genome.fa.s423.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold423
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  617052

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  2  of  6  ( 618 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122670--122795	8	14.6	8	69	21	60	41	0	0	57	1.04
122746--122817	27	2.9	25	75	18	69	40	1	0	58	1.07
122684--122833	16	10.2	16	66	17	69	39	0	0	60	1.02
122737--122833	21	4.5	22	76	12	76	38	1	0	60	1.03
122797--122829	12	2.8	12	86	4	50	30	0	0	69	0.88
122745--122829	23	3.7	22	75	13	73	37	1	0	61	1.04
125369--125405	14	2.6	15	83	8	51	59	0	2	37	1.12
125398--125438	22	1.9	22	85	5	57	39	4	0	56	1.21
125429--125500	7	10.7	7	76	16	55	51	0	1	47	1.09
125429--125521	6	14.7	6	73	19	66	48	0	1	50	1.07
125424--125500	42	1.9	42	84	12	108	50	1	1	46	1.17
125489--125519	16	2.0	15	93	6	53	38	0	0	61	0.96
131266--131307	18	2.3	19	95	4	77	33	11	16	38	1.86
137365--137414	19	2.5	20	75	18	50	62	0	4	34	1.14
138791--138825	15	2.4	14	90	4	52	25	0	0	74	0.82
141827--141892	9	6.9	10	75	20	61	54	1	0	43	1.09
141836--141892	13	4.4	14	79	18	61	56	0	0	43	0.99
141828--141883	20	2.6	21	78	16	62	57	1	0	41	1.09
141905--141939	16	2.2	16	94	0	61	48	5	0	45	1.26
143010--143079	22	3.1	22	76	12	61	42	0	0	57	0.99
143057--143122	16	4.1	16	71	17	57	46	0	1	51	1.10
143000--143130	47	2.9	46	78	8	135	42	0	0	56	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143378--143443	5	13.2	5	74	17	57	63	0	0	36	0.95
143378--143443	29	2.4	27	87	7	89	63	0	0	36	0.95
145891--145925	11	3.2	11	87	0	52	54	0	0	45	0.99
146598--147106	182	2.8	181	96	0	955	22	22	20	33	1.97
150086--150142	23	2.6	23	81	15	68	26	0	5	68	1.11
151645--151683	7	5.3	7	85	11	51	43	0	0	56	0.99
152125--152188	25	2.5	26	82	10	69	57	0	1	40	1.08
152147--152209	32	2.0	32	81	12	76	52	0	3	44	1.17
152775--152805	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
153130--153689	179	3.3	172	76	11	420	42	13	4	38	1.66
153631--153681	16	3.1	16	78	15	59	52	5	1	39	1.37
153639--153672	17	1.9	18	94	5	61	52	2	0	44	1.16
153985--154034	25	2.1	24	85	7	66	60	0	0	40	0.97
154420--154449	12	2.4	13	94	5	53	53	0	0	46	1.00
155381--155452	31	2.3	32	77	13	80	47	1	9	41	1.45
156856--156882	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
159197--159273	19	4.0	19	74	14	77	20	1	2	75	1.00
159188--159230	12	3.5	12	78	15	52	20	0	0	79	0.74
159183--159271	39	2.3	39	82	9	110	21	1	2	75	0.98
161051--161443	123	3.2	121	76	4	385	23	10	25	39	1.87
162005--162072	22	3.3	19	77	20	59	33	1	5	58	1.31
162090--162136	22	2.1	23	92	4	78	51	0	2	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162112--162174	29	2.1	30	82	11	76	57	0	0	42	0.99
162385--162417	15	2.3	15	89	5	50	57	9	3	30	1.45
164362--164401	18	2.2	19	90	4	64	52	0	0	47	1.00
164344--164401	29	2.0	29	83	6	73	50	0	0	50	1.00
165634--165708	3	25.0	3	94	0	123	29	0	4	66	1.09
168320--168362	4	10.8	4	87	0	59	27	2	23	46	1.64
170946--170992	16	2.9	16	77	0	58	59	0	2	38	1.09
171157--171207	14	3.4	14	75	15	57	60	0	5	33	1.21
171149--171212	31	2.1	31	100	0	128	56	0	6	37	1.25
171295--171344	25	2.0	25	92	0	82	18	18	18	46	1.85
171422--171457	18	2.1	16	90	10	54	25	0	2	72	0.98
171730--171775	16	2.8	16	81	15	58	69	0	2	28	1.00
171729--171781	18	3.1	16	79	12	61	67	0	1	30	1.01
171825--171886	18	3.4	18	72	12	54	58	3	3	35	1.31
172036--172074	21	1.9	20	89	5	60	51	0	0	48	1.00
