genome.fa.s47.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold47
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2157611

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3168--3203	17	2.1	17	89	0	54	38	27	8	25	1.84
5098--5136	8	5.1	8	87	6	55	35	0	0	64	0.94
5117--5186	34	1.9	39	83	13	96	50	0	0	50	1.00
5737--5861	8	15.0	8	67	23	55	41	0	0	57	1.04
5758--5870	6	17.6	7	71	25	74	41	0	0	58	0.98
5757--5861	32	3.2	33	82	10	110	41	0	0	58	0.98
5799--5866	36	2.0	33	83	11	84	44	0	0	55	0.99
5758--5870	11	9.9	11	69	22	65	41	0	0	58	0.98
6159--6218	25	2.4	27	81	13	74	45	0	1	53	1.10
9590--9744	65	2.3	66	86	6	208	23	14	39	21	1.91
10296--10334	20	2.0	20	89	0	60	33	5	10	51	1.58
11539--11582	19	2.3	19	84	4	52	43	9	4	43	1.56
12171--12202	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
13427--13481	26	2.2	26	87	6	78	12	1	7	78	1.04
13437--13473	18	2.1	18	90	10	58	10	0	8	81	0.89
13617--13680	8	7.9	8	73	13	51	32	15	26	25	1.95
13617--13675	25	2.4	25	83	11	68	33	15	25	25	1.95
14802--14834	11	3.0	11	83	16	50	54	0	9	36	1.32
14904--14949	25	1.9	23	86	8	65	45	0	0	54	0.99
14903--14987	33	2.6	34	76	14	88	51	1	0	47	1.08
17418--17476	22	2.7	22	84	2	84	1	22	0	76	0.88
17849--17898	14	3.6	13	78	21	57	2	16	2	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17833--17911	28	2.8	28	75	16	83	8	15	1	74	1.12
18832--18872	19	2.1	20	90	4	66	68	0	0	31	0.90
19123--19200	32	2.4	33	80	4	88	24	26	25	23	2.00
20773--20819	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
21124--21245	24	5.0	24	85	1	154	30	4	1	63	1.25
22002--22026	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
22097--22123	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
27986--28067	20	3.6	20	72	27	74	28	18	10	42	1.84
27973--28069	50	1.9	50	97	0	185	27	19	10	42	1.84
28054--28085	16	2.0	16	100	0	64	25	18	12	43	1.85
28004--28134	67	2.0	66	93	1	226	26	17	11	44	1.83
31756--31781	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34135--34246	52	2.2	52	85	3	145	30	27	9	32	1.89
34230--34303	27	2.7	27	83	4	78	24	33	20	21	1.97
34257--34431	79	2.2	79	89	2	262	27	26	16	29	1.96
34367--34484	51	2.3	51	83	2	157	30	26	12	30	1.93
34469--34542	28	2.6	28	84	0	94	22	32	18	25	1.97
34460--34697	108	2.2	109	84	3	311	26	27	14	31	1.95
34575--34650	28	2.7	30	80	9	90	22	32	19	25	1.97
34634--34752	51	2.3	51	88	2	186	30	27	11	30	1.92
34684--34903	79	2.8	79	84	6	259	27	25	14	32	1.94
38445--38485	4	10.2	4	94	0	73	24	0	2	73	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42760--43190	55	7.5	55	80	10	447	26	27	19	25	1.99
42762--43741	61	16.3	60	69	18	464	25	27	19	27	1.99
42840--43741	135	7.4	130	81	13	692	25	27	19	27	1.99
43016--43741	196	3.9	189	84	9	854	24	27	19	28	1.99
43405--43741	55	5.9	55	83	9	417	26	26	19	26	1.99
43523--43608	27	3.1	27	63	8	66	27	22	19	30	1.98
43522--43608	28	3.1	28	62	9	70	27	21	19	31	1.98
43406--43748	116	3.0	114	85	8	455	27	26	20	26	1.99
43409--43740	171	1.9	172	90	3	535	27	26	20	26	1.99
43759--43905	42	3.5	41	76	15	117	17	25	10	46	1.80
44335--44701	61	6.3	59	83	6	398	26	19	27	26	1.99
44335--44700	119	3.1	119	86	6	495	25	19	27	27	1.99
50531--50582	28	1.9	27	88	7	79	26	21	30	21	1.98
50414--50633	79	2.8	79	81	8	250	33	14	24	28	1.94
50568--50680	51	2.2	51	93	0	190	31	9	26	31	1.89
