5	10	84	0.77
32140--32165	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32119--32185	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
32205--32272	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
32227--32251	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
32208--32270	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
32308--32384	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
32616--33585	42	23.0	42	69	10	252	36	18	27	17	1.93
32623--33585	84	11.4	84	79	5	803	36	18	27	17	1.93
32623--33585	169	5.7	168	80	4	962	36	18	27	17	1.93
42158--42195	15	2.5	15	100	0	76	39	5	21	34	1.76
47268--47310	20	2.1	21	86	4	61	0	13	30	55	1.39
47706--47789	33	2.6	32	84	5	105	19	21	13	46	1.83
48085--48141	20	2.8	20	94	0	96	26	19	7	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50462--50533	28	2.6	28	86	0	108	22	27	19	30	1.98
50488--50691	79	2.6	79	84	1	248	25	24	15	34	1.95
50647--50717	28	2.5	29	86	4	101	26	29	16	26	1.97
51645--51718	20	3.8	19	82	8	78	36	13	16	33	1.88
51667--51718	19	2.7	19	90	3	77	40	15	15	28	1.88
56472--56503	15	2.1	15	94	0	55	28	28	0	43	1.55
58209--58278	19	3.7	19	83	7	88	40	15	17	27	1.90
59838--59927	23	3.7	23	71	17	74	43	7	21	27	1.80
60153--60201	11	4.2	11	78	14	53	30	2	0	67	1.02
60148--60199	25	2.1	24	92	3	86	34	1	0	63	1.06
60152--60203	14	4.0	14	76	16	58	30	1	0	67	1.02
61747--61875	62	2.1	63	86	4	181	30	18	12	38	1.88
64158--64376	79	2.8	78	80	8	255	27	27	13	31	1.94
64232--64507	130	2.1	130	88	1	428	26	27	14	30	1.95
64158--64585	209	2.1	209	84	5	564	27	26	14	31	1.94
64362--64641	79	3.5	79	83	2	294	25	25	15	33	1.95
66770--66816	21	2.2	22	96	3	87	29	17	2	51	1.57
72768--72792	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
72836--72885	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
73499--73753	120	2.1	120	85	7	338	36	12	25	24	1.91
73778--73845	22	3.1	22	62	26	54	30	17	25	26	1.97
73703--74445	92	8.0	92	93	0	1207	32	17	24	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74452--74571	33	3.7	33	87	2	179	20	19	30	30	1.97
74563--74787	27	7.6	27	74	18	198	28	12	38	20	1.89
74572--75008	34	13.8	33	76	15	358	31	13	35	20	1.90
74563--74877	61	5.1	61	92	4	474	30	12	37	20	1.89
74572--74974	95	4.3	96	75	17	300	31	12	35	20	1.90
74572--75008	61	6.9	65	82	10	398	31	13	35	20	1.90
74856--74948	29	3.2	29	78	13	86	33	13	30	22	1.93
75959--76001	13	3.3	13	87	9	61	0	2	9	88	0.60
75958--76012	26	2.2	26	86	3	76	0	3	9	87	0.66
75961--76013	16	3.4	16	82	12	67	0	3	11	84	0.73
83136--83264	52	2.5	52	93	0	222	27	17	17	36	1.93
83273--83297	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
83341--83438	19	5.8	18	69	28	81	35	17	13	33	1.88
83336--83436	32	3.1	32	94	1	175	34	17	12	34	1.88
83360--83416	13	3.9	13	76	24	60	31	17	15	35	1.92
91154--91225	23	3.1	23	82	7	101	83	15	1	0	0.72
91152--91231	11	6.6	13	74	20	68	83	13	2	0	0.74
91153--91232	8	9.8	8	75	15	74	83	13	2	0	0.74
91152--91232	32	2.4	35	86	8	107	83	13	2	0	0.73
91152--91221	11	6.2	11	77	12	79	84	14	1	0	0.70
92332--93085	61	12.8	61	84	6	841	25	27	21	25	1.99
93724--93815	30	3.4	29	69	27	94	27	17	15	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93702--93885	50	3.7	50	91	0	271	28	16	13	41	1.86
93702--93885	99	1.9	100	87	1	271	28	16	13	41	1.86
96222--96400	78	2.3	79	83	4	211	26	29	16	27	1.97
96333--96451	51	2.3	51	86	2	159	28	28	13	29	1.94
96383--96687	79	3.9	79	81	6	296	27	25	14	33	1.94
96255--96527	130	2.1	129	89	2	413	27	28	13	30	1.95
99674--99712	14	2.7	15	84	8	53	41	2	0	56	1.13
99652--99731	37	2.2	35	84	13	99	41	1	1	56	1.15
99803--99850	14	3.1	14	77	16	51	83	4	10	2	0.87
100830--100862	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
101137--101182	2	23.0	2	95	0	83	47	0	0	52	1.00
107588--107614	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
108473--108523	8	6.4	8	82	14	61	39	0	0	60	0.97
108746--108774	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
108934--109006	24	3.2	24	70	18	66	8	23	0	68	1.16
108926--109002	29	2.7	27	79	20	77	9	22	0	68	1.17
108937--108991	25	2.3	25	84	12	71	10	21	0	67	1.21
108956--109008	15	3.6	14	75	7	52	7	22	0	69	1.13
112098--112235	51	2.7	51	89	0	204	38	10	26	25	1.87
112202--112266	29	2.2	30	88	5	96	29	10	33	26	1.90
112153--112411	79	3.3	80	80	7	253	34	13	25	25	1.93
112374--112437	28	2.3	28	77	0	74	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112392--112608	78	2.8	78	72	3	193	37	11	23	27	1.90
115717--115865	77	1.9	78	84	9	198	41	16	24	17	1.89
115794--116167	42	8.9	42	79	5	306	41	12	24	22	1.87
115807--116168	169	2.1	168	80	6	410	43	10	24	21	1.84
115807--116167	83	4.3	84	79	5	318	43	10	24	21	1.84
116179--117472	62	21.3	61	81	5	1160	33	18	21	25	1.97
116179--117472	123	10.6	122	79	6	1189	33	18	21	25	1.97
116179--117472	185	7.1	184	80	5	1297	33	18	21	25	1.97
117483--117693	64	3.4	64	82	3	216	34	14	26	25	1.94
117506--117693	32	6.0	32	85	2	229	34	13	26	25	1.93

Tables:   1   2   3   4