genome.fa.s484.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold484
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1030986

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7200--7243	21	2.1	21	95	0	79	34	22	25	18	1.96
7991--8025	3	11.3	3	87	6	52	31	2	2	62	1.24
9258--9295	3	12.7	3	94	0	67	68	0	2	28	1.03
18489--18530	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
28384--28417	18	1.9	18	88	5	52	14	14	20	50	1.78
31385--31561	89	2.0	87	95	2	318	41	6	12	38	1.70
40996--41089	30	3.1	30	85	0	134	30	9	23	36	1.87
43286--43370	42	2.0	42	93	0	143	28	29	16	25	1.97
45323--45412	30	3.0	29	88	6	144	28	13	24	33	1.93
49370--49417	19	2.4	20	89	6	71	22	4	8	64	1.38
49370--49428	19	3.0	19	80	14	66	25	5	10	59	1.50
51110--51450	170	2.0	170	98	0	655	35	15	17	32	1.91
56946--56994	18	2.7	18	80	0	62	38	0	0	61	0.96
57193--57242	26	2.0	25	88	11	75	52	2	2	44	1.24
57336--57382	23	2.0	23	83	4	58	31	0	10	57	1.33
57646--57686	15	2.7	15	84	0	55	48	0	0	51	1.00
60268--60339	32	2.2	32	83	11	94	16	13	22	47	1.82
64020--64068	17	2.9	17	78	6	55	48	0	0	51	1.00
66318--66362	2	23.0	2	88	4	65	44	0	2	53	1.13
71070--71124	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
71810--71843	17	2.0	17	100	0	68	29	11	29	29	1.92
71861--71904	11	4.4	11	86	13	60	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71872--71909	18	2.1	19	90	5	60	60	0	0	39	0.97
71900--71941	15	2.9	14	74	19	50	57	7	0	35	1.26
71929--71979	26	2.0	26	96	0	93	62	1	0	35	1.06
76121--76264	70	2.1	70	98	0	279	47	14	15	21	1.81
76434--76474	6	6.5	6	83	10	55	58	2	21	17	1.50
76434--76474	13	3.2	12	86	6	55	58	2	21	17	1.50
77296--77339	3	14.7	3	82	0	52	59	2	2	36	1.23
77628--77653	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
79367--79416	24	2.1	24	82	10	59	20	2	8	70	1.23
80220--80256	19	1.9	19	89	10	58	48	2	5	43	1.40
81230--81260	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
81520--81580	6	10.3	6	89	1	61	9	52	0	37	1.35
81532--81578	2	23.5	2	91	0	76	4	51	0	44	1.21
82269--82297	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
87925--87983	20	3.0	19	78	14	57	62	0	0	37	0.95
87949--87990	18	2.3	18	84	8	50	50	0	0	50	1.00
89651--89676	13	2.0	13	100	0	52	38	15	30	15	1.88
110387--110644	133	1.9	136	84	8	348	34	10	12	43	1.77
112888--112933	24	1.9	24	83	16	60	47	2	2	47	1.26
113503--113533	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
115081--115136	26	2.2	26	83	0	67	30	16	14	39	1.88
115241--115270	6	5.0	6	95	0	51	36	13	0	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119723--119757	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
119912--119946	15	2.4	14	86	13	52	48	0	0	51	1.00
121767--121816	26	1.9	26	100	0	100	46	8	8	38	1.63
122353--122397	23	2.0	23	91	8	74	66	0	0	33	0.92
122352--122458	16	6.4	17	72	21	57	62	0	0	37	0.95
122333--122403	25	2.8	25	76	20	76	64	1	0	33	1.02
126423--126471	21	2.3	21	79	6	55	30	4	26	38	1.75
127972--128009	2	19.5	2	89	5	60	50	2	0	47	1.15
128868--128976	55	1.9	58	83	5	143	53	0	0	44	1.13
130596--130705	40	2.7	39	77	8	105	45	0	2	50	1.22
131064--131095	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
131250--131286	4	10.0	4	83	16	53	0	21	0	78	0.75
131250--131286	10	3.3	12	82	17	53	0	21	0	78	0.75
131251--131295	7	6.4	7	90	10	58	0	15	0	84	0.62
131255--131297	17	2.6	17	89	10	63	0	13	0	86	0.58
131689--131722	3	11.3	3	93	0	59	64	0	0	35	0.94
133115--133166	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
