genome.fa.s425.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold425
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  711097

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169776--169823	22	2.1	23	84	3	62	52	0	2	45	1.12
170918--170979	33	1.9	31	83	6	79	35	4	0	59	1.19
175687--175738	21	2.5	21	81	6	61	63	5	0	30	1.18
175902--175996	16	5.7	18	70	25	75	45	1	0	53	1.07
175904--175957	22	2.5	22	84	6	65	38	0	0	61	0.96
177629--177665	2	18.5	2	94	0	56	45	0	5	48	1.25
177918--177961	19	2.2	20	88	4	63	40	4	2	52	1.34
184303--184328	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
184660--184693	6	5.7	6	96	0	59	44	0	2	52	1.16
187883--187966	42	2.0	42	100	0	168	45	7	23	23	1.78
190693--190753	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
191913--192033	61	2.0	61	86	3	172	39	16	5	38	1.73
196731--196777	20	2.3	21	79	17	55	51	0	2	46	1.13
196892--196921	5	5.8	5	92	7	51	60	0	0	40	0.97
196892--196921	11	2.8	11	95	5	53	60	0	0	40	0.97
196879--196921	21	2.0	21	86	9	59	60	0	0	39	0.97
196892--196921	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
197151--197190	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
197787--197848	31	2.0	32	87	6	92	56	0	1	41	1.09
205136--205757	316	2.0	316	98	0	1190	32	26	10	29	1.91
206250--206283	16	2.1	16	88	0	50	14	20	2	61	1.46
208221--208422	60	3.4	60	100	0	404	32	18	25	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208281--208587	165	1.9	165	95	0	560	31	18	26	24	1.97
208446--208597	60	2.5	60	89	0	241	33	17	25	23	1.96
208188--208597	225	1.8	225	95	0	739	31	17	27	23	1.97
214444--214478	16	2.2	16	100	0	70	54	11	28	5	1.59
216067--216103	18	2.2	18	85	9	51	59	2	0	37	1.12
216291--216349	6	9.7	6	84	14	50	38	0	1	59	1.08
216417--216453	18	2.0	19	85	15	51	40	0	0	59	0.97
216422--216477	25	2.2	25	81	6	60	48	0	0	51	1.00
216453--216518	13	4.7	14	74	25	52	60	1	0	37	1.06
224910--224943	17	1.9	18	94	5	61	0	11	0	88	0.52
227507--227549	23	1.9	22	85	4	59	44	0	4	51	1.22
230409--230449	19	2.2	19	79	16	50	58	0	0	41	0.98
230415--230472	19	3.1	18	80	7	62	55	0	3	41	1.17
230783--230835	21	2.6	21	81	3	63	33	0	0	66	0.92
231809--231914	53	2.0	53	85	3	142	55	0	1	42	1.10
237925--237975	2	25.5	2	95	0	93	50	0	0	49	1.00
238718--238768	25	2.0	24	82	14	59	35	3	0	60	1.15
241642--241698	11	5.5	11	74	17	59	64	1	0	33	1.04
241638--241715	33	2.4	32	80	16	81	62	1	0	35	1.03
241854--241897	21	2.2	19	84	8	52	59	2	2	36	1.23
245499--245531	17	1.9	17	88	11	50	9	0	6	84	0.76
250613--250809	103	1.9	103	92	0	331	35	10	8	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250798--250827	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
252337--252407	30	2.3	33	76	13	80	39	2	4	53	1.35
252903--252970	31	2.2	29	82	12	75	52	7	1	38	1.38
255577--255636	11	5.6	11	77	15	63	66	0	0	33	0.92
255581--255639	21	2.8	22	82	7	77	67	0	0	32	0.91
255574--255640	11	6.3	11	75	13	50	64	0	0	35	0.94
255577--255639	33	1.9	32	84	12	83	66	0	0	33	0.92
256002--256120	34	3.5	33	89	4	184	43	26	5	24	1.75
256439--256513	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
256439--256516	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
270525--270576	11	4.6	11	90	4	86	88	11	0	0	0.52
270525--270595	21	3.3	20	79	18	72	85	9	2	1	0.75
270525--270583	1	59.0	1	75	0	55	88	10	1	0	0.60
270524--270595	11	6.8	11	81	13	64	84	11	2	1	0.78
271812--272744	114	7.8	114	89	4	1008	29	32	17	20	1.96
271815--272745	32	31.1	30	88	6	901	29	32	17	20	1.96
