genome.fa.s425.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold425
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  711097

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4909--4980	22	3.2	22	64	11	56	52	20	0	26	1.47
4938--5015	34	2.3	33	89	6	120	55	17	0	26	1.43
13760--13823	20	3.1	20	76	24	62	34	1	4	59	1.28
19481--19579	49	2.0	49	100	0	198	38	2	17	42	1.61
19596--19640	18	2.4	19	81	7	56	48	0	0	51	1.00
20332--20372	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
20834--20932	3	32.7	3	93	2	171	32	1	1	65	1.06
20974--21014	16	2.5	17	76	7	50	63	0	0	36	0.95
27158--27196	16	2.4	16	82	0	51	41	0	0	58	0.98
27158--27201	18	2.6	17	77	22	56	40	0	0	59	0.98
31734--31765	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
31981--32027	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
32588--32647	18	3.4	18	72	11	61	63	3	0	33	1.11
33891--33933	16	2.6	16	81	3	50	41	0	0	58	0.98
33830--33920	45	2.0	44	82	14	107	45	3	2	49	1.30
33830--33915	40	2.1	43	82	10	108	45	3	2	48	1.32
33955--34008	21	2.4	24	79	17	71	48	0	0	51	1.00
34649--34686	15	2.5	15	86	4	58	52	0	0	47	1.00
37399--37444	23	2.0	23	84	16	60	43	0	0	56	0.99
39745--39823	40	2.0	39	95	2	140	46	21	12	18	1.82
41505--41530	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
43082--43151	29	2.3	31	78	11	83	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46205--46247	16	2.6	17	89	7	63	51	0	0	48	1.00
46276--46345	33	2.1	35	84	10	94	44	0	0	55	0.99
49520--49559	19	2.2	19	90	4	64	27	0	0	72	0.85
50897--50947	22	2.5	19	85	14	75	68	0	1	29	1.00
50899--50951	21	2.5	20	88	8	79	67	0	1	30	1.01
50897--50951	20	2.7	21	89	10	87	67	0	1	30	1.01
51850--51884	18	1.9	18	94	0	61	25	11	8	54	1.64
51922--51986	22	2.9	23	77	11	80	66	1	0	32	1.01
52912--52955	16	2.6	17	82	10	54	54	0	0	45	0.99
52912--52949	18	2.1	18	90	0	58	57	0	0	42	0.98
53790--54217	227	1.9	228	81	7	519	41	9	7	41	1.66
58866--58903	20	1.9	19	89	5	58	52	0	2	44	1.14
58865--58905	19	2.1	20	81	4	57	56	0	2	41	1.13
59358--59399	17	2.5	16	85	14	50	42	0	0	57	0.99
61082--61116	18	1.9	18	88	11	54	34	0	0	65	0.93
62065--62103	19	2.1	19	85	9	53	48	2	0	48	1.15
63079--63104	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
63200--63229	12	2.4	13	88	11	53	30	0	0	70	0.88
64979--65041	16	4.1	16	77	6	58	57	3	1	38	1.24
64970--65039	31	2.4	29	78	7	79	61	2	1	34	1.20
65187--65303	18	6.2	19	69	20	68	41	0	0	58	1.04
65211--65302	26	3.5	26	69	25	68	43	1	0	55	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65156--65248	32	2.9	32	73	19	86	39	0	0	60	0.97
65202--65282	23	3.3	23	73	11	63	43	1	0	55	1.07
65218--65316	29	3.4	29	71	27	86	46	1	0	52	1.07
65237--65330	46	2.0	46	82	8	111	46	1	0	52	1.07
65557--65614	3	19.7	3	92	3	91	65	3	0	31	1.09
66350--66413	26	2.4	27	81	5	76	62	0	0	37	0.95
66630--66656	13	2.1	13	100	0	54	55	22	7	14	1.64
66944--66984	16	2.5	17	88	4	57	65	0	0	34	0.93
70297--70330	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
70790--70865	20	3.7	20	72	16	73	55	2	1	40	1.22
70768--70886	23	5.5	22	67	17	79	57	1	1	38	1.18
70765--70890	43	2.9	43	92	2	209	55	1	1	41	1.19
71457--71500	13	3.5	13	78	12	56	52	0	2	45	1.13
71479--71571	33	2.7	35	77	12	97	43	0	1	55	1.06
71519--71570	13	4.0	14	76	16	58	40	0	0	59	0.97
