genome.fa.s450.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold450
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  725389

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192548--192598	20	2.5	20	87	6	68	31	19	11	37	1.88
192630--192701	20	3.6	19	75	14	74	33	15	18	33	1.92
194843--194868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
194822--194886	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
194938--194993	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
196942--196984	20	2.1	20	82	4	50	11	25	41	20	1.86
197416--197453	13	2.9	13	92	0	58	31	15	21	31	1.94
199535--199565	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
201362--201406	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
203628--203653	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
203607--203671	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
203723--203778	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
209828--209897	32	2.2	32	85	5	90	22	15	30	31	1.95
210153--210220	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
210155--210217	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
210174--210198	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
210260--210285	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
210240--210306	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
212767--212838	27	2.7	27	86	0	90	22	36	22	19	1.95
212793--212995	78	2.6	78	83	3	239	23	30	17	29	1.97
213968--214119	28	5.4	28	85	0	178	26	15	30	26	1.96
215432--215480	24	2.0	24	84	7	64	2	2	14	81	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215418--215479	18	3.5	18	88	2	90	1	3	12	82	0.87
222801--222885	15	5.0	16	71	22	50	43	0	0	56	0.99
222805--222875	37	1.9	37	82	5	90	42	0	0	57	0.98
222859--222896	9	4.2	9	80	12	51	44	0	0	55	0.99
222859--222898	13	3.0	13	89	7	62	47	0	0	52	1.00
223134--223177	3	14.7	3	92	0	70	34	2	2	61	1.21
223371--223397	6	4.5	6	100	0	54	33	66	0	0	0.92
225011--225126	60	1.9	60	94	0	205	41	18	8	31	1.81
229544--230002	154	3.0	153	78	7	394	37	20	18	23	1.94
229718--230069	155	2.3	154	79	5	388	37	18	17	25	1.93
230709--230755	21	2.3	20	79	10	51	57	12	6	23	1.58
232115--232480	167	2.2	167	83	2	441	49	7	12	30	1.67
233573--233808	82	2.9	82	79	9	248	38	13	27	20	1.90
233518--233808	84	3.5	82	75	11	254	39	13	26	19	1.89
233994--234410	132	3.2	130	83	3	521	42	13	22	22	1.87
233887--234622	44	16.7	44	71	8	462	42	13	22	22	1.88
235459--235504	14	3.3	14	87	6	67	28	0	0	71	0.86
235672--235749	41	1.9	41	86	0	111	47	1	2	48	1.23
235694--235749	2	28.5	2	76	3	51	48	0	1	50	1.11
236399--236443	23	2.1	22	84	12	58	48	0	0	51	1.00
237349--238058	238	3.0	239	96	0	1314	30	13	21	34	1.92
238609--238991	166	2.3	166	79	8	406	32	9	9	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238874--239285	166	2.5	162	81	8	455	32	8	10	48	1.69
239600--239626	12	2.2	12	100	0	54	25	7	33	33	1.84
242543--242567	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
253132--253185	27	2.0	27	96	0	99	57	11	12	18	1.64
253531--253598	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
253552--253576	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
253533--253595	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
253638--253663	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
253618--253684	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
256164--256333	52	3.3	53	80	11	190	29	24	12	32	1.93
256317--256393	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
256268--256472	107	1.9	107	82	5	252	26	28	15	29	1.96
256347--256548	78	2.6	79	82	3	230	24	30	16	28	1.96
