genome.fa.s421.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold421
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  441760

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 346 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5920--5945	9	2.9	9	100	0	52	92	7	0	0	0.39
6882--7186	33	9.0	32	78	11	256	21	32	12	33	1.91
6882--7176	37	8.6	34	80	9	298	20	32	12	34	1.90
6882--7146	37	7.7	36	82	10	315	20	32	11	35	1.89
6882--7171	71	4.2	69	84	7	335	21	32	12	34	1.91
7152--7272	33	3.7	33	93	4	210	27	34	19	19	1.95
7152--7279	65	2.0	63	93	6	222	28	35	18	17	1.94
7272--8170	49	18.8	49	86	6	1122	26	25	17	30	1.97
8022--8172	52	2.8	55	83	3	191	26	24	14	34	1.94
7931--8121	95	2.0	92	87	5	267	26	25	16	31	1.96
8974--9040	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
8994--9018	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9082--9106	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
9115--9235	52	2.3	52	94	0	215	34	19	17	28	1.94
10251--10405	77	2.0	77	100	0	310	30	16	18	34	1.93
21288--21341	19	2.7	19	82	5	63	29	16	12	40	1.86
25597--25678	37	2.2	37	84	0	110	58	6	3	31	1.40
32086--32122	18	2.1	18	94	0	65	24	10	8	56	1.60
32278--32333	29	1.9	29	85	7	78	71	1	21	5	1.15
38967--39008	19	2.3	19	87	4	59	50	2	2	45	1.27
40420--40498	28	2.8	28	71	17	74	50	0	2	46	1.14
49382--49424	2	21.0	2	85	4	59	44	2	48	4	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49774--49822	24	2.0	24	96	0	89	32	30	0	36	1.58
58220--58387	51	3.3	51	89	2	250	27	26	13	33	1.93
58320--58779	79	5.8	79	78	6	418	29	24	11	34	1.91
58319--58780	158	2.9	154	81	7	527	29	24	11	34	1.91
59016--59064	23	2.2	23	88	3	73	16	0	16	67	1.24
61712--61764	16	3.4	16	73	2	54	26	3	7	62	1.39
61943--61982	18	2.2	18	90	0	62	47	5	2	45	1.38
65146--65180	16	2.2	16	95	5	63	48	0	0	51	1.00
65123--65190	15	4.5	15	73	8	50	47	4	0	48	1.22
67175--67227	23	2.3	23	81	15	65	30	0	0	69	0.88
67188--67239	21	2.4	22	81	12	63	38	0	0	61	0.96
67575--67633	22	2.8	21	78	14	59	40	3	0	55	1.16
69014--69041	13	2.2	13	100	0	56	7	0	14	78	0.95
69063--69104	16	2.6	16	88	0	66	42	2	0	54	1.13
76102--76156	28	2.0	28	82	7	67	56	5	9	29	1.53
77948--78004	11	5.2	11	79	12	55	31	1	1	64	1.13
78301--78375	34	2.2	34	81	6	91	45	0	1	53	1.08
78298--78421	18	6.9	18	74	14	80	42	0	1	55	1.09
78225--78468	116	2.1	118	87	7	345	40	0	2	56	1.18
81728--81807	16	5.0	16	79	0	79	41	5	5	48	1.46
81727--81806	32	2.5	32	77	0	88	41	6	5	47	1.50
85209--85246	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89449--89489	21	1.9	22	90	5	66	43	0	0	56	0.99
89589--89749	42	3.7	42	76	14	173	33	13	17	36	1.88
89589--89768	42	4.1	45	74	14	160	34	13	18	33	1.90
89592--89765	90	1.9	90	98	0	339	32	14	18	34	1.91
89892--89940	25	2.0	25	88	4	73	46	0	4	48	1.20
90909--90958	6	8.3	6	84	0	55	44	2	52	2	1.24
90960--90988	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
91454--91510	19	3.1	19	70	22	50	42	0	0	57	0.98
91876--91955	32	2.4	34	85	4	119	40	30	12	17	1.86
92083--92127	16	2.7	17	79	6	56	35	2	6	55	1.38
92137--92175	16	2.4	16	83	8	53	30	10	10	48	1.70
92124--92188	16	4.1	16	76	4	51	27	12	16	43	1.84
93022--93118	16	6.1	16	77	11	92	44	0	1	54	1.06
94795--94851	30	1.9	30	85	0	78	59	14	7	19	1.57
95139--95174	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
100033--100119	43	2.0	42	95	2	156	28	13	24	33	1.93
