genome.fa.s408.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold408
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  555187

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 293 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222267--228126	951	6.1	951	87	1	8227	35	14	19	30	1.92
225737--226425	159	4.3	157	68	11	398	37	13	19	30	1.90
227823--228439	313	2.0	313	85	2	828	33	15	19	30	1.93
227903--228874	158	6.2	157	69	10	485	34	15	18	31	1.92
228564--230620	439	4.5	443	83	8	2287	35	14	18	31	1.91
228585--230620	445	4.5	444	80	8	2124	35	14	18	31	1.91
232238--232313	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
232237--232322	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
232237--232346	42	2.6	42	94	0	193	40	2	47	9	1.49
237308--239747	475	5.2	474	85	4	3138	35	14	18	31	1.91
239513--239998	251	1.9	251	88	0	722	34	15	18	31	1.92
239760--244274	476	9.5	474	85	3	5658	35	14	18	30	1.91
242986--244897	317	6.0	317	77	9	1702	35	14	18	30	1.92
246412--247067	159	4.1	158	69	10	429	36	12	18	32	1.89
247458--247494	18	1.9	19	89	10	58	81	5	0	13	0.86
247464--247546	28	2.9	29	78	10	89	74	10	1	13	1.13
247458--247495	19	2.0	20	89	5	60	81	5	0	13	0.85
249053--249362	109	2.9	108	87	2	428	32	20	19	28	1.97
249850--250490	320	2.0	320	98	0	1246	31	13	27	27	1.93
251792--251867	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
251791--251876	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
251782--251900	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251857--251906	18	2.7	19	79	11	52	46	4	44	6	1.47
257696--257771	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
257686--257804	42	2.8	42	89	2	186	42	3	46	7	1.48
257761--257810	18	2.8	18	81	6	57	44	6	46	4	1.47
275623--275721	42	2.4	42	84	3	128	49	0	37	13	1.42
275633--275742	42	2.6	41	82	5	139	45	0	40	13	1.44
275711--275745	18	1.9	18	88	11	54	42	0	45	11	1.40
278193--278257	32	2.0	32	100	0	130	20	9	30	40	1.83
281834--282286	28	16.3	28	79	1	455	30	28	17	23	1.97
281834--282244	55	7.4	55	89	0	498	29	28	17	23	1.97
282277--282514	28	8.4	28	84	7	268	30	28	17	22	1.97
282275--282514	56	4.2	56	86	4	304	30	29	17	22	1.97
283246--283344	7	13.6	7	73	23	62	74	12	1	12	1.12
283246--283344	13	6.8	14	72	21	62	74	12	1	12	1.12
283246--283352	22	4.9	20	68	23	65	73	11	0	14	1.14
283261--283298	19	2.0	20	94	5	69	84	2	0	13	0.73
283902--283926	12	2.1	12	100	0	50	72	0	16	12	1.13
284873--285179	109	2.8	108	87	1	416	32	19	19	28	1.96
285426--285455	10	3.1	10	90	9	53	80	0	0	20	0.72
286272--288001	475	3.6	474	84	3	2093	36	14	18	30	1.90
286272--287407	159	7.2	158	67	12	473	36	14	18	30	1.90
288002--294321	475	13.3	475	86	2	8351	36	14	18	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288002--294321	159	39.9	158	66	11	1774	36	14	18	30	1.91
294154--294523	202	1.8	202	97	0	695	36	14	18	30	1.91
294960--297986	159	19.1	158	66	12	632	36	14	18	31	1.91
294871--298548	475	7.7	475	84	3	4481	35	14	18	31	1.91
294355--298549	950	4.4	948	85	3	5007	36	14	18	31	1.91
301090--301208	42	2.8	42	89	0	175	44	2	44	8	1.47
308466--308541	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
308465--308550	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
308456--308574	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
313658--314481	418	2.0	418	87	3	1187	37	13	18	30	1.90
314274--316871	159	16.4	158	68	9	960	36	13	18	31	1.90
314069--318982	476	10.1	474	76	9	4171	36	13	18	31	1.90
317075--318951	159	11.8	156	70	9	756	35	14	18	31	1.91
317178--318475	635	2.0	633	89	1	1963	34	14	19	32	1.91