50666--50734	28	2.5	27	83	9	86	26	14	34	24	1.94
50619--50897	108	2.6	106	83	5	373	32	13	25	27	1.94
50774--50846	27	2.7	26	85	8	101	26	20	31	21	1.98
50831--50948	51	2.3	50	80	9	132	32	13	24	29	1.93
50884--51054	79	2.2	79	90	2	263	31	15	25	26	1.96
51012--51082	27	2.6	27	82	6	81	22	18	33	25	1.96
51069--51184	52	2.2	52	84	3	144	32	11	25	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53301--53355	26	2.1	26	100	0	110	52	21	3	21	1.62
55268--55342	28	2.7	28	91	0	114	29	22	28	20	1.98
55913--56057	42	3.5	42	76	14	140	40	10	28	20	1.85
56071--56234	55	2.8	57	85	7	208	24	20	26	28	1.99
59784--59873	1	90.0	1	73	0	72	86	8	2	2	0.73
59786--59873	26	3.4	24	81	10	86	86	9	2	2	0.75
59799--59870	33	2.2	33	87	5	101	86	9	2	1	0.74
59784--59873	36	2.4	37	87	7	121	86	8	2	2	0.73
59784--59862	15	5.6	14	80	16	83	86	10	1	2	0.73
59787--59873	9	9.8	9	80	14	85	86	9	2	2	0.75
60475--60836	55	6.4	55	85	8	435	27	27	20	25	1.99
60475--60836	116	3.2	115	83	9	481	27	27	20	25	1.99
61546--61618	28	2.6	28	95	0	128	20	31	21	26	1.98
61576--61751	79	2.2	79	84	0	226	26	27	15	30	1.96
63036--63168	52	2.6	52	83	3	178	27	27	12	31	1.93
63148--63221	27	2.7	27	87	4	96	22	32	20	24	1.98
63175--63342	79	2.1	79	87	2	239	26	24	17	32	1.97
63387--63460	28	2.6	28	91	0	112	21	32	21	24	1.98
63047--63517	237	2.0	239	86	4	657	26	25	14	33	1.95
63375--63615	108	2.2	109	83	2	308	26	26	15	31	1.95
63551--63670	51	2.4	51	90	2	188	30	27	11	30	1.92
63601--63821	79	2.8	79	86	0	298	28	25	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63724--63775	28	1.9	28	84	7	72	30	26	13	28	1.94
69655--69783	52	2.5	52	87	5	197	30	17	16	36	1.91
69827--69878	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
69835--69899	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
69827--69897	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
70472--71214	52	15.0	51	73	14	472	32	17	26	24	1.96
70523--71071	108	5.4	105	84	6	520	33	16	26	24	1.95
70785--71205	43	9.1	43	75	15	367	31	18	25	23	1.97
70738--71205	95	5.0	94	81	12	389	31	18	25	24	1.97
70785--71162	144	2.7	142	88	4	541	32	18	25	23	1.97
70974--71207	91	2.5	92	93	3	398	30	19	26	23	1.98
71249--71360	30	4.0	28	82	9	129	18	15	32	33	1.92
71241--71354	57	2.0	57	86	3	158	21	14	30	32	1.94
72801--72911	1	111.0	1	69	0	51	0	6	10	82	0.82
72792--72890	19	5.3	18	73	20	78	0	4	13	82	0.80
72798--72872	26	2.8	27	86	7	100	0	5	10	84	0.78
72792--72897	35	3.1	34	76	15	105	0	4	12	83	0.80
72792--72912	44	2.8	43	82	16	137	0	5	12	81	0.85
72808--72911	25	4.3	24	72	15	74	0	6	10	82	0.83
86780--86906	52	2.4	52	88	2	184	29	16	17	36	1.92
86780--86929	52	2.9	52	74	13	137	31	16	17	35	1.92
86948--87054	32	3.3	32	94	0	178	36	17	14	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86984--87035	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
86960--87056	19	5.7	19	67	26	83	38	17	13	30	1.88
98214--98311	1	98.0	1	77	0	97	88	9	2	0	0.58
98213--98308	20	5.0	19	84	12	117	87	10	2	0	0.62
98214--98311	32	3.2	30	84	11	126	88	9	2	0	0.58
98215--98311	11	8.9	11	81	15	121	88	9	2	0	0.59
100464--100502	20	1.9	21	85	15	55	41	2	5	51	1.38
101883--102011	52	2.5	52	94	0	231	28	17	17	35	1.93
102987--103233	49	5.1	47	81	10	270	30	19	26	23	1.98
102951--103233	92	3.0	92	81	9	333	30	20	25	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15