273306--273380	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
273306--273383	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
280919--281035	34	3.5	33	86	4	162	43	24	5	26	1.75
281093--281155	30	2.0	30	82	11	74	53	3	0	42	1.16
281693--281753	13	4.6	13	75	4	50	42	6	8	42	1.60
281719--281766	14	3.5	14	77	5	53	47	0	6	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281707--281766	27	2.2	27	84	0	84	46	1	6	45	1.39
282088--282133	24	2.0	24	86	4	67	58	0	2	39	1.10
282362--282530	82	2.1	82	87	2	241	46	11	14	28	1.78
282959--282997	17	2.2	19	86	9	55	87	0	10	2	0.65
283020--283045	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
286262--286327	32	2.1	32	80	5	80	30	7	13	48	1.70
292460--292491	17	1.9	16	93	6	55	46	0	0	53	1.00
293920--293951	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
294819--294873	22	2.6	20	81	16	58	56	0	0	43	0.99
295170--295219	20	2.3	21	86	10	66	6	16	2	76	1.08
295259--295291	16	2.1	16	88	11	50	12	3	3	81	0.91
295856--295934	36	2.1	35	81	11	86	45	3	2	48	1.34
297078--297113	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
297113--297140	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
300560--300615	25	2.2	25	87	9	78	48	0	0	51	1.00
301317--301361	20	2.2	21	84	4	56	60	2	0	37	1.09
304185--304243	17	3.5	17	77	13	68	33	6	1	57	1.35
304185--304250	33	2.0	34	82	8	82	36	6	1	56	1.34
305558--305586	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
306312--306361	20	2.2	24	80	16	63	58	2	4	36	1.29
312982--313029	23	2.2	23	85	14	66	50	0	0	50	1.00
312994--313054	11	5.6	11	73	11	54	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314267--314298	6	5.3	6	100	0	64	18	34	31	15	1.93
321303--321354	18	2.7	19	76	5	52	55	5	1	36	1.35
321345--321397	25	2.1	25	83	13	65	49	3	1	45	1.31
321426--321462	14	2.5	15	86	4	58	45	0	0	54	1.00
321402--321489	27	3.1	27	75	12	70	40	0	2	56	1.11
324702--325157	224	2.0	227	88	5	670	25	14	17	42	1.87
327720--327747	6	4.7	6	100	0	56	35	17	28	17	1.93
333209--333285	32	2.4	31	84	4	91	61	1	1	36	1.13
334415--334463	22	2.2	23	82	10	57	53	2	2	42	1.24
336085--336236	31	4.8	31	68	11	103	33	0	4	61	1.21
336058--336233	16	11.3	16	73	8	123	34	0	4	60	1.22
336141--336258	61	1.9	62	85	1	166	38	1	4	55	1.30
336425--336457	16	2.0	17	88	5	50	42	15	3	39	1.62
337322--337360	18	2.2	18	85	0	51	35	0	0	64	0.94
337737--337779	16	2.6	17	82	7	54	53	0	4	41	1.21
341048--341073	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
341995--342039	18	2.3	18	85	11	54	48	0	0	51	1.00
342006--342050	20	2.3	20	88	7	67	51	0	0	48	1.00
349842--349903	30	2.1	30	100	0	124	45	12	35	6	1.68
350626--350678	21	2.4	21	79	14	63	58	0	0	41	0.98
351934--351964	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
353149--353201	14	3.9	14	80	2	54	43	0	1	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
353311--353374	31	2.2	30	81	13	73	56	0	1	42	1.09
353479--353509	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
353942--354006	24	2.7	26	81	13	84	33	0	4	61	1.16
353942--354016	23	3.2	24	78	14	84	33	0	4	62	1.14
353947--354014	24	2.9	23	80	10	68	30	0	4	64	1.13
354098--354160	28	2.3	28	88	2	92	46	0	0	53	1.00
354922--354959	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
355336--355375	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
356038--356090	21	2.5	21	81	6	63	39	24	0	35	1.56
361145--361211	17	4.1	17	80	12	70	37	0	2	59	1.13

Tables:   1   2   3   4   5