317305--318629	635	2.1	634	84	2	1660	35	13	18	31	1.90
317305--318836	635	2.4	632	81	5	1479	35	14	18	31	1.90
321284--321390	20	5.7	20	73	18	88	28	16	14	40	1.88
321301--321370	33	2.1	33	94	0	122	28	18	14	38	1.90
321321--321351	13	2.4	13	94	0	53	32	12	16	38	1.86
323696--323840	51	2.8	51	82	3	157	32	25	8	33	1.87
323777--324075	79	3.8	78	84	4	368	28	26	14	31	1.94
323816--324075	79	3.3	78	89	2	369	28	25	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324011--324130	51	2.4	51	89	0	186	29	28	13	29	1.94
324110--324186	28	2.8	27	86	7	102	25	32	16	24	1.96
324172--324286	51	2.3	51	85	0	167	28	27	12	31	1.92
323983--324314	158	2.1	158	81	5	384	27	26	14	31	1.95
336685--336784	1	100.0	1	73	0	83	87	11	2	0	0.64
336685--336777	6	16.5	6	83	15	119	87	11	1	0	0.61
336685--336777	11	8.2	12	82	15	119	87	11	1	0	0.61
336685--336777	27	3.5	27	84	8	129	87	11	1	0	0.61
337861--338125	55	4.5	61	76	13	263	24	28	20	26	1.99
337883--338119	122	2.0	118	81	9	275	24	28	19	26	1.99
338153--338327	61	2.9	61	92	4	275	25	27	20	26	1.99
337918--338327	215	1.9	216	85	4	569	24	27	20	27	1.99
338310--338415	45	2.4	45	87	4	146	19	27	16	35	1.94
338310--338443	42	3.1	42	82	7	137	16	27	14	41	1.87
339380--339417	20	1.9	20	88	0	58	28	18	15	36	1.92
339400--339429	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
341734--341896	51	3.2	51	82	5	179	31	26	8	33	1.87
341910--342028	50	2.4	51	86	2	168	30	25	12	31	1.93
341800--342158	128	2.8	130	83	3	445	29	25	12	32	1.92
341961--342107	79	1.9	79	91	0	240	27	27	14	29	1.96
342039--342206	51	3.3	51	83	1	203	29	27	13	29	1.94
341910--342234	181	1.8	180	84	2	454	28	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
346311--346371	9	6.1	9	75	17	50	13	40	0	45	1.43
346316--346392	12	6.9	12	72	19	60	12	44	0	42	1.43
346307--346392	24	3.8	23	74	14	90	13	41	0	44	1.44
346283--346401	42	2.8	42	87	0	166	10	44	0	44	1.43
347999--351881	474	8.2	476	86	2	4983	36	13	18	31	1.90
348207--351794	159	22.7	159	66	9	811	35	13	18	31	1.90
356854--356972	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
356887--356962	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
356878--356963	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
356869--356939	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
358585--374951	475	34.7	474	85	3	19507	35	14	18	31	1.91
364762--365413	158	4.1	157	67	12	411	34	13	18	32	1.91
358642--372042	159	84.8	159	65	14	2468	35	14	18	31	1.91
375637--380977	159	33.8	156	64	14	1152	35	14	18	30	1.91
375618--381315	476	12.0	476	86	2	7243	36	14	18	30	1.91
374961--384227	952	9.8	948	85	3	11409	36	14	18	30	1.91
381504--383577	159	13.1	157	66	13	620	36	13	18	31	1.90
381317--384229	476	6.1	476	84	2	3767	36	14	18	31	1.90
400810--400885	12	5.9	12	71	24	57	42	0	43	14	1.45
400812--400918	42	2.6	42	89	1	153	41	0	44	14	1.44
400854--400899	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
406163--417270	159	70.3	156	64	15	1779	36	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
405826--417292	476	24.2	476	85	3	14259	36	14	18	31	1.91
405826--417293	950	12.1	952	85	2	14484	36	14	18	31	1.91
422614--425181	158	16.2	156	67	12	711	36	14	17	30	1.90
422312--428045	951	6.1	950	88	4	7968	36	14	17	31	1.90
422312--425350	474	6.4	476	92	1	4556	36	14	17	30	1.90
425812--428045	475	4.7	474	91	1	3406	36	14	17	31	1.91
432660--432706	18	2.6	18	83	6	51	10	46	0	42	1.38
432691--432751	9	6.1	9	72	20	50	16	42	0	40	1.48
432667--432772	42	2.5	42	90	3	160	14	45	0	40	1.44
432667--432772	24	5.0	23	71	26	90	14	45	0	40	1.44

Tables:   1   2   3