137776--137853	39	2.0	39	97	0	147	37	7	19	35	1.80
140414--140439	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
140439--140468	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
146346--146385	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
146475--146504	12	2.5	12	94	0	51	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147997--148026	4	7.5	4	92	0	51	50	20	3	26	1.64
147997--148055	12	5.1	12	77	8	59	49	18	1	30	1.58
149941--149999	23	2.6	23	89	7	86	64	0	1	33	1.04
150261--150356	31	3.1	30	76	5	102	53	6	1	39	1.33
150387--150445	20	3.0	20	82	4	68	47	25	3	23	1.67
151531--151572	11	3.8	11	81	12	50	61	0	0	38	0.96
151450--151585	22	5.8	23	71	21	88	59	0	2	38	1.10
151446--151581	18	7.3	18	70	19	75	59	0	2	38	1.10
162682--162719	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
163574--163602	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
163704--163730	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
163955--163987	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
164276--164331	21	2.7	20	80	5	67	53	0	0	46	1.00
164283--164370	19	4.4	20	79	17	85	47	1	2	48	1.21
164438--164551	57	2.0	57	92	0	192	28	15	3	52	1.59
165303--165331	11	2.5	12	88	11	51	62	0	0	37	0.96
165318--165362	16	2.9	16	75	18	51	55	2	0	42	1.12
166081--166128	16	2.9	16	87	3	69	33	2	0	64	1.05
167199--167236	2	19.0	2	88	0	58	50	0	2	47	1.15
168768--168799	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
169941--170003	19	3.3	19	73	13	58	46	1	0	52	1.10
172818--172872	17	2.9	19	81	15	69	45	1	0	52	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173224--173267	20	2.2	21	84	8	56	56	2	0	40	1.11
173227--173260	17	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
173582--173616	15	2.3	15	90	9	54	51	0	0	48	1.00
179469--179496	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
180012--180056	13	3.9	12	72	21	51	73	2	2	22	1.05
180021--180084	21	3.0	22	77	11	62	65	3	3	28	1.23
182961--183047	29	2.9	29	77	15	88	52	1	3	42	1.25
187276--187358	39	2.1	41	90	4	134	38	16	12	32	1.86
190341--190396	23	2.3	24	75	6	60	39	0	0	60	0.97
190379--190403	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
190475--190510	16	2.2	16	90	5	54	63	2	0	33	1.08
195037--195070	17	2.0	17	100	0	68	58	11	17	11	1.62
197863--197930	21	3.3	21	70	15	70	38	1	0	60	1.06
197947--198016	25	2.8	25	71	14	65	65	0	0	34	0.93
197978--198021	20	2.2	21	80	15	58	65	0	0	34	0.93
198060--198090	3	10.3	3	92	0	53	67	0	0	32	0.91
199219--199245	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
200244--200333	43	2.1	44	85	2	119	26	14	18	40	1.89
203444--203487	18	2.4	18	92	7	72	27	15	43	13	1.85
204127--204241	57	2.0	57	86	0	158	24	19	26	30	1.98
211226--211253	9	3.1	9	100	0	56	89	0	10	0	0.49
211983--212068	26	3.0	29	80	14	90	60	0	1	38	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211980--212064	29	2.9	28	75	16	75	62	0	1	36	1.03
214691--214764	38	1.9	38	100	0	148	41	5	28	24	1.77
228995--229032	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
230390--230424	16	2.1	17	94	5	63	42	0	0	57	0.99
230464--230505	2	21.5	2	85	4	59	47	2	0	50	1.14
232885--232949	26	2.4	26	82	12	78	52	0	0	47	1.00
233088--233116	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
233544--233577	16	2.2	15	89	5	50	50	5	2	41	1.42
235929--235959	15	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
236552--236633	32	2.5	33	77	13	91	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6