genome.fa.s408.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold408
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  555187

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 293 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6877--6907	15	2.1	15	93	0	53	48	16	19	16	1.81
11480--11534	20	2.7	21	85	2	76	38	12	16	32	1.86
12361--14404	476	4.3	470	79	5	2043	31	17	13	37	1.89
12361--14404	475	4.3	475	80	4	2261	31	17	13	37	1.89
13636--14250	159	3.9	159	66	14	395	31	18	13	37	1.89
12368--14429	951	2.2	948	80	3	2376	31	17	13	37	1.88
14423--17523	475	6.6	474	79	6	3127	31	17	13	37	1.88
16812--18502	846	2.0	843	81	5	1984	32	17	13	36	1.90
18960--21236	474	4.8	473	83	5	2642	31	18	13	35	1.90
19022--24911	158	37.4	156	66	14	981	30	19	14	36	1.91
20470--22023	781	2.0	772	84	4	2016	30	19	14	35	1.91
21242--26818	951	5.9	950	82	5	6218	30	19	14	36	1.91
28521--28603	42	2.0	42	85	0	112	49	1	38	10	1.46
33006--33089	42	2.0	42	92	0	141	32	16	14	36	1.89
33006--33072	22	3.1	22	69	16	68	29	19	13	37	1.90
33019--33089	20	3.5	20	69	14	63	33	14	15	36	1.87
33531--33602	36	2.0	36	89	2	110	31	8	30	29	1.87
33531--33628	32	3.0	33	81	11	114	30	10	27	31	1.90
36067--37212	158	7.3	158	66	13	514	30	18	14	36	1.91
38085--40798	159	17.1	159	67	10	995	31	19	14	35	1.91
38085--40990	475	6.1	475	84	1	3570	30	18	14	35	1.91
41250--41428	82	2.2	82	95	0	322	37	17	16	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41444--43839	476	5.0	476	87	1	3404	35	15	19	30	1.93
43461--44225	385	2.0	383	89	1	1183	36	15	17	29	1.92
45671--45696	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
45653--45716	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
47078--48300	158	7.7	159	66	16	418	36	14	17	31	1.90
46796--47882	159	6.9	158	66	17	396	36	14	18	30	1.91
46796--48889	476	4.4	474	85	2	2514	36	14	18	30	1.91
48698--49105	216	1.9	216	86	2	586	32	16	19	32	1.93
48904--51617	475	5.7	475	88	2	3627	35	14	19	30	1.92
48913--51003	158	13.2	158	65	12	518	35	15	19	30	1.92
50865--52362	764	2.0	764	87	3	2210	36	15	18	29	1.92
51622--61626	476	21.0	476	88	2	12067	35	15	18	30	1.92
57938--61400	159	21.8	157	66	12	620	35	15	18	30	1.92
61235--62048	422	1.9	421	87	2	1197	35	13	18	31	1.90
61628--77501	476	33.4	476	86	2	19482	35	14	18	31	1.91
80827--81118	158	1.8	158	85	2	408	36	14	19	29	1.91
80870--81235	158	2.3	158	81	3	405	37	14	19	28	1.91
80766--84865	159	25.9	158	66	13	764	35	14	18	31	1.91
81022--87387	953	6.7	948	86	2	8160	35	14	18	31	1.91
81022--87387	476	13.4	473	85	2	7780	35	14	18	31	1.91
92358--92422	18	3.3	18	67	29	51	9	49	1	40	1.44
92361--92479	42	2.8	42	92	0	193	9	45	1	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95076--97377	473	4.9	474	84	2	2923	35	14	19	30	1.92
96239--98925	157	17.1	155	65	14	594	35	14	19	30	1.92
96696--97993	631	2.1	628	88	3	1912	35	14	19	30	1.92
95379--99016	158	23.1	155	66	13	894	35	14	19	30	1.92
97347--99296	464	4.2	465	88	4	2949	35	14	19	30	1.92
97347--99305	935	2.1	935	95	1	3532	35	14	19	30	1.92
100377--103686	158	21.0	159	64	16	633	35	14	19	30	1.92
100002--103495	476	7.4	473	85	3	4489	35	14	19	30	1.92
103705--107854	473	8.8	475	83	4	4961	36	14	18	30	1.91
107184--110842	159	23.2	156	67	10	903	35	14	19	31	1.91
107182--109121	633	3.1	628	87	2	2686	35	14	19	31	1.92
108480--110065	476	3.4	470	85	3	2060	35	14	19	31	1.92
109398--110979	632	2.5	627	89	2	2368	34	14	20	30	1.92
122939--122987	22	2.2	22	88	0	71	42	2	36	18	1.62
124950--125020	12	6.5	11	76	15	51	39	2	47	9	1.51
124946--125053	42	2.6	42	93	0	189	40	2	47	9	1.50
131369--131398	15	2.0	15	100	0	60	40	20	33	6	1.78
