genome.fa.s450.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold450
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  725389

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
482--575	33	2.8	33	82	3	100	34	18	15	31	1.92
1009--1082	20	3.7	19	85	7	94	28	17	13	40	1.87
3390--3547	51	3.2	50	82	4	196	27	24	11	36	1.90
3492--3717	76	2.9	76	82	5	249	26	25	14	34	1.94
3698--3766	28	2.5	27	81	9	86	27	31	11	28	1.92
3750--3867	51	2.3	52	85	4	150	31	27	11	30	1.91
4882--4954	20	3.7	19	89	7	94	39	16	15	28	1.89
5517--5557	22	1.9	22	95	5	75	29	26	7	36	1.83
8822--8889	34	2.0	34	94	5	120	32	20	5	41	1.76
13432--13496	33	2.0	33	88	11	98	35	18	12	33	1.88
13431--13655	96	2.3	96	94	1	398	31	17	16	33	1.93
13622--13679	19	3.0	20	85	7	84	37	15	13	32	1.87
13640--13708	33	2.2	33	87	10	99	42	15	11	30	1.83
13811--13867	21	2.6	22	81	8	64	43	12	3	40	1.59
15123--15147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
15175--15231	20	2.9	20	76	5	62	31	14	14	40	1.85
15176--15232	19	2.9	19	78	2	60	31	14	15	38	1.87
18218--18259	10	4.4	10	76	11	52	35	16	14	33	1.89
19224--19320	36	2.9	34	80	11	112	29	25	12	31	1.92
19738--19812	20	3.7	20	74	13	80	37	16	13	33	1.87
19759--19824	22	3.1	22	70	16	75	37	15	16	30	1.90
19739--19824	42	2.0	42	95	0	154	37	15	15	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24759--24812	21	2.5	21	84	3	63	18	18	1	61	1.44
30426--30464	22	1.9	20	85	15	53	41	10	5	43	1.61
32064--32121	29	2.0	29	96	0	107	44	5	20	29	1.73
35694--35719	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
39765--39795	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
41875--41900	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
49644--49682	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
56877--56930	19	2.8	20	91	2	83	29	16	16	37	1.91
58589--58626	9	4.2	9	89	0	58	44	0	26	28	1.54
61791--61847	19	2.9	19	86	2	78	29	15	17	36	1.91
61876--61914	20	2.0	20	84	0	51	33	5	17	43	1.72
61876--61944	33	2.1	33	86	5	95	33	8	18	39	1.82
68263--68302	20	2.0	20	85	14	55	32	22	2	42	1.67
70923--70997	33	2.3	33	88	0	105	33	17	24	25	1.96
82979--83016	19	2.0	19	94	0	67	26	13	15	44	1.83
85000--85075	31	2.5	31	91	2	118	27	17	10	44	1.81
89130--89209	20	3.8	20	72	15	70	38	13	13	33	1.85
89132--89219	45	2.0	45	90	0	140	37	15	13	32	1.87
89720--89793	37	2.0	37	100	0	148	35	10	21	32	1.88
90598--90638	20	2.1	19	86	4	55	0	12	4	82	0.81
94394--94906	140	3.6	139	83	4	571	29	19	17	34	1.94
97159--97276	60	2.0	60	94	0	209	35	4	20	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97968--98013	15	3.1	15	81	15	60	43	0	0	56	0.99
100630--100704	20	3.8	20	92	0	123	34	9	17	38	1.82
101611--101653	20	2.3	19	81	18	54	25	20	11	41	1.86
103222--103421	79	2.5	81	85	3	253	35	14	23	27	1.93
103299--103529	109	2.1	107	80	4	259	33	14	25	26	1.94
103380--103450	28	2.5	28	81	0	88	28	19	26	25	1.99
114742--114814	20	3.7	20	90	3	112	31	19	12	36	1.88
114843--114898	19	2.9	19	89	2	85	35	12	19	32	1.89
114883--114908	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
118192--118217	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
119878--119929	14	3.8	13	76	16	52	65	0	3	30	1.10
119899--119930	14	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
127292--127343	19	2.7	20	82	14	65	65	5	0	28	1.16
127418--127917	167	3.0	167	83	3	634	50	9	11	28	1.69
129597--129648	21	2.5	21	90	0	77	48	11	11	28	1.74
