genome.fa.s47.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold47
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2157611

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103227--103385	68	2.3	69	84	4	205	33	13	33	18	1.91
103241--103385	34	4.2	34	88	3	184	35	11	33	19	1.88
103359--103513	30	5.3	30	79	6	174	21	16	33	28	1.95
103391--103502	28	3.9	28	81	9	145	18	16	31	33	1.94
103379--103513	58	2.3	58	94	0	243	20	15	34	30	1.93
104937--105619	55	11.9	55	80	8	708	27	27	19	25	1.99
105154--105238	26	3.2	26	65	21	66	31	30	18	18	1.96
105630--105777	42	3.6	41	74	16	128	18	29	10	41	1.84
105622--105776	82	1.9	82	81	7	190	18	29	10	42	1.83
107359--107579	51	4.3	51	76	8	207	33	11	25	29	1.91
107359--107579	103	2.2	102	86	4	302	33	11	25	29	1.91
107622--107754	52	2.6	51	83	5	169	31	10	27	30	1.90
121462--122113	52	12.5	52	69	11	359	28	27	12	32	1.92
121628--122113	51	9.4	51	74	10	324	28	26	12	32	1.93
121831--121907	28	2.8	28	83	0	82	23	33	19	23	1.97
121453--122144	262	2.6	262	92	0	1125	28	26	12	32	1.93
124207--124235	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
129000--129064	19	3.8	18	75	24	77	33	12	16	36	1.87
129002--129072	32	2.2	32	94	0	124	33	14	18	33	1.90
129021--129045	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
129117--129141	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
129150--129278	52	2.5	52	94	0	240	34	17	18	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138113--138215	1	103.0	1	74	0	80	86	11	1	0	0.65
138113--138204	15	6.5	15	77	17	99	85	13	1	0	0.64
138114--138212	25	4.2	24	76	16	109	85	12	2	0	0.67
138114--138215	24	4.5	22	78	10	107	86	11	1	0	0.66
139210--139893	110	6.0	115	87	5	883	26	28	20	24	1.99
139210--139893	55	12.0	55	82	8	755	26	28	20	24	1.99
139914--140051	42	3.3	41	72	12	120	19	28	11	39	1.87
139896--140050	82	1.9	82	84	5	206	18	29	10	42	1.83
140622--140694	28	2.6	28	95	0	128	20	31	21	26	1.98
140652--140826	79	2.2	79	81	0	206	28	26	13	30	1.94
146557--146765	104	2.0	104	90	0	328	34	14	17	33	1.90
146763--146817	24	2.2	26	90	6	87	16	0	1	81	0.77
146775--146822	14	3.7	14	72	27	52	20	0	2	77	0.88
147122--147179	29	2.0	30	82	3	73	62	0	0	37	0.96
148507--148547	17	2.5	17	84	11	50	48	0	0	51	1.00
149510--149562	21	2.6	21	76	5	56	41	7	5	45	1.56
149590--149673	27	3.7	23	72	18	59	48	3	2	45	1.32
150386--150551	17	10.0	15	72	17	91	57	4	1	36	1.26
150450--150548	49	2.0	48	82	1	117	57	5	1	36	1.27
150434--150551	33	3.6	31	79	5	110	55	5	0	37	1.30
150386--150557	16	10.2	16	74	10	112	58	4	1	36	1.25
150713--150757	2	22.5	2	95	0	81	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152428--152481	15	3.7	15	78	11	51	40	3	0	55	1.17
152724--152773	15	3.4	15	76	15	59	64	0	0	36	0.94
152727--152775	14	3.4	14	81	15	64	65	0	0	34	0.93
155894--155944	27	1.9	27	84	11	70	54	3	3	37	1.37
156514--156563	16	3.3	14	75	20	55	48	4	6	42	1.46
156495--156563	32	2.2	32	84	12	97	50	2	5	40	1.41
156706--156739	18	1.9	18	88	5	52	61	0	0	38	0.96
156772--156830	27	2.2	27	82	11	68	52	3	0	44	1.17
157135--157182	24	2.0	25	84	12	64	50	8	6	35	1.58
163912--163936	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
164591--165249	49	13.8	49	74	11	460	31	18	25	24	1.98
165060--165139	27	3.1	27	58	17	62	28	16	31	23	1.96
165071--165243	87	2.0	88	89	1	267	28	20	26	24	1.99
165278--165801	67	8.1	62	79	12	202	37	12	29	20	1.89
165298--165835	34	16.4	33	78	7	468	37	12	29	20	1.89