133173--136753	472	7.6	474	86	3	4688	35	15	19	30	1.92
133169--136753	946	3.8	945	86	3	4671	35	15	19	30	1.92
136587--136911	159	2.1	158	86	0	452	33	16	20	29	1.95
136587--136954	159	2.3	158	82	4	373	33	16	20	29	1.95
136075--137374	622	2.1	624	85	4	1724	33	15	19	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136716--138317	476	3.4	470	83	5	1890	34	14	18	31	1.92
138126--138462	159	2.2	156	81	3	383	36	14	17	31	1.90
137647--138942	626	2.1	624	87	3	1831	35	14	18	30	1.91
138280--139791	467	3.2	465	84	5	1922	34	14	19	30	1.92
137647--139088	626	2.3	625	84	5	1666	35	14	18	30	1.91
137647--139180	625	2.5	625	81	6	1510	35	14	18	31	1.91
144781--144860	42	1.9	42	92	0	133	11	45	1	42	1.48
144814--144880	12	5.9	11	73	18	57	11	46	1	40	1.50
144809--144890	33	2.5	33	89	0	119	10	42	1	45	1.47
144781--144848	21	3.1	23	72	20	65	10	45	1	42	1.47
144787--144866	24	3.8	21	74	16	60	12	43	1	42	1.50
147718--147758	21	2.0	21	85	9	57	17	31	9	41	1.82
152019--152137	42	2.8	42	87	0	166	8	43	3	44	1.51
153797--155561	473	3.7	472	86	4	2301	35	14	19	31	1.91
157181--157256	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
157171--157289	42	2.8	42	89	0	184	44	2	45	7	1.45
162601--177357	159	93.5	158	67	11	4401	34	14	19	30	1.92
162773--168182	475	11.4	476	77	7	2600	34	15	19	30	1.92
164348--164698	158	2.2	158	86	2	474	34	15	18	31	1.92
165385--180111	472	30.9	471	74	11	2604	34	14	19	30	1.92
168145--170246	476	4.4	477	83	3	2445	34	15	19	30	1.93
172876--177312	631	7.0	630	76	8	3792	34	14	19	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177354--180111	472	5.8	473	86	2	3635	35	14	19	30	1.92
177354--180111	945	2.9	945	87	1	3897	35	14	19	30	1.92
177485--180743	158	20.7	159	66	11	840	35	14	19	30	1.92
179892--180269	159	2.4	159	87	3	530	35	16	19	28	1.93
179478--180743	632	2.0	631	89	1	1910	35	14	19	29	1.92
180106--181428	474	2.8	470	86	3	1821	35	14	19	30	1.91
186399--186448	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
186405--186523	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
186438--186513	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
186429--186514	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
186420--186490	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
188132--190772	473	5.6	474	85	2	3503	34	14	19	30	1.92
188136--190772	947	2.8	945	85	3	3837	34	14	19	30	1.92
190135--191365	632	1.9	633	86	1	1741	35	14	19	30	1.92
190608--190930	159	2.0	159	82	5	377	34	16	19	28	1.94
193026--194193	159	7.4	158	65	10	421	36	13	19	30	1.90
192965--195593	476	5.5	475	88	2	3764	35	13	19	30	1.91
195397--195837	244	1.8	238	87	4	661	39	9	20	29	1.85
195618--198682	475	6.4	476	85	2	4096	35	13	19	30	1.91
197990--199401	719	2.0	719	86	2	2001	36	13	19	30	1.91
198709--200822	475	4.4	477	86	2	2989	35	14	19	30	1.91
198732--200835	950	2.2	950	93	1	3599	35	14	19	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200633--201079	244	1.8	244	88	0	689	39	10	19	30	1.86
200132--202273	719	3.0	719	91	1	3330	36	13	19	30	1.90
204810--204885	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
204809--204894	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
204800--204918	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
218554--218672	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
218587--218662	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
218578--218663	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
218569--218639	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
222267--228122	476	12.3	475	87	1	8092	35	14	19	30	1.92

Tables:   1   2   3