genome.fa.s465.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold465
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  646967

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164949--165032	28	2.9	29	92	3	143	26	3	7	63	1.37
166138--166188	21	2.5	21	81	9	61	39	15	15	29	1.89
166249--166274	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166229--166296	33	2.1	33	88	2	102	35	17	13	33	1.89
172439--172476	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
174302--174378	33	2.4	32	91	2	118	37	1	29	31	1.66
174936--174960	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
175061--175086	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
175041--175108	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
176575--176600	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
178292--178835	155	3.5	152	75	12	432	26	13	18	41	1.88
181249--181330	41	2.0	41	97	0	155	29	18	20	31	1.96
183756--183934	100	1.8	97	84	3	241	39	13	19	26	1.90
192472--192550	19	4.0	20	70	12	56	78	11	3	6	1.06
192473--192529	12	4.4	14	70	17	50	80	10	1	7	0.96
193979--194068	32	2.8	32	91	0	144	33	12	17	36	1.87
196141--196189	21	2.3	21	96	0	89	20	24	22	32	1.98
207657--207757	18	6.4	15	73	16	62	80	12	4	1	0.96
207657--207756	41	2.3	43	75	13	100	80	13	5	2	0.97
209194--209279	30	2.9	29	78	3	100	27	30	18	23	1.98
209194--209279	29	2.9	30	78	3	102	27	30	18	23	1.98
209194--209307	57	2.0	58	84	3	149	28	29	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209281--209482	35	5.8	35	87	5	252	20	29	11	37	1.89
209450--209534	29	3.0	28	86	3	91	27	31	16	24	1.96
209470--209534	29	2.3	28	89	5	96	27	32	20	20	1.97
209483--209551	29	2.4	29	80	7	70	36	28	18	15	1.92
209736--209900	87	1.9	87	82	2	206	27	23	18	30	1.97
210761--210850	13	6.0	13	69	26	54	34	13	16	35	1.88
210760--210849	32	2.8	32	93	0	153	33	13	16	36	1.88
210774--210836	19	3.7	18	72	24	64	33	11	17	38	1.85
212391--212431	21	2.0	21	100	0	82	21	24	19	34	1.97
213626--214110	28	16.8	28	82	5	513	28	30	17	23	1.97
213626--214114	57	8.5	57	83	4	565	28	30	17	23	1.97
213626--214114	85	5.7	86	82	5	562	28	30	17	23	1.97
214965--215039	20	3.8	20	83	0	96	34	13	12	40	1.81
221570--221634	33	2.0	33	87	6	96	30	16	16	35	1.92
221663--221738	19	3.9	19	81	10	100	35	14	17	32	1.90
221724--221749	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
225681--225706	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
225780--225829	20	2.5	20	86	0	64	34	16	16	34	1.90
227784--227839	20	2.5	24	72	25	66	3	28	46	21	1.68
227794--227835	20	2.0	21	90	4	68	4	28	47	19	1.69
234435--234513	31	2.5	32	93	4	133	35	11	13	39	1.81
234586--234635	20	2.5	20	86	0	64	34	16	16	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245118--245162	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
246966--246996	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
249067--249092	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
251611--251636	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
251593--251655	32	2.0	32	87	6	92	39	15	15	28	1.89
256006--256609	61	9.6	61	76	8	451	26	24	15	32	1.95
256037--256610	188	3.0	187	85	2	729	26	24	16	33	1.95
256006--256609	127	4.8	126	78	7	593	26	24	15	32	1.95
259385--259530	79	1.8	79	85	2	204	28	22	12	36	1.91
259464--259581	51	2.3	51	92	0	191	25	22	12	38	1.90
259591--259816	77	2.9	77	79	12	252	31	18	11	38	1.86
262051--262101	19	2.7	19	100	0	102	33	15	11	39	1.84
265507--265600	20	4.7	20	88	5	120	26	15	14	42	1.86
268129--268203	28	2.7	29	80	13	86	24	29	18	28	1.98