165338--165835	67	7.5	67	83	6	586	37	12	29	20	1.89
165338--165835	101	5.0	99	81	7	521	37	12	29	20	1.89
165709--165890	27	6.2	27	76	10	85	29	14	31	24	1.94
165541--165852	94	3.2	93	83	8	392	36	12	29	21	1.91
166243--166315	37	2.0	35	89	5	110	47	10	15	26	1.77
167358--167439	1	82.0	1	70	0	56	1	3	9	85	0.77
167349--167437	9	9.6	9	79	16	85	1	3	11	84	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167348--167439	33	2.8	32	80	8	105	1	4	10	83	0.83
180394--180435	21	2.0	21	90	4	68	45	11	19	23	1.83
181360--181387	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
184469--184544	32	2.3	32	80	10	82	53	0	2	43	1.14
187337--187378	14	2.8	15	85	7	50	80	2	0	16	0.81
187353--187401	12	4.3	12	75	10	50	77	0	0	22	0.77
187469--187614	14	11.2	14	67	23	79	26	21	6	45	1.77
187469--187713	133	1.8	133	96	0	454	25	22	7	44	1.79
187550--187667	58	2.1	57	95	1	209	23	21	8	46	1.78
187586--187637	14	3.4	14	74	23	50	19	21	9	50	1.76
187483--187604	25	4.8	25	74	9	122	27	21	5	45	1.74
187650--187792	31	4.4	31	69	20	112	28	22	9	39	1.86
187594--187810	44	4.4	50	73	20	185	27	21	9	41	1.83
187702--187766	29	2.4	26	85	10	78	29	23	9	38	1.85
187627--187810	100	1.8	101	95	2	334	28	21	9	40	1.84
187721--187792	29	2.4	30	86	9	94	27	22	9	40	1.85
188053--188091	21	1.9	20	89	5	60	38	15	10	35	1.81
188169--188194	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
188220--188257	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
198772--198807	12	3.0	12	87	0	54	44	13	22	19	1.86
203664--203860	28	7.0	28	80	6	227	31	28	18	20	1.96
203664--203860	85	2.3	85	92	0	331	31	28	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203664--203860	57	3.5	56	82	6	227	31	28	18	20	1.96
203845--204186	34	10.5	34	77	12	326	18	32	13	34	1.90
203937--204124	61	3.1	61	88	3	265	19	31	12	36	1.89
203971--204091	27	4.2	27	81	13	143	21	33	12	33	1.91
203844--204204	95	3.7	98	75	14	302	19	33	13	33	1.90
204166--204269	29	3.6	27	81	12	111	29	30	21	18	1.97
204166--204269	27	3.6	29	84	10	115	29	30	21	18	1.97
204282--204455	87	2.0	87	90	2	278	27	25	18	27	1.98
204416--205026	87	6.9	87	89	2	835	26	26	18	28	1.98
204282--204852	135	4.3	135	79	14	671	26	26	19	27	1.99
204867--205082	52	4.4	49	77	11	203	24	25	18	32	1.97
204904--204987	43	2.0	43	92	0	141	23	26	20	29	1.99
205464--205518	20	2.8	20	91	5	85	25	16	16	41	1.88
205481--205550	33	2.1	33	89	5	106	30	17	12	40	1.87
205464--205550	20	4.7	20	73	23	82	28	16	13	41	1.86
205501--205530	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
207175--207202	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
207156--207220	32	2.0	32	90	3	103	35	12	13	38	1.83
207263--207287	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
207242--207308	33	2.0	34	91	2	109	37	16	11	34	1.85
211337--211515	51	3.5	51	81	2	200	27	25	12	34	1.92
211451--211857	79	5.2	78	80	7	457	26	26	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214132--214172	21	1.9	22	90	5	66	21	17	17	43	1.87
216977--217031	22	2.5	22	87	0	74	23	47	16	12	1.81
216982--217157	72	2.4	72	86	0	208	28	44	13	13	1.81
217125--217168	22	2.0	22	90	0	70	31	40	9	18	1.81
220417--220465	5	9.2	5	82	12	53	16	4	0	79	0.88
220414--220465	11	4.8	11	79	11	63	17	5	0	76	0.97
220406--220465	22	2.8	20	80	16	59	15	6	0	78	0.95
220952--222142	43	28.0	43	82	3	1284	39	18	28	14	1.89
234486--234549	5	12.2	5	79	15	58	15	3	0	81	0.82
234494--234542	14	3.6	14	83	10	75	14	4	0	81	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15