173138--173210	22	3.1	22	73	17	65	61	1	0	36	1.05
173131--173188	11	5.4	11	78	12	57	67	1	0	31	1.01
173174--173249	32	2.3	32	81	4	89	55	1	0	43	1.08
173141--173253	40	2.8	42	71	19	105	57	1	0	40	1.09
173884--174365	176	2.8	173	76	8	460	40	13	6	38	1.71
174885--174949	28	2.5	25	72	15	60	43	0	0	56	0.99
174921--174949	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175201--175233	6	5.7	6	92	7	59	66	0	0	33	0.92
175269--175319	25	2.0	26	88	3	77	56	0	0	43	0.99
178575--178628	27	2.0	27	85	3	72	42	1	1	53	1.22
179026--179071	14	3.2	14	87	3	65	36	0	15	47	1.45
180984--181028	23	2.0	24	86	8	67	62	0	2	35	1.08
181898--181922	12	2.1	12	100	0	50	0	8	40	52	1.31
181900--181926	14	1.9	14	100	0	54	0	7	40	51	1.30
182677--182718	2	21.0	2	95	0	75	47	50	2	0	1.14
182824--182851	12	2.3	12	100	0	56	42	25	10	21	1.85
188696--188839	70	2.1	70	94	0	252	32	10	11	45	1.75
190097--190137	21	2.1	19	86	9	55	36	4	0	58	1.20
193809--193852	21	2.1	21	86	0	61	38	0	2	59	1.10
195019--195048	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
195476--195516	15	2.8	14	85	10	55	43	0	0	56	0.99
196636--196684	15	3.3	15	80	8	55	51	0	0	48	1.00
196654--196726	16	4.6	16	77	1	76	57	2	0	39	1.13
196654--196726	32	2.3	32	83	2	85	57	2	0	39	1.13
197737--197811	36	2.1	36	94	0	132	57	5	6	30	1.47
199484--199517	6	5.7	6	92	0	50	67	11	0	20	1.21
199682--199754	28	2.7	27	82	14	80	64	0	0	35	0.94
199694--199739	13	3.1	17	76	23	50	65	0	0	34	0.93
199639--199746	47	2.2	50	77	11	118	62	2	0	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199716--199794	33	2.4	33	81	12	92	55	0	1	43	1.07
199720--199807	18	5.2	17	70	23	62	55	0	1	43	1.07
200396--200487	5	20.2	5	76	11	67	64	1	0	34	1.01
200391--200475	27	3.1	27	77	9	84	65	0	0	34	0.93
200438--200550	58	2.0	56	82	8	138	58	0	0	40	1.04
200438--200540	27	3.6	28	76	20	90	57	0	0	41	1.05
200573--200687	24	5.0	24	72	21	111	64	0	0	35	0.94
200584--200651	16	4.4	16	77	17	81	67	0	0	32	0.91
200572--200651	15	5.1	17	77	20	84	67	0	0	32	0.91
200640--200685	23	2.0	22	91	4	74	58	0	0	41	0.98
200896--200920	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
202544--202591	18	2.7	18	83	6	53	33	0	2	64	1.05
204688--204793	32	3.4	31	75	8	99	50	0	0	49	1.07
207134--207267	60	2.2	59	84	7	162	35	14	12	36	1.85
208262--208307	22	2.2	20	84	11	56	45	0	0	54	0.99
208548--208579	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
208895--208950	15	3.7	15	73	20	53	37	0	1	60	1.07
209560--209598	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
209786--209815	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
210409--210435	11	2.5	11	100	0	54	70	0	0	29	0.88
210683--210792	48	2.3	47	80	12	109	51	0	0	48	1.00
210747--210787	21	2.0	22	90	9	68	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211155--211184	11	2.9	10	90	9	51	20	30	10	40	1.85
218250--218289	19	2.1	19	86	9	55	40	0	0	60	0.97
219954--219997	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
220488--220531	23	1.9	23	81	9	54	43	0	9	47	1.35
220916--220957	20	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
221449--221490	19	2.3	19	88	8	61	45	0	2	52	1.13
222150--222175	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
223532--223575	20	2.2	20	87	0	61	34	6	50	9	1.61
225620--225673	21	2.5	21	93	3	90	20	31	24	24	1.98
228126--228169	20	2.2	20	87	0	61	34	4	50	11	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6