71516--71569	25	2.1	25	89	3	81	38	0	0	61	0.96
72139--72185	23	2.0	23	87	4	67	48	6	25	19	1.72
76479--76515	17	2.3	17	86	9	51	45	0	0	54	1.00
79960--79997	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
80473--80526	12	4.6	12	71	19	51	38	0	0	61	0.96
80479--80526	17	2.9	15	75	24	51	37	0	0	62	0.95
82710--82743	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83528--83563	18	1.9	19	88	5	56	44	0	0	55	0.99
83567--83624	9	6.8	9	77	15	52	56	3	0	39	1.16
83559--83598	18	2.2	19	86	13	66	55	0	0	45	0.99
84170--84201	13	2.5	13	94	0	55	43	0	12	43	1.42
85105--85243	10	13.8	10	65	24	62	41	2	0	55	1.20
85099--85238	45	3.1	44	79	12	149	42	2	0	53	1.20
85118--85187	19	3.3	19	68	25	50	40	1	0	58	1.07
87479--87519	20	2.0	21	90	9	68	73	0	0	26	0.84
87731--87769	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
88237--88278	2	23.0	2	81	18	56	52	0	0	47	1.00
88521--88625	24	4.4	23	76	14	88	46	0	0	52	1.07
88524--88617	26	3.8	25	74	13	79	45	1	0	53	1.07
89906--89939	16	2.1	16	89	10	52	17	0	0	82	0.67
96697--96763	21	3.3	20	75	20	68	65	0	0	34	0.93
96672--96763	46	2.2	40	82	11	103	65	0	1	33	1.00
96711--96753	22	2.0	22	86	4	61	60	0	0	39	0.97
96814--96872	20	3.0	20	82	9	84	49	0	0	50	1.00
96925--96971	24	2.0	23	87	4	67	57	0	0	42	0.98
96924--96973	11	4.4	11	80	9	64	58	0	0	42	0.98
97084--97127	22	2.2	20	84	15	56	43	9	4	43	1.56
102565--102609	2	22.5	2	100	0	90	0	51	0	48	1.00
113173--113210	18	2.1	18	90	0	58	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116854--116908	25	2.1	25	86	6	74	47	1	3	47	1.30
116838--116908	25	2.9	25	73	19	69	46	1	4	47	1.30
118966--118995	13	2.3	13	94	0	51	3	16	0	80	0.85
120919--120951	1	33.0	1	93	0	57	0	3	96	0	0.20
123779--123849	29	2.4	29	75	11	74	38	4	0	57	1.18
123870--123945	29	2.6	28	85	10	91	57	2	2	36	1.26
124835--124870	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
126893--126924	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
129142--129192	23	2.2	23	83	13	61	31	1	1	64	1.15
130718--130767	25	2.0	25	84	7	66	54	4	0	42	1.19
133642--133676	17	2.1	17	100	0	70	17	11	17	54	1.71
134268--134311	12	3.8	12	87	6	72	29	0	0	70	0.88
134272--134323	23	2.3	22	83	9	68	30	1	1	65	1.14
134702--134742	17	2.5	17	80	11	50	29	2	0	68	1.03
142438--142496	28	2.1	28	96	0	109	38	15	13	32	1.86
146180--146360	101	1.8	100	89	3	283	35	8	26	29	1.86
160619--160650	16	2.0	16	100	0	64	56	12	6	25	1.59
162861--162920	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
163045--163082	15	2.5	15	91	0	58	47	0	0	52	1.00
163586--163656	35	2.0	35	88	0	106	26	11	18	43	1.83
163821--163875	17	3.1	17	76	12	58	38	1	0	60	1.08
167095--167195	29	3.6	27	76	12	80	40	0	1	56	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167128--167201	28	2.6	29	80	8	80	47	0	2	50	1.15
167302--167360	21	2.9	19	77	22	59	47	0	0	52	1.00
167322--167352	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
167797--167894	45	2.2	45	85	5	128	59	1	1	38	1.11
168274--168321	23	2.1	24	85	14	66	68	12	4	14	1.34
168574--168609	19	1.9	19	88	5	56	69	8	2	19	1.27
168762--168833	18	4.0	18	68	16	51	61	2	1	34	1.19
168870--168907	13	2.8	13	84	15	51	10	10	2	76	1.12
169424--169523	37	2.7	36	77	14	107	65	3	0	32	1.08
169423--169523	35	2.7	38	77	11	111	64	2	0	32	1.09

Tables:   1   2   3   4   5