102998--103036	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
106775--107094	88	3.7	87	81	7	321	37	11	17	33	1.85
107056--107097	21	2.1	20	86	8	59	50	7	9	33	1.62
111007--111046	20	2.0	20	95	0	71	30	12	10	47	1.74
111140--111186	7	6.0	8	90	10	55	59	2	0	38	1.09
111962--112772	79	10.4	79	81	8	752	31	13	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111975--112772	158	5.1	158	80	6	858	31	13	26	29	1.94
112243--112375	71	1.9	71	87	0	194	33	13	21	31	1.92
119174--119223	24	2.2	24	85	7	68	64	16	4	16	1.44
119452--119794	79	4.3	79	83	5	379	39	11	21	27	1.88
119450--119794	159	2.2	158	84	4	426	38	11	21	28	1.88
122605--122652	18	2.6	20	84	12	59	77	18	0	4	0.93
122598--122633	9	4.0	9	88	0	54	72	25	2	0	0.98
130446--130695	79	3.2	78	79	7	283	34	16	22	26	1.95
130632--130810	51	3.5	51	83	3	211	35	12	24	27	1.91
133099--133172	20	3.7	19	87	7	103	41	13	16	28	1.86
133598--133732	42	3.1	43	83	7	132	42	14	25	17	1.87
133627--133732	45	2.4	45	87	4	146	38	17	23	19	1.93
133715--133944	61	3.8	61	83	6	297	24	21	27	26	1.99
133722--133944	122	1.8	121	91	2	367	25	20	28	26	1.99
133979--134104	60	2.1	60	92	7	211	25	19	31	23	1.98
133838--134257	154	2.7	154	94	0	716	26	19	28	25	1.99
134143--134455	61	5.3	60	86	4	344	24	21	28	25	1.99
134320--134463	55	2.6	55	89	0	216	22	20	29	26	1.99
135534--135577	1	44.0	1	81	0	52	0	2	6	90	0.51
135534--135577	18	2.4	18	92	3	70	0	2	6	90	0.51
145885--145909	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
146586--146730	62	2.3	62	100	0	290	32	19	23	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148049--148298	79	3.2	77	80	7	288	34	16	22	26	1.95
148234--148412	51	3.5	50	78	6	191	36	10	24	29	1.89
150705--150759	20	2.8	20	91	0	92	41	12	14	30	1.83
151681--151774	42	2.2	42	84	3	118	46	15	22	14	1.83
152384--152477	42	2.2	42	83	7	111	46	14	22	15	1.83
153088--153188	42	2.4	42	85	5	123	48	14	22	13	1.80
153796--153890	42	2.2	42	84	1	118	49	13	22	14	1.78
151129--165818	703	20.9	703	92	0	23520	31	17	25	25	1.97
155198--155293	42	2.3	42	87	1	129	48	14	21	14	1.79
155198--155327	42	3.0	42	78	11	113	44	14	24	16	1.85
156601--156696	42	2.3	43	83	7	124	46	14	22	15	1.82
156592--156729	42	3.2	42	79	7	118	40	13	26	18	1.88
157282--157360	42	1.9	42	82	12	101	43	17	22	16	1.88
157965--158100	42	3.2	40	81	7	101	44	13	25	16	1.85
157870--158091	119	1.9	116	81	7	268	39	14	26	19	1.91
157996--158133	42	3.2	42	81	7	145	41	13	26	18	1.88
158708--158838	42	3.0	42	81	7	131	43	15	24	16	1.87
160104--160205	42	2.4	43	81	6	118	45	13	26	14	1.83
160792--160883	42	2.2	42	84	7	116	41	19	21	17	1.90
161510--161612	43	2.4	43	83	3	127	47	13	24	14	1.80
162094--162193	42	2.4	42	80	5	114	43	11	28	18	1.83
162210--162347	42	3.2	42	77	11	136	41	13	26	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162086--162305	119	1.9	117	81	9	268	40	15	24	19	1.90
162916--163017	42	2.4	43	81	6	118	45	13	26	14	1.83
163604--163695	42	2.2	42	84	7	116	41	19	21	17	1.90
164322--164424	43	2.4	43	83	3	127	47	13	24	14	1.80
164906--165005	42	2.4	42	80	5	114	43	11	28	18	1.83
165022--165159	42	3.2	42	77	11	136	41	13	26	18	1.88
164898--165117	119	1.9	117	81	9	268	40	15	24	19	1.90
165794--170172	703	6.3	703	91	1	6923	30	18	25	25	1.98
168491--168592	42	2.4	43	81	6	118	48	13	23	14	1.80
169183--169320	42	3.2	42	79	7	136	41	14	26	18	1.88

Tables:   1   2   3