262682--262784	36	3.2	36	60	28	84	26	25	19	29	1.99
262682--263862	55	20.9	55	86	6	1435	27	29	19	23	1.98
266798--266967	52	3.3	51	76	11	175	30	25	12	32	1.92
266631--266966	104	3.2	103	71	13	297	30	25	12	32	1.92
266951--267027	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
266629--267023	212	1.9	212	89	3	616	28	26	13	31	1.94
266689--267106	107	3.9	107	74	9	305	27	27	14	30	1.95
266981--267182	78	2.6	79	82	3	230	24	30	16	28	1.96
268841--269830	49	19.8	51	77	7	809	33	16	25	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268954--269785	202	4.2	200	88	3	1147	33	16	25	24	1.95
268954--269721	401	1.9	404	91	1	1265	33	16	25	24	1.95
268945--269832	150	5.9	147	80	6	561	33	16	25	24	1.96
269847--270057	27	7.6	26	82	9	203	17	17	32	32	1.93
269874--270057	27	6.7	27	82	9	221	17	17	32	32	1.94
269888--270058	55	3.1	55	91	3	265	18	18	32	30	1.95
285397--285435	21	1.9	20	89	5	60	38	12	12	35	1.82
286987--287011	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
287055--287116	19	3.3	18	81	16	81	33	14	16	35	1.89
287100--287126	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
287082--287144	32	2.0	31	87	9	92	39	14	15	30	1.87
294701--294755	20	2.7	21	82	2	67	36	12	16	34	1.87
301432--301460	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
303159--303214	20	2.7	21	80	5	69	41	10	16	32	1.82
303256--303303	20	2.4	20	89	0	69	31	8	6	54	1.55
309926--310003	20	3.8	20	77	12	86	39	11	16	32	1.85
311158--311210	26	2.0	26	92	0	88	45	11	11	32	1.76
318969--319092	55	2.2	54	77	14	119	58	6	0	34	1.30
319342--319389	20	2.5	19	80	6	53	37	0	6	56	1.25
319868--319950	43	1.9	43	95	0	148	25	6	26	42	1.78
322228--322286	27	2.1	28	84	9	77	59	0	0	40	0.97
322273--322360	21	4.0	22	69	20	60	51	0	1	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322355--322386	10	3.0	11	90	9	57	62	0	0	37	0.95
322353--322382	15	1.9	15	93	6	51	63	0	0	36	0.95
325254--325298	16	2.8	16	89	0	63	71	2	0	26	0.98
325272--325356	34	2.5	34	80	12	95	68	2	1	28	1.09
325254--325356	43	2.5	43	78	13	101	67	1	0	29	1.07
325306--325477	82	2.1	81	82	8	208	62	4	3	30	1.30
325878--325915	20	1.9	20	100	0	76	42	15	13	28	1.85
327072--327110	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
328112--328157	21	2.2	20	85	7	65	21	15	17	45	1.85
330963--331032	31	2.2	32	87	2	106	34	10	17	38	1.83
331077--331101	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
331110--331238	52	2.5	52	90	0	204	37	16	16	30	1.91
331892--331961	1	70.0	1	75	0	59	87	5	7	0	0.68
331892--331961	12	5.8	11	79	17	68	87	5	7	0	0.68
332853--333900	55	18.5	55	85	7	1320	27	27	20	25	1.99
332853--333900	171	6.2	171	96	1	1828	27	27	20	25	1.99
334623--334647	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
334690--334715	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
337039--337169	51	2.5	53	80	8	160	32	25	9	32	1.89
337153--337253	27	3.7	27	100	0	202	28	34	15	20	1.94
337265--337433	52	3.3	51	78	7	180	28	25	13	32	1.93
337417--337493	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337368--337572	107	1.9	107	81	6	245	26	27	15	29	1.96
338960--339242	78	3.6	77	83	6	311	27	24	11	36	1.90
339193--339292	51	2.0	51	84	4	130	29	23	10	38	1.87
339101--339443	130	2.6	129	81	5	370	27	24	12	36	1.91
339306--339424	51	2.3	51	88	2	168	26	26	13	32	1.94
339223--339472	130	1.9	130	81	8	303	27	25	12	34	1.92
342548--342675	52	2.5	52	93	3	215	30	18	17	32	1.95
342548--342695	52	2.9	50	85	12	185	31	18	18	31	1.95
342684--342708	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
342749--342815	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81

Tables:   1   2   3   4   5