genome.fa.s456.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold456
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  970336

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  4  of  5  ( 568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686074--686142	33	2.2	33	87	10	99	57	0	0	42	0.98
686090--686152	16	3.8	17	81	8	76	58	0	0	41	0.98
686074--686130	16	3.6	16	76	17	57	57	0	0	42	0.98
692475--692509	12	2.7	13	91	8	54	71	0	0	28	0.86
692487--692541	14	3.9	14	75	13	51	63	0	0	36	0.95
692495--692543	25	1.9	26	83	4	64	61	0	0	38	0.96
692499--692577	32	2.6	30	85	14	110	58	0	0	41	0.98
692519--692570	16	3.3	16	73	21	56	57	0	0	42	0.98
695326--695351	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
700176--700202	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
700380--700436	17	3.4	17	79	16	64	61	0	0	38	0.96
701001--701091	38	2.4	36	78	7	101	50	1	1	47	1.15
701264--701332	28	2.4	28	83	7	77	39	2	2	55	1.30
706749--706783	12	2.7	13	91	8	54	71	0	0	28	0.86
706761--706815	14	3.9	14	75	13	51	63	0	0	36	0.95
706769--706817	25	1.9	26	83	4	64	61	0	0	38	0.96
706773--706844	32	2.4	31	88	11	105	58	0	0	41	0.98
706793--706855	16	3.9	16	73	19	58	57	1	0	41	1.08
706872--706921	22	2.2	24	82	7	59	42	0	0	58	0.98
713098--713132	13	2.6	14	86	9	54	37	0	0	62	0.95
713543--713569	14	1.9	14	100	0	54	37	0	62	0	0.95
714413--714447	3	11.7	3	88	11	54	34	0	2	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714669--714707	2	19.5	2	91	0	51	48	5	2	43	1.38
716046--716077	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
716267--716298	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
716560--716594	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
717401--717438	2	19.0	2	84	10	51	47	5	0	47	1.24
718031--718095	21	3.0	21	78	13	60	47	0	0	52	1.00
718303--718400	23	4.4	21	69	23	58	41	2	0	56	1.11
718304--718396	21	4.2	21	62	15	53	43	2	0	54	1.12
720661--720686	10	2.6	10	100	0	52	19	11	0	69	1.18
723541--723607	35	1.9	35	93	0	116	50	2	2	43	1.32
724042--724088	24	2.0	24	82	0	58	17	29	38	14	1.89
728062--728115	23	2.4	24	87	9	78	40	0	0	59	0.98
728079--728138	23	2.5	24	76	10	61	46	0	0	53	1.00
736154--736207	12	4.5	12	76	17	58	48	0	0	51	1.00
736147--736208	23	2.6	23	82	12	72	46	0	0	53	1.00
736386--736418	7	4.9	7	85	7	50	54	0	0	45	0.99
736386--736424	13	2.9	13	88	3	51	51	0	0	48	1.00
736995--737022	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
737588--737650	32	2.0	31	96	3	117	44	6	6	42	1.55
741017--741070	20	2.7	20	78	13	65	44	1	0	53	1.11
741215--741284	32	2.2	33	86	2	106	54	0	0	45	0.99
741214--741281	17	3.9	19	71	26	62	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741227--741281	17	3.4	17	75	25	64	56	0	0	43	0.99
741272--741320	19	2.5	20	80	6	55	63	6	0	30	1.19
741470--741508	16	2.5	16	88	12	55	28	0	0	71	0.86
741471--741548	26	3.0	26	73	14	72	29	1	1	67	1.06
742883--742928	19	2.3	20	82	10	60	43	0	4	52	1.21
743012--743046	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
744365--744395	13	2.4	13	94	0	53	90	0	9	0	0.46
744684--744740	16	3.5	16	73	20	55	49	0	0	50	1.00
744677--744738	32	1.9	33	86	3	90	50	0	0	50	1.00
745069--745100	3	10.7	3	93	0	55	68	3	0	28	1.04
745267--745305	18	2.1	19	85	4	53	35	0	0	64	0.94
745445--745517	27	2.7	27	73	10	69	57	0	2	39	1.13
760485--760520	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