132718--132750	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
134614--134671	10	6.0	10	69	15	50	68	0	0	31	0.89
134607--134663	18	3.2	18	83	9	73	68	0	0	31	0.90
134672--134715	19	2.3	19	77	14	54	65	15	0	18	1.27
134742--134780	20	1.9	21	89	5	62	56	0	5	38	1.22
134928--134973	24	1.9	23	82	8	56	58	0	39	2	1.10
135229--135293	22	2.9	22	81	6	78	1	49	0	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135318--135355	16	2.5	15	84	16	51	26	2	2	68	1.16
135448--135514	18	3.7	18	69	25	52	26	2	0	70	1.02
135447--135528	26	3.2	24	75	13	74	25	2	1	70	1.06
135466--135543	7	10.7	7	71	16	52	23	1	1	74	0.97
135448--135538	39	2.4	39	81	7	107	26	2	1	70	1.06
135439--135534	45	2.1	46	82	5	115	25	2	2	70	1.09
135486--135570	28	2.9	30	79	10	77	27	2	2	68	1.14
136036--136099	30	2.1	30	83	11	78	73	1	0	25	0.92
136151--136199	23	2.1	23	85	14	66	55	2	4	38	1.31
136150--136204	25	2.2	26	78	21	73	52	1	3	41	1.29
139044--139085	17	2.5	17	76	3	50	50	0	0	50	1.00
139051--139094	19	2.3	20	80	11	56	52	0	0	47	1.00
139027--139108	27	3.0	27	76	16	80	51	0	1	47	1.08
139014--139109	9	10.8	9	68	21	60	54	1	1	43	1.14
139356--139387	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
146284--146325	15	2.8	16	82	10	61	50	2	16	30	1.58
154663--154758	1	96.0	1	78	0	84	87	5	7	0	0.67
154661--154754	33	3.0	32	92	7	158	85	5	9	0	0.75
159863--160016	79	1.9	79	89	2	238	31	12	27	28	1.93
159735--160006	130	2.1	128	83	1	337	33	13	25	27	1.94
162344--162415	20	3.8	20	92	7	123	40	11	18	30	1.85
162401--162539	20	5.3	29	65	30	89	40	13	19	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162381--162612	49	4.7	49	88	4	306	41	11	19	27	1.86
163121--163422	62	4.9	62	87	1	414	29	20	25	24	1.99
163141--163422	122	2.3	124	89	4	448	30	19	24	25	1.98
163389--163551	43	4.0	41	77	7	143	41	13	22	22	1.88
163529--163982	61	7.4	61	83	4	547	27	17	27	27	1.98
163526--163982	188	2.5	183	85	4	591	27	17	28	26	1.98
164934--164963	8	3.6	8	95	4	51	0	13	0	86	0.57
164918--164975	10	6.1	9	80	10	55	1	15	3	79	0.95
164940--164996	10	5.6	10	80	15	55	0	8	10	80	0.90
166188--166239	19	2.6	21	90	6	81	36	15	15	32	1.89
166209--166385	82	2.2	82	94	0	309	35	16	16	31	1.92
168725--168953	51	4.6	49	81	9	252	29	27	12	30	1.93
168725--168953	97	2.3	101	87	5	324	29	27	12	30	1.93
168886--169216	79	4.2	78	84	4	425	26	28	15	30	1.96
169171--169243	28	2.6	28	88	0	101	23	31	20	24	1.98
169095--169323	104	2.2	106	84	3	293	25	28	15	29	1.96
168937--169485	262	2.1	263	85	2	737	26	27	15	30	1.96
169199--169510	79	3.9	78	79	5	324	26	26	14	31	1.95
169017--169389	183	2.0	185	84	3	493	25	27	16	31	1.96
169199--169500	157	1.9	157	81	5	360	26	27	15	30	1.96
171512--171538	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
182851--183355	55	9.0	55	86	5	620	27	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184163--184214	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
186612--186843	51	4.6	52	85	8	275	30	26	11	31	1.91
186612--186846	102	2.3	101	86	5	321	30	26	11	31	1.91
186778--187109	79	4.2	77	88	4	459	26	27	15	31	1.96
187064--187137	28	2.6	28	91	0	121	24	31	20	24	1.98
186988--187216	104	2.2	106	86	2	309	27	27	15	30	1.96
186831--187378	263	2.1	262	84	3	699	26	26	15	32	1.95
187093--187362	79	3.4	78	78	2	272	28	25	14	31	1.95
186908--187282	183	2.0	184	85	4	506	26	25	16	32	1.96
190988--191019	9	3.6	9	95	0	55	28	25	0	46	1.53

Tables:   1   2   3   4   5