268188--268304	51	2.3	51	85	7	166	31	27	10	30	1.90
268241--268457	79	2.7	79	79	3	238	29	24	12	34	1.92
280854--280933	1	80.0	1	74	0	70	87	10	1	1	0.66
280857--280933	8	9.5	8	77	17	79	87	10	1	1	0.68
280854--280942	38	2.3	39	82	1	117	86	8	2	2	0.74
280854--280933	19	4.1	19	80	4	88	87	10	1	1	0.66
281986--282060	39	1.9	39	91	5	125	20	34	16	29	1.94
281915--282202	99	2.9	99	89	4	417	24	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282122--282615	55	8.5	55	77	11	341	25	25	21	27	1.99
282163--282612	178	2.5	176	81	7	518	25	24	21	28	1.99
282127--282629	61	8.6	59	78	8	403	25	24	20	28	1.99
282595--282788	42	4.5	42	81	7	194	20	25	14	39	1.90
282595--282789	87	2.3	86	83	5	243	20	25	14	39	1.91
283474--283499	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
286118--286143	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
293389--293414	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
293402--293485	19	4.6	19	73	21	90	27	14	15	42	1.85
293368--293486	53	2.2	53	98	0	229	28	13	14	43	1.83
293442--293467	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
293861--294070	20	10.4	20	73	15	130	28	14	15	41	1.86
293932--293961	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
296609--296674	28	2.4	28	84	5	89	24	31	15	28	1.95
296661--296776	51	2.3	51	83	7	155	31	25	11	31	1.91
296714--296883	79	2.2	80	88	4	247	28	24	12	34	1.92
305778--305826	26	2.0	25	84	8	64	30	24	26	18	1.98
305991--306412	79	5.4	79	77	7	362	38	12	17	30	1.88
307109--307134	9	2.9	9	100	0	52	80	7	0	11	0.89
318351--318440	13	6.0	13	71	26	63	34	14	16	34	1.89
318364--318426	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
318350--318439	32	2.8	32	96	0	162	33	14	16	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320716--320766	27	2.0	25	85	11	68	23	45	15	15	1.85
325327--325427	51	2.0	51	82	7	125	32	11	23	31	1.91
327832--327861	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
327832--327914	33	2.5	33	92	0	139	39	10	16	32	1.84
328433--328776	41	8.1	41	75	15	143	40	12	28	17	1.86
328564--328775	46	4.8	44	84	11	233	41	13	27	17	1.87
328605--328772	46	3.8	46	89	6	242	39	13	27	19	1.89
328605--328772	91	1.9	88	86	10	243	39	13	27	19	1.89
328741--328862	37	3.3	38	83	4	167	36	18	32	12	1.88
328753--328861	37	2.9	37	87	0	173	41	16	34	7	1.76
328840--329137	61	5.0	61	84	6	373	29	19	25	25	1.99
329172--329467	55	5.1	60	80	11	330	24	20	30	25	1.99
329024--329318	154	2.0	148	82	8	362	24	19	29	26	1.98
329182--329467	115	2.5	115	92	0	464	23	20	29	25	1.99
328851--329675	324	2.5	323	89	2	1224	25	20	28	25	1.99
329496--329675	60	3.1	58	80	13	217	25	20	29	25	1.99
329507--329695	55	3.4	55	83	6	220	23	22	26	28	1.99
329300--329798	208	2.4	209	93	0	865	25	19	28	26	1.99
330777--330850	1	74.0	1	75	0	67	1	0	10	87	0.60
330777--330849	6	12.8	6	82	13	84	1	0	10	87	0.60
335222--335276	20	2.8	20	85	0	74	40	9	14	36	1.78
335306--335364	19	3.0	19	76	13	57	30	13	13	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344137--344167	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
346230--346553	79	4.1	79	82	4	330	32	13	27	27	1.94
346572--346845	51	5.3	51	69	12	180	31	12	26	29	1.93
346670--346742	28	2.6	27	84	4	83	28	17	28	24	1.98
346465--346872	158	2.6	156	86	3	566	31	13	26	27	1.94
349225--349277	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
357644--357768	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
357644--357789	52	2.8	51	89	4	213	29	17	18	34	1.94
357828--357930	33	3.1	33	94	0	170	37	14	11	35	1.83
357853--357910	13	3.9	13	73	26	53	32	15	13	37	1.87

Tables:   1   2   3   4