762166--762215	19	2.7	19	74	17	52	46	0	0	54	1.00
762193--762296	48	2.2	48	78	14	119	51	0	0	47	1.07
762464--762509	9	5.0	9	86	5	65	82	0	0	17	0.67
762464--762509	19	2.5	19	85	3	58	82	0	0	17	0.67
762464--762507	21	2.2	20	87	4	61	84	0	0	15	0.63
763031--763060	16	1.9	15	93	6	51	40	0	3	56	1.16
763042--763104	29	2.1	30	83	13	78	33	0	4	61	1.17
763421--763463	18	2.5	17	82	14	52	55	0	0	44	0.99
764370--764522	23	6.2	23	66	24	62	39	3	0	56	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765718--765757	7	5.7	7	100	0	80	0	45	15	40	1.46
767190--767259	31	2.4	28	74	21	72	57	0	0	42	0.99
767503--767539	17	2.1	18	90	5	58	59	0	0	40	0.97
768301--768348	25	2.0	23	84	11	62	60	2	2	35	1.20
770606--770664	11	5.4	11	73	18	52	71	0	0	28	0.87
770615--770664	22	2.3	23	86	10	70	74	0	0	26	0.83
770625--770670	18	2.7	17	83	6	58	73	0	0	26	0.83
770619--770670	27	1.9	27	84	0	68	71	0	0	28	0.87
779003--779114	12	9.0	12	71	20	54	33	0	0	64	1.06
779003--779114	7	18.0	6	72	21	54	33	0	0	64	1.06
779053--779115	30	2.1	31	81	3	74	31	0	0	68	0.90
779080--779143	31	2.0	31	82	14	78	32	1	1	64	1.13
780774--780807	15	2.2	16	89	5	52	64	0	0	35	0.94
781122--781161	21	1.9	21	89	0	62	55	0	2	42	1.13
781139--781173	17	1.9	17	88	11	52	54	0	5	40	1.24
781140--781242	35	2.9	35	76	16	104	57	0	2	38	1.20
782360--782403	18	2.4	19	85	11	56	38	6	2	52	1.41
782775--782813	14	2.6	15	88	8	53	56	0	2	41	1.13
782789--782827	18	2.0	20	85	9	55	58	0	2	38	1.12
783159--783220	10	6.3	10	77	5	56	46	0	4	48	1.23
783227--783349	46	2.8	47	77	14	120	49	0	0	49	1.06
783324--783372	14	3.5	13	81	18	55	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783366--783409	18	2.5	17	82	13	54	54	2	0	43	1.12
783553--783607	28	2.0	28	89	3	85	36	1	3	58	1.26
783625--783690	11	6.4	11	73	23	63	63	0	0	36	0.95
783623--783682	22	2.9	21	81	18	81	61	0	0	38	0.96
784273--784325	16	3.7	16	67	27	55	39	0	1	58	1.09
784277--784338	26	2.3	26	80	5	70	46	0	3	50	1.17
784778--784857	35	2.3	35	80	6	92	48	1	2	47	1.23
785849--785888	20	2.0	21	95	5	73	37	0	0	62	0.95
785930--785981	15	3.1	17	78	21	65	50	0	0	50	1.00
785937--785990	19	3.1	18	76	12	60	50	0	0	50	1.00
786362--786427	32	2.0	32	86	13	91	51	0	0	48	1.00
786340--786453	16	7.9	15	65	27	68	53	0	0	46	1.00
786360--786460	50	2.1	48	81	10	116	53	0	0	46	1.00
786564--786595	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
786947--786995	24	2.1	24	85	11	66	51	4	6	38	1.46
788544--788610	24	3.0	23	77	14	61	50	0	8	40	1.34
788578--788619	15	2.6	16	81	11	50	40	0	7	52	1.29
788611--788670	6	10.0	6	73	20	54	38	0	0	61	0.96
788611--788670	17	3.3	18	76	21	63	38	0	0	61	0.96
792858--792964	49	2.2	48	91	3	171	43	14	19	21	1.87
797948--797977	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
803957--803997	21	1.9	22	85	5	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803971--804015	15	2.9	16	80	6	56	57	0	0	42	0.98
803961--804048	14	5.9	15	72	16	60	59	0	0	40	0.98
803990--804049	16	3.8	16	75	14	54	61	0	0	38	0.96
805108--805259	74	2.1	74	100	0	304	44	15	13	25	1.84
807791--807878	30	2.9	30	82	0	113	31	14	20	32	1.93
807994--808042	25	2.0	25	95	0	89	10	18	6	65	1.43
808079--808136	23	2.6	23	86	2	73	37	8	12	41	1.73
808148--808267	61	2.0	61	83	6	154	22	16	14	46	1.83
812125--812213	30	3.0	29	86	3	124	29	12	22	35	1.91
812329--812379	25	2.0	25	100	0	102	7	15	7	68	1.37

Tables:   1   2   3   4   5