genome.fa.s465.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold465
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  646967

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11229--11277	14	3.6	14	88	2	73	91	6	2	0	0.47
11229--11277	1	49.0	1	83	0	62	91	6	2	0	0.47
12259--12992	55	13.3	54	91	4	1075	29	30	20	20	1.97
12259--12992	165	4.4	165	93	2	1183	29	30	20	20	1.97
13585--13618	17	2.0	17	100	0	68	82	0	5	11	0.83
13625--13681	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
13737--13804	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
13758--13782	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13739--13801	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
13844--13869	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
13824--13890	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
16337--16412	27	2.8	28	86	6	93	26	34	18	21	1.96
16346--16412	28	2.4	27	87	7	91	26	35	14	22	1.93
16364--16542	79	2.3	79	99	0	349	27	26	14	30	1.95
16476--16644	51	3.3	51	80	4	203	30	26	10	33	1.89
16627--16708	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
20673--20716	21	2.1	21	91	0	70	61	0	18	20	1.35
20673--20731	21	2.8	21	84	5	57	62	0	20	16	1.32
24070--24126	20	2.8	21	84	7	82	42	14	14	29	1.84
24177--24240	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
24195--24220	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
24177--24240	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26196--26245	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
28043--28073	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
30135--30199	20	3.6	20	69	26	72	26	15	12	46	1.81
30155--30179	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
30132--30212	33	2.5	33	100	0	162	29	16	12	41	1.84
30188--30225	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
30337--30382	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
32657--32712	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
32782--32807	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32764--32827	32	2.0	33	90	3	103	43	15	10	29	1.81
41616--41668	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
41656--41680	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
41690--41728	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
46897--46922	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
49520--49558	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
55737--55762	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
62402--62450	18	2.7	18	87	9	64	46	2	4	46	1.33
62402--62441	16	2.3	19	87	12	59	47	2	5	45	1.38
63361--63404	22	2.0	22	95	0	79	38	4	9	47	1.56
63645--63683	16	2.4	16	82	0	51	15	5	30	48	1.66
64646--64670	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
64655--64692	20	1.9	19	94	5	67	36	18	15	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65916--66416	210	2.4	209	81	5	564	40	8	19	30	1.82
65902--66449	105	5.2	104	78	4	494	39	9	20	30	1.84
68881--68933	21	2.5	21	90	0	88	28	16	15	39	1.89
68927--68955	13	2.2	13	100	0	58	34	6	17	41	1.76
77090--77170	37	2.2	37	84	2	99	37	13	25	23	1.92
83013--83237	79	2.8	78	79	6	240	36	9	24	29	1.87
83173--83290	51	2.3	51	85	0	155	37	11	20	30	1.89
86396--86531	51	2.7	52	86	3	186	41	12	16	30	1.85
86494--86551	20	2.9	19	82	7	71	41	15	10	32	1.81
86454--86634	72	2.5	72	90	2	276	43	13	16	27	1.85
86569--86620	20	2.6	20	81	0	68	42	17	11	28	1.84
87542--88042	28	17.5	28	82	8	551	20	16	31	30	1.95
87542--88042	85	5.8	85	80	9	525	20	16	31	30	1.95
87549--88042	113	4.3	115	84	4	606	21	17	31	30	1.96
89292--89360	21	3.2	21	77	2	66	0	4	14	81	0.84
89293--89360	12	5.6	12	74	13	50	0	4	14	80	0.85
101457--101505	20	2.5	20	86	6	64	42	14	14	28	1.84
106766--106840	20	3.8	19	77	7	78	40	12	14	33	1.83
106826--106902	31	2.5	31	100	0	154	41	12	20	24	1.88
106888--106942	20	2.8	20	82	0	74	38	14	12	34	1.84
106857--107024	71	2.4	71	93	0	291	42	13	16	27	1.85
106787--106973	102	1.8	102	94	0	329	41	12	16	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106959--107010	20	2.6	20	81	0	68	40	15	13	30	1.86
117583--117610	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
118600--118736	43	3.1	43	79	10	159	29	16	27	27	1.97
118457--118829	192	1.9	193	84	3	502	31	16	27	25	1.97
118457--118845	49	8.0	49	78	8	373	31	16	27	25	1.96
121208--121262	20	2.7	21	82	2	67	50	10	12	25	1.73
125172--125480	155	2.0	154	83	1	395	36	21	18	23	1.95
127237--127294	10	5.7	10	78	11	55	5	17	0	77	0.94
127237--127294	21	2.8	20	79	5	71	5	17	0	77	0.94
127237--127283	10	4.6	10	84	5	58	2	17	0	80	0.80
127417--127462	24	1.9	24	82	8	58	8	15	6	69	1.34
129586--129730	73	2.0	73	84	2	193	38	16	28	15	1.90
129670--129852	83	2.2	84	83	4	221	38	15	27	18	1.91
129708--129980	125	2.2	125	80	3	316	37	17	27	16	1.92
129658--130226	42	13.7	41	70	7	252	38	17	27	17	1.91
130338--130513	42	4.2	42	73	8	142	38	20	23	18	1.94
130506--130760	83	3.1	83	82	6	288	38	21	25	14	1.92
130496--130752	125	2.1	122	81	9	297	40	20	25	14	1.90
130506--131022	42	12.4	41	78	7	345	37	19	27	16	1.92
130663--131169	126	4.0	125	75	8	395	36	17	28	16	1.93
130671--131174	84	6.0	84	76	3	361	36	18	28	16	1.93
130680--131172	42	11.7	42	75	4	298	36	17	29	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133229--134070	305	2.8	303	78	8	678	37	18	18	24	1.94
133029--134070	155	6.8	151	76	10	749	37	18	18	24	1.93
132989--134070	459	2.4	461	90	2	1651	37	18	18	24	1.93
134663--135085	167	2.5	167	79	7	468	50	8	9	32	1.64
136867--136897	15	2.1	15	93	0	53	38	32	16	12	1.86
137333--137357	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
138183--139396	29	41.7	29	72	13	528	25	28	13	33	1.93
138241--139332	232	4.7	230	77	9	787	24	28	12	33	1.93
138282--139007	88	8.4	80	73	12	230	25	29	13	32	1.93
138945--139067	32	4.0	32	74	18	93	24	26	12	37	1.90
138219--139276	60	18.0	60	75	11	618	24	28	12	33	1.92
138221--139298	116	9.2	118	78	8	676	25	28	12	33	1.93
139155--139371	28	7.6	27	73	16	73	27	29	11	31	1.92
139223--139291	28	2.4	29	87	2	104	28	33	11	26	1.91
139247--139353	55	1.9	56	85	9	148	26	28	15	29	1.96
139349--139703	31	11.5	31	78	8	332	29	31	18	21	1.97
139458--139539	26	3.0	26	82	8	83	25	32	19	21	1.97
139398--139623	122	1.9	120	85	3	319	29	31	18	20	1.96
139768--140059	155	1.9	155	83	1	379	24	21	15	38	1.92
139932--140062	52	2.5	52	78	3	129	23	20	15	40	1.90
140666--140719	20	2.7	20	88	8	74	35	12	20	31	1.90
140746--140877	20	6.5	20	71	8	88	34	10	13	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140742--140858	40	2.9	40	90	0	180	36	11	11	41	1.76
144267--144308	20	2.0	21	95	4	77	30	19	7	42	1.78
146297--146347	18	2.9	18	85	5	70	52	15	11	19	1.73
148459--148622	59	2.8	58	83	4	204	42	24	10	22	1.86
148476--148668	59	3.3	59	75	11	182	42	25	9	22	1.83
151900--152024	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
155787--156108	166	2.0	162	85	6	434	50	9	10	30	1.68
157205--157978	60	12.9	60	69	11	244	39	11	23	25	1.88
157485--157917	61	7.2	58	68	12	173	37	11	24	25	1.89
157175--157978	121	6.7	122	78	5	633	39	11	24	25	1.88

Tables